晚清时期的社会发生巨大的震荡，部分官僚为了拯救旧体制，开始了如火如荼的洋务运动，虽然最后以失败收场，但其近代化的思想无疑会对当时的先进知识分子产生一定的影响，马相伯是其中之一，在从官期间多次上书提倡科学，实业无果之后，决心辞官并意识到强国之路重在教育，他也听从自己的内心将自己的人生奉献给了教育事业。
1902年，南洋公学因郭镇瀛的“墨水瓶事件”要开除一个学生，最后导致全校大量的学生气愤退学，当时担任班主任的蔡元培也愤然辞职，跟着学生一起离开了学校，为了学生可以继续学业，蔡元培为学生们四处奔波。最后，他介绍了学生向马相伯请求建立新式学校，马相伯接受了他们的请求。
1903年，在法国天主教耶稣会的资助下，马相伯在徐家汇创办了震旦学院。与南洋公学以中国经史为主要教学内容相比，震旦学院在开课之初便设的是文学与质学（科学），并在后来几年内发展到了数学和哲学等领域，它们一个是封建教条下的死板说教，一个是新思想下的科学传播；一个散发着旧制度的死气沉沉，一个表现着新体制的欣欣向荣。并且值得一提的是，震旦学院是中国近代第一所私立大学，马相伯用自己的力量为近代中国创造出了一颗璀璨耀眼的明星。
虽然震旦学院取得了耀眼的成绩但依旧没有一帆风顺的命运。1905年，法国天主教耶稣会企图干涉震旦学院为自己所用，把它变成教会学校，学生发现他们的意图之后，倍感愤怒，全校学生选择退学，马相伯知道后便坚决地站在了学生这一边，并率领老师们带着全校学生离开了他一手创办的震旦学院，重新创办了一所“复旦公学”。
同年六月份，教会在《时报》继续以震旦学院的名义发布招生广告。马相伯在知道了这则广告之后便在同一天在同一家报纸上登上了更正性的文章表示与原震旦学院已经没有关系，并且首次以复旦公学的名义进行招生。1905年9月，复旦公学正式开学，马相伯担任学校的校长。1917年，复旦公学改名为复旦大学，而复旦大学经过多年的发展到现在已经成为了中国顶尖大学。
创办复旦大学的马相伯于1939年去世，享年100岁。他在病重时依然心怀国家，他说:“我只是一条狗，叫了一百年，也没能把中国叫醒。”如此沧桑而无奈的言语就如同平静湖面上的层层涟漪，一遍又一遍地触动心灵。
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