戰爭來得如此突然，據一個不切實際的傳聞，導火索竟然是一杯咖啡。難以想象，席捲兩個文明種族的滅族戰爭源自毫不起眼的小東西，不過，這場戰爭已是註定，不管因為何種理由，雙方都沒有停止戰爭的藉口，即使是兩個種族的先知，新世界的引領者，星際文明的建設者——光皇對此也無能為力。
這一顆水藍色的星球——地球，是兩個種族的發源地，同時，也是兩個種族共同的墳場，埋葬了無數的人類和智能機器人。
戰爭初期，由於人類擁有充足的戰爭經驗和兵源，打了智能機器人一個措手不及，在第一次遭受重大襲擊之後，智能機器人便融會貫通了人類歷史中的戰爭經驗，使得第二次大規模衝突造成了至少50萬人類軍隊和超過800萬平民傷亡，一座超過1000萬常住人口的大都市被雙方的導彈摧毀，慘烈的狀況好似人間地獄，一時間，人人自危。因為離地球較近，就連星際殖民地月球以及鄰近的火星都遭受了戰爭的威脅。
智能機器人在首領亞瑟的領導下，依賴於智能生命領先的網絡、科技和武器給予了人類慘痛的打擊，隱藏於黑暗世界的梅林終於出現在全人類的視線裡，他在網絡上以一個代號為“神之手”的程序盜取了大量戰爭機密，使得人類一方損失慘重，即使人類聯合了排名前十位的網絡黑客狙擊他，企圖以攻擊性病毒和自毀程序消滅梅林，但都落空。被智能機器人控制了網絡的人類一方不得不迴歸原始的戰爭體系，智能網絡和計算機系統被擱置不用。
有人類一方的戰略分析家提出，智能機器人是依靠天網公司的蛛網系統實現了全球戰略的佈局和指揮，要想消滅智能機器人，就要先將天網公司摧毀。此計劃得到人類高層大多數的支持，唯一的反對意見就是天網公司的首席執行官兼星際殖民計劃的指導者，第一個智能生命光皇並沒有參與這一場人類與智能機器人的戰爭，且天網公司遍佈幾大殖民星，影響力巨大，是能左右戰爭雙方平衡的一股大勢力。基於這一點的考慮，如果主動招惹一箇中立的能影響戰爭的第三方勢力，是一個愚蠢的選擇。但有一個共識被所有人類高層所接受，天網公司是智能機器人的大本營，智能生命的首領亞瑟就在地球的天網總部，所以摧毀天網公司才是贏得戰爭的必要條件。
2278年，第一家天網公司在地球的機器人工廠被人類一方迅速摧毀，管理工廠的智能生命全部被殺害，此舉促使大多數還保持中立的天網公司智能生命加入到亞瑟的陣營裡，戰爭終於升級。一場以天網公司為首的智能生命和人類之間的種族戰爭拉開帷幕，雙方在地球上投入巨大兵力，與此同時，各星際殖民地爆發衝突，一場波及整個太陽系的慘烈戰爭開始了。
為了切斷智能機器人一方的力量，人類制定了詳細攻擊天網公司的作戰計劃，包括摧毀戰爭兵源的機器人工廠、能量工廠、開採工廠、研發實驗室，以及控制地球的蛛網系統遍及各地的計算單元。
雖然經過星際殖民時代人類中早已有了共識——智能機器人遠比人類更為適應宇宙的法則，但在戰爭中人類才清晰的認識到這種差距有多麼巨大，智能生命可以依靠程序控制機器人，也能建立附屬意識親身操控機器人，他們在化學武器下安然無事，相反人類更易受到化學武器的攻擊；無論是高溫或嚴寒，亦或者更極端的環境，對他們的影響都遠遠低於對人類的影響；他們沒有食物困擾，除非能量晶塊不足；即使受到再大的打擊，他們的意志也不會薄弱；除非攻擊他們的能量中樞或者智能中樞，不然即使缺少肢體他們仍能參加戰爭；就算是沒有武器，他們合金的軀體仍能造成巨大的破壞。
戰爭開始沒多久，人類一方就處於下風，即使他們努力的攻擊能量工廠和機器人工廠，對智能機器人的影響也不是很大，這正應了亞瑟發給人類的公告：在宇宙中，智能生命比人類更為適應宇宙的法則。地球的局勢一再惡化，人類高層下定決心使用核武器和戰略導彈的計劃被梅林發現並傳播到網絡上，一時之間逃離地球成為所有地球居民的共同選擇。雖然受戰爭影響，整個太陽系不管是起源星地球還是殖民星都十分混亂，但是殖民星由於實施了行星改造計劃，反而被民眾禁止了大規模破壞武器的使用。一開始殖民星是作為減少地球人口負擔的作用被使用的，有自願也有更多不自願的人加入了殖民星的行列，但想不到是，殖民計劃的兩百年後，遠在天際之外的星球會成為地球民眾的安身之所。
2290年初，光皇發佈了星際講話，禁止戰爭雙方在地球使用大規模破壞武器，他指出，無論何種原因，即使是面臨滅族之禍，人類一旦使用核武器，首先滅亡的肯定不是智能生命，反而是脆弱的人類一族，致命的環境首先會殺死所有的人類，他呼籲人類高層要把民眾的性命放在首位，一切的惡果看著是智能生命的過錯，但是毀滅人類的往往是其自身。
光皇講話後不久，智能機器人唐，在光皇的默許和隱隱地支持下，聯合外星殖民地維護和平的人類和智能機器人共同創建了第三方中立勢力——橄欖枝，以木星為大本營，向所有的人類和不願加入戰爭的智能生命提供庇護。
橄欖枝創建後不久，由於曾受到人類和智能機器人雙方的壓迫，一個名叫厄里斯的女性智能機器人和一個名叫艾爾的男性人類成立了“十字光焰”組織，號召所有被壓迫的民眾，不管是智能機器人還是人類，都加入到對抗雙方的戰爭中來，為自己爭取最大的權利。
一時之間，大大小小的組織如雨後春筍般林立，他們在三個龐然大物——人類、天網和橄欖枝三者間小心周旋，星際戰國時代來臨。
未來，人類和智能機器人的命運又該如何呢？
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