新政协筹备会原本授权第二小组起草《条例》（后定名为《新政治协商会议组织法》）。但是，在起草过程中，第二小组认为新政协是把国民党反动派排除在外的，是革命性的。而且，从出席代表的情况来看，工人阶级、农民阶级、小资产阶级和民族资产阶级都有代表，而且代表来自四面八方，遍布大江南北，包括少数民族和国外侨胞。因此，小组认为“中国人民政治协商会议”更名符其实。《新政治协商会议组织条例》也相应修改为《中国人民政治协商会议组织法》。
1949年9月27日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中国人民政治协商会议组织法》。《组织法》对政协的性质、参加单位及代表、全体会议、全国委员会、地方委员会等作出规定。《中国人民政治协商会议组织法》规定，在中国人民政治协商会议全体会议闭幕后，设立全国委员会，其职权是：保证实行中国人民政协全体会议及全国委员会的决议；协商并提出对中华人民共和国中央人民政府的建议案；协助政府动员人民参加人民民主革命及国家建设的工作；协商并提出参加中国人民政协的各单位在全国人民代表大会选举中的联合候选名单；协商并决定下届中国人民政协全体会议的参加单位、名额及代表人选，并召集之；指导地方民主统一战线工作；协商并处理其他有关中国人民政协内部合作的事宜。
9月29日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中国人民政治协商会议第一届全体会议关于选举中国人民政治协商会议全国委员会和中央人民政府委员会的规定》。30日，中国人民政治协商会议第一届全体会议选举产生了由180人组成的中国人民政治协商会议全国委员会。
10月9日，中国人民政治协商会议第一届全国委员会在北京中南海勤政殿举行第一次会议。会议选举毛泽东为中国人民政治协商会议第一届全国委员会主席，周恩来、李济深、沈钧儒、郭沫若、陈叔通为副主席，李维汉为秘书长；选举毛泽东等28人为常务委员。会议通过了“以十月一日为中华人民共和国开国的国庆纪念日”的建议案，并送请中央人民政府采纳施行。
10月18日，中国人民政治协商会议第一届全国委员会常务委员会举行第一次会议。会议通过了《中国人民政治协商会议全国委员会工作条例》;决定分设政治法律组、财政经济组、文化教育组、国防组、外交组、民族事务组、华侨事务组、宗教事务组八个工作组，在秘书长领导下，进行研讨和审议工作，并将研讨和审议的意见以报告或提案的形式，提交常务委员会审核处理。
中国人民政治协商会议第一届全国委员会第一次会议后，机关设立了秘书处。作为全国政协的办事机构，在秘书长和副秘书长领导下承办具体日常事务。
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