爾時，世尊贊諸藥叉大將言：“善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情。”
釋迦“世尊”以藥叉們能夠如此發心護法，利濟有情，極為難得，故稱讚它們說：好極了！好極了！“藥叉大將”！“汝等”能知“念報世尊藥師琉璃光如來”的慈濟“恩德”，確實“常應如是利益安樂一切有情”！
佛弟子中有兩類人：一是報佛恩的，一是欠佛債的。佛的教誨，原是一面修行了生死以自利，一面濟度眾生以利他。但有一分學者，卻只顧到自了生死的一邊，而不管眾生的苦難，這叫不知報佛恩的負欠佛債者。另有一分弟子，能暢達如來本懷，不但要求自了生死，而且處處以救度眾生為前提，切實表現自未得度先度人的精神，這即知報佛恩。我們學佛，應該學報佛恩，切勿作一欠佛債者！
爾時，阿難白佛言：“世尊！當何名此法門？我等云何奉持？”佛告阿難：“此法門名說藥師琉璃光如來本願功德；亦名說十二神將饒益有情結願神咒；亦名拔除一切業障。應如是持。”
即為了使此正法透過悠久的時間、廣大的空間，永久而普遍，流化不絕。先是阿難問名，即請示經題。題能攝義，有了經題，才能把一部經的要義統攝起來；令人一望經題，便可瞭解其中要義。又題為全經要領，有經題，才易於記憶受持。
當釋尊稱讚藥叉大將的護法勝舉之“時”，阿難即向佛請示道：“世尊”！應“當”以“何名”稱，稱上來所說的“此”一“法門”？“我等”弟子及末法眾生，應當“云何奉持”？
於是，“佛告”訴“阿難：此法門”有三個名稱：一、“名說藥師琉璃光如來本願功德”，即此經通用的題名。二、“亦名說十二神將饒益有情結願神咒”，即藥叉誓護一節；因其靈感神速，故名神咒。三、“亦名拔除一切業障”，眾生的種種災難，即過去與現在生中業障所感，現受持此藥師法門，便可拔除一切業障，而得消災免難，植福延壽，故得此名。“
應如是持”，即是說：牢記此三個經題，依其意義的提示，去恭敬受持。此功德全部迴向給原作者、廣大讀者朋友、以及十方法界一切眾生！
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