1931年“九一八”事變後，日本吞併我東三省，其狼子野心已暴露無遺。1937年7月7日，日本帝國主義又發動了“盧溝橋事變”。範旭東意識到此番抗日戰爭不會在短期內結束，未雨綢繆，必須做撤退轉移的準備。在日寇入侵天津之前，已令久大、永利兩廠職工停產疏散，並派“團體”的核心人物之一李燭塵等南下四川，調查探路。
此後北平、天津相繼淪陷。範旭東以“寧為玉碎，不為瓦全”的堅決態度，拒絕同日寇合作。長江江畔的永利硫酸錏廠開工僅5個月，自1937年8月起，連遭日寇飛機三次轟炸，範旭東指示迅速撤退，並決定選址四川腹地的自流井和犍為縣五通橋的老龍壩，重建久大、永利兩廠，黃海化學工業研究社也遷址至五通橋。在統一了撤退轉移不是“逃難”，而是要在大西南重建化工基地的思想後，工廠在轉移圖紙、資料、設備的同時，首先做到保證技術人員和老工人的轉移，組織員工，特別是技術人員，陸續南下，撤入內地。員工幾經輾轉，至1938年春於漢口集合。
1938年1月，一支“先發隊”抵達重慶，大家商定先在重慶租地設廠，經積極奔走，於沙坪壩租得一小塊空地，將原廠拆運來的機件材料安裝，當年“五·一”國際勞動節，一座竹籬茅舍搭建的臨時“鐵工房”便已矗立在嘉陵江岸，在不足十個月的時間裡製造了53000多個鋼鐵機件和200多噸翻砂製品，為久大、永利在四川的重建，做出了新的貢獻。
範旭東已年近花甲，仍身先士卒，親自實地考察，押車探路，置個人生死於度外。1942年1月，日寇入侵緬甸，永利的車輛、器材、汽油損失不計其數，且車輛常被軍方徵用，但“團體”員工鬥志不減，克服困難，感人事蹟甚多，他們以自己的血汗和生命支援了川廠建設和抗戰事業。
選址自流井重建久大，頗費了一番周折。因為與之毗連的自流井是個有上千年曆史的井鹽豐產地區，久大在此設廠，雖有官方批准，但涉及該地原有鹽商切身利益，致使眾鹽商上書重慶國民政府主席和國民黨中央總裁，稱“範氏（旭東）一人之挾資謀利之闋，系而置富榮（原鹽商）數十萬工商生計於不顧……隱伏危機，有妨增產貽誤抗戰”。經有關方面一再協調，一座嶄新的久大模範食鹽廠在“認定目標，拼命前進”的努力中終於建成。為紀念抗日，特選定“九·一八”舉行開工典禮。史料顯示，自1938年開工至1941年9月底，製鹽45萬餘擔，並公開技術，協助當地製鹽廠改進工藝。與此同時，還製造副產品如氯化鉀、硼酸、碳酸鈣、牙粉等，為戰時的大後方軍用、民生貢獻了自己的力量。
轉移至五通橋的黃海化學工業研究社，在繼續各項研究工作的同時，還著眼長遠發展，選派研究人員出國深造。毛澤東在重慶期間，廣泛接觸各界人士，1945年9月17日下午，於桂園（張治中寓所）以茶會招待產業界代表，包括範旭東在內的多位從沿海內遷西南的人士出席。毛澤東讚揚他們為發展中國民族工業所做的貢獻，同時指出，在半殖民地半封建社會的中國，民族資本是得不到發展的，只有在國家獨立、民主、自由之下，民族工商業才有發展前途，並向他們介紹了中國共產黨對民族資本的政策。此舉消除了與會工商業者的一些顧慮，產生了不小的影響。
範旭東此刻仍然惦記著國民黨政府為1600萬美元貸款出具擔保這一心頭大事。由於孔、宋插手，久拖不決，致使範旭東憂憤成疾，一病不起，竟於1945年10月4日在重慶沙坪壩寓所逝世，終年62歲。
範旭東的逝世，引起社會的廣泛關注。1945年10月21日，重慶各界聯合召開了追悼大會，結束了和平談判、即將返回延安的毛澤東，親筆書寫了“工業先導，功在中華”的輓詞。周恩來、王若飛送的輓聯是：“奮鬥垂卅年，獨創永利久大，遺恨渤海留殘業。
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