一個地區的歷史遺蹟是歲月留給這個地區的印痕，記錄著這個地區的興衰榮辱。牙克石市現有不可移動文物48處，其中古遺址1處，近現代重要史蹟及代表性建築47處。其中全國重點文物6處，自治區重點文物3處，牙克石市重點文物39處。
全國重點文物保護單位
1.興安嶺鐵路隧道
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市烏奴耳鎮興安嶺居委會興安嶺車站東300米處，即濱洲西部線561公里262米。地理座標東經121°40'13.6"，北緯48°49'5.1"，始建於1901年，1903年貫通，1904年正式通車。
2.興安嶺螺旋展線
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博西居委會三區興安嶺鐵路隧道東入口559公里0米處，即濱洲鐵路博克圖段（553公里625米至559公里0米）。建於1901年。
3.百年段長辦公室
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博鐵居委會二區五組水源街與文化路交叉口東側。建於1903年。2006年9月，內蒙古自治區人民政府批准公佈為第四批自治區級重點文物保護單位。
4.隧道座標點石碑（莎力碑）
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博西居委會三區301國道興安嶺段1082公里320米南80米山坡上。建於1901年。
5.百年機車庫
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博鐵居委會二區鐵路機務段院內南側。建於1903年。
6.蒸汽機車水塔
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博鐵居委會二區鐵路機務段院內東南。建於1903年。
自治區級重點文物保護單位
1.烏奴耳侵華日軍要塞遺址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市烏奴耳鎮烏東居委會東5公里處二道樑子。二道樑子為主陣地，輔助陣地設在頭道樑子、三道樑子及新南溝、開嶺、伊列克得、免渡河、牙克石、卓山等地。地理座標東經121°18'46.8"，北緯48°52'26.5"，建於1944年。
2.煤田東城址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市煤田鎮煤田居委會鑫金源農場南1500米。地理座標東經121°19'32"，北緯49°27'13.8"，建於遼代。
3.綽源侵華日軍飛機場遺址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市綽河源鎮綽明社區綽爾居委會西側1000米。地理座標東經121°22'45.8"，北緯48°25'43.2"，建於1942年。
市級文物保護單位
（一）1989年被牙克石市人民政府批准公佈為牙克石市文物保護單位
1.蘇聯紅軍烈士紀念塔
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市永興街道辦事處永強居委會迎賓西街林城賓館西側30米。地理座標東經120°43'33.4"，北緯49°16'41"，建於1955年。
2.博克圖烈士紀念碑
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博東居委會三區水源街東側北山山坡上(距博克圖車站北1公里)。地理座標東經121°54'46.8"，北緯48°45'18.3"，建於1947年。
3.劉少奇主席紀念林
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市圖里河鎮圖興居委會西北6公里處，即牙伊公路219公里。地理座標東經121°38'08.5"，北緯50°31'13.5"，建於1961年。
（二）2009年11月被牙克石市人民政府批准公佈為牙克石市級文物保護單位
1.牙克石清真寺
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市永興街道辦事處永興居委會勝利西街8號。地理座標東經120°43'45.5"，北緯49°16'58.6"，建於1935年。
2.興安嶺酒業有限公司
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市新工街道辦事處新華居委會越桔路21號。地理座標東經120°42'56.4"，北緯49°17'14.4"，建於1943年。
3.中東蒸汽機車水塔
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市永興街道辦事處永強居委會牙克石火車站行李房西側20米。地理座標東經120°43'45.9"，北緯49°16'38.4"，建於1903年。
4.大鐵橋碉堡
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市東興街道辦事處牧東居委會牧東四區大橋屯東側20米。地理座標東經120°46'11.8"，北緯49°15'51.0"，建於1938年。
5.牙克石大橋（二道橋）
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市勝利街道辦事處勝東居委會通河東街殯儀館東南50米。地理座標東經120°45'24.5"，北緯49°16'48"，建於1977年。
6.小孤山人防工事
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市建設街道辦事處建豐居委會小孤山上。地理座標東經120°40'48.9"，北緯49°18'55.1"，建於1977年。
7.大孤山人防工事
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市東興街道辦事處牧西居委會牧西二區大孤山上。地理座標東經120°38'31.0"，北緯49°18'28.9"，建於1977年。
8.鳳凰山侵華日軍要塞遺址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市東興街道辦事處牧東居委會牧東四區鳳凰山。地理座標東經120°51'20.5"，北緯49°12'0.00"，建於1944年。
9.免渡河東正教教堂
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮免政居委會二區一組站前路免渡河鐵路電力工區院內西南。地理座標東經121°03'09.2"，北緯49°05'35.4"，建於1903年。
10.免渡河鐵道學校舊址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮免政居委會三區一組鎮政府幼兒園院內南側（118號、119號木刻楞）。地理座標東經121°03'15.9"，北緯49°05'35.5"建於1907年。
11.免渡河中東鐵路橋
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮免輝居委會五區東南2.5公里。地理座標東經121°04'26.6"，北緯49°04'06.7"，建於1903年。
12.免渡河俄式木刻楞
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮免政居委會二區一組站前路免渡河車站西北150米，現為金色陽光旅店，地理座標東經121°03'10.2"，北緯49°05'32.8"，建於1903年。
13.免渡河侵華日軍關東軍慰安所舊址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮農場居委會國營農場加工廠院內南側。地理座標東經120°03'00.9"，北緯49°03'26.3"，建於1936年。
14.免渡河侵華日軍飛機庫遺址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮免輝居委會一區仁義農場北2000米北山腳下。地理座標東經121°10'06.6"，北緯49°01'53.6"，建於1944年。
15.免渡河侵華日軍要塞遺址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市免渡河鎮免祥居委會二區靠山大道東北1公里處北山上。地理座標東經121°04'56.3"，北緯49°07'12.5"，建於1944年。
16.伊列克得俄式木刻楞
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市烏奴耳辦事處伊列克得居委會伊列克得車站東北300米處（01、02、03號木刻楞）。地理座標東經121°35'08.4"，北緯48°50'42.1"，建於1903年。
17.博克圖沙俄護路軍司令部舊址（石頭樓）
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博鐵居委會三區365號。地理座標東經121°54'09.2"，北緯49°16'58.6"，建於1903年。
18.博克圖西大營舊址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博西居委會二區木器加工廠院內西側。地理座標東經121°53'20.5"，北緯48°45'46.8"，建於1903年。
19.博克圖警察署舊址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博鐵社區居委會三區鐵路西二道街。地理座標東經121°54'11.3"，北緯48°45'32.7"，建於1903年。
20.博克圖憲兵隊舊址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博鐵社區居委會三區鐵路東一道街，現為第二百貨商店。地理座標東經121°54'07.5"，北緯48°45'28.9"，建於1903年。
21.溝口侵華日軍飛機庫遺址
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮溝口村南2公里。地理座標東經122°02'17.0"，北緯49°39'01.8"，建於1940年。
22.新南溝偽滿洲國公路橋
位於內蒙古自治區呼倫貝爾市牙克石市博克圖鎮博西居委會三區八組，即301國道博克圖段1077公里930米北側15米。地理座標東經121°43'05.5"，北緯48°47'39.9"建於1938年。
（三）2012年12月被牙克石市人民政府批准為牙克石市級文物保護單位
1.烏川石頭房
位於牙克石市烏奴耳辦事處三根河居委會烏川車站南350米處，即濱洲鐵路上行線613公里120米東側30米處，地理座標東經121°11'27.3"，北緯48°57'22.8"。
2.興安嶺俄式木刻楞
位於牙克石市烏奴耳辦事處興安嶺居委會興安嶺車站東500米處（海拉爾鐵路工務段10號）。地理座標東經121°40'04.1"，北緯48°49'09.9"。
3.新南溝俄式木刻楞
位於牙克石市博克圖鎮博西居委會三區八組新南溝線路工區西南10米處。地理座標東經121°43'33.3"，北緯48°47'49.7"。
4.雅魯車站舊址
位於牙克石市巴林辦事處雅魯村濱洲鐵路508公里482米西側10米處。地理座標東經122°08'13.8"，北緯48°32'51.7"。
5.雅魯蒸汽機車水塔
位於牙克石市巴林辦事處雅魯村雅魯車站南110米，即濱洲鐵路508公里372米西側50米處。地理座標東經122°08'15.6"，北緯48°32'48.4"。
6.雅魯車站辦公室舊址
位於牙克石市巴林辦事處雅魯村豐產居委會雅魯車站西50米處。地理座標東經120°08'11.5"，北緯48°32'49.2"。
7.雅魯中東鐵路職工俱樂部舊址
位於牙克石市巴林辦事處雅魯村豐產居委會雅魯車站西南150米處。地理座標東經122°08'12.5"，北緯48°32'47.4"。
8.雅魯中東鐵路職工浴室舊址
位於牙克石市巴林辦事處雅魯村豐產居委會雅魯車站西南180米處。地理座標東經122°08'13.4"，北緯48°32'46.7"。
9.雅魯俄式木刻楞
位於牙克石市巴林辦事處雅魯村巴新居委會雅魯車站西北300米處。地理座標東經122°08'06.3"，北緯48°32'55.2"。
10.巴林車站舊址
位於牙克石市巴林辦事處濱洲鐵路476公里890米西側12米處。地理座標東經122°19'37.3"，北緯48°18'49.2"。
11.巴林蒸汽機車水塔
位於牙克石市巴林辦事處巴林車站南50米處。地理座標東經122°19'34.7"，北緯48°18'46.4"。
12.巴林車站辦公室舊址
位於牙克石市巴林辦事處五一居委會巴林車站西北100米處。地理座標東經122°19'37.4"，北緯48°18'54.6"。
13.巴林北大營辦公室舊址
位於牙克石市巴林辦事處燈塔居委會巴林辦事處辦公樓東100米處，即海鐵房產段38號。地理座標東經122°19'49.1"，北緯48°18'58.5"。
14.巴林北大營舊址
位於牙克石市巴林辦事處燈塔居委會巴林辦事處辦公樓東北150米處，即海鐵房產段42號。地理座標東經122°19'50.0"，北緯48°19'00.6"。
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