SCI論文的拒稿率在70%以上，所以，論文被拒稿一件很正常的事情。但是，科研工作者辛辛苦苦寫出來的論文，總不能因為被拒稿就扔了，到底怎麼處理被拒稿的SCI論文會比較好呢？
一、瞭解論文被拒的原因
瞭解論文被拒的原因很重要，是因為質量問題被拒，還是期刊原因被拒，這直接影響接下來的處理工作。
1、論文沒有通過外審，直接拒稿
論文沒有通過外審直接被拒多見於文章不符合雜誌的scope，比如臨床研究投到基礎研究雜誌，諸如此類；或者文稿質量不佳，雜誌通常以一句“很抱歉，本刊物錄用率在10%-25%左右，您的稿件不能被錄用”而拒稿。如果是因為論文不符合雜誌類型被拒，論文投稿者大可不必太過憂傷，可以改投其他雜誌讓論文發表。在改投其他雜誌前，要對雜誌的傾向性與年發文數量等進行了解，選擇合適的期刊進行投稿。
2、經過外審後拒稿
通常SCI雜誌會給2-4個審稿人審稿，在文章拒稿信中會逐個列出審稿人的意見並進行總結。然而文章雜誌錄用最終結果取決於雜誌的主編，審稿人的意見並不是決定性的，所以如果有一半的審稿人給予的意見較好而拒稿，可以給編輯部寫信爭取重投的機會。比如2個審稿人中有1個認為可以發表，或者4個裡有3個，3個裡有2個等。
如果大多數審稿人給予的意見較差而被拒稿，那你的論文質量相對來說就比較差了，修改的力度也比較大。
二、論文處理方法
1. 如果文章拒稿是因為數據或分析有嚴重缺陷，如樣本量不足等。這類文章可以先放，等找到更廣泛的證據支持或有了更明確的結論後，再將修改的文章投稿至相應的期刊。期刊編輯會考慮重新受理。有些作者存在僥倖的心理，認為換個期刊後審稿人或許不會找出數據或分析層面的不足。這種幾率非常小，畢竟論文的數據處理及分析方式決定了結果的可靠性。
2. 如果被拒論文不是文章中的數據或分析不足，而是重要性或創新點缺乏。那麼，作者就要仔細考慮審稿人的意見並認真修改，轉投到影響因子低一點的期刊嘗試。不同期刊對論文的創新點要求不一，作者投稿前有必要了解其刊發要求，進而縮短收稿週期。
3. 如果是因為審稿人審稿時不夠公正所致的拒稿，作者可以禮貌地申辯下。審稿人有時也會犯錯誤，並非源於專業知識，而是因為有些時候期刊的編輯找的審稿人未必是作者這個領域的專家。即便他們的審稿意見看似不夠專業，我們也要禮貌地申辯。如果作者對否定有異議，可以向編輯或主編提出自己的意見。只要自己是正確的就應該堅持，這就是學術本身的意義所在。在回覆中要委婉地表達自己的意見。如果編輯同意作者的意見，論文可以重新進入到新的一輪審稿程度。
4.如果論文被拒是因為論文質量原因，就需要進行仔細修改。多數作者的拒稿多源於文章構架的不夠合理，進而造成文章意義不夠突出。拒稿後，著重進行文章結構的調整。尤其是討論部分，很多作者的討論是對結果的再陳述，但實際上寫討論也要與購物一樣，講究貨比三家。只有將自身所得數據與既往結果進行比較，才能突出本研究的優勢所在。這就需要作者，多看些相關的文獻，挖掘其他研究與本研究的銜接之處。一般修改可以從以下三步出發：
（1）修改材料
修改材料主要指對論文引用的材料增加、刪節或調整; 材料是文章中的“血肉”，它是證明觀點的論據，是論點成立的依託。
那麼對選用材料的基本要求是：一是必要，即選用說明觀點的材料;二是真實，即所用的材料必須符合實際，準確可靠;三是合適，即材料引用要恰當，不多不少，恰到好處。在修改論文中，要看引用的材料是否確鑿有力;是否有出處;是否能相互配合說明論點;是否發揮了論證的力量;是否合乎邏輯;是否具有說服力。要把不足的材料補足，要把空泛的陳舊的平淡的材料加以調換;要把不實的材料和與主題無關的材料堅決刪除。
（2）修改結構
結構是論文表現形式的重要因素，是論文內容的組織安排。結構的好壞，直接關係著論文內容的表達效果。結構的調整和校正，關係著全文的佈局和安排。調整結構，要求理順思想，檢查論文中心是否突出，層次是否清楚，段落劃分是否合適，開頭、結尾、過渡照應如何，全文是否構成一個完整的嚴密的整體。調整的原則和要求，是要有利於突出中心論點，服務於表現中心論點。
（3）修改語言和標點
語言是表達思想的工具，要使論文寫得準確、簡潔、生動，就不能不在語言運用上反覆推敲修改。論文的語言修改，主要是在三方面下功夫：一是表達清楚而簡練，用最少的文字說明儘可能多的問題，是一篇高質量論文必不可少的條件。為了使文章精練，必須把囉嗦、重複的地方，改為精練、簡潔的文字;二是文字表達的準確性。為了語言的準確性，就要把似是而非的話，改為準確的文字;三是語言的可讀性，為了語言的可讀性，要把平淡的改為鮮明，把拗口的改為流暢，把刻板的改為生動，把隱晦的改為明快，把含混、籠統的改為清晰、具體。
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