南京城市總體規劃範圍為全市域，總面積6582平方公里，包括玄武區、秦淮區、鼓樓區、建鄴區、雨花臺區、棲霞區、江寧區、浦口區、六合區、溧水區、高淳區等11區。
山水城林一體的濱江生態宜居城市。尊重自然、順應自然和保護自然，充分發揮山水城林獨特生態優勢，強化自然生態保護和城鄉綠色景觀建設，不斷提升和彰顯城市生態品質，形成城在江邊、山在城中、湖在城內、林在四周、綠在家園的生態宜居環境，成為經濟強、百姓富、環境美、社會文明程度高的濱江生態宜居城市。
長三角城市群生態安全的重要區域。發揮南京地處長三角承東啟中的地理區位和擁有豐富多樣山水林湖生態資源的優勢，不斷改善區域大氣環境質量，保護以長江南京段水環境質量，強化區域生態系統整體性保護，加強南京與長三角城市群和寧鎮揚丘陵地區生態系統貫通，提升生態保育、修復和服務能力，使南京成為長三角城市群生態安全的重要區域。
長江經濟帶水清地綠天藍生態廊道的關鍵節點。推動長江經濟帶發展必須走生態優先、綠色發展之路，把修復長江生態環境擺在壓倒性位置，共抓大保護，不搞大開發。藉助南京地處長江下游中段以及東連寧鎮山脈和太湖平原、西接皖江丘陵的承東啟西生態紐帶作用，保護和修復好南京重要的山水林湖生態系統，尤其是以長江水域、江中島嶼、濱江洲灘溼地與長江大堤防護林為核心的長江生態涵養帶，加快形成長江經濟帶水清地綠天藍生態廊道。
國家破解資源環境發展約束的生態文明先行示範區。以優化國土空間開發格局、發展綠色低碳經濟、提高資源能源利用效率、保護自然生態、改善環境質量、健全生態文明制度為重點，著力破解南京經濟社會發展過程中的資源環境瓶頸約束，形成節約資源和保護環境的空間格局、產業結構、生產方式、生活方式，建設國家生態文明先行示範區。
中心城及新城屬於適宜建設區或已建區，控制在城市規模邊界以內。範圍包括主城、東山副城、仙林副城、江北副城以及湯山、祿口、板橋、濱江、龍潭、永陽、淳溪、龍袍、橋林新城，不包括中心城及新城的工業成片佈局區。
新市鎮區屬於適宜建設區或已建區，控制在城市規模邊界以內。範圍包括竹鎮、馬鞍、冶山、程橋、葛塘、金牛湖、橫樑；湯泉、永寧、星甸；江心洲；八卦洲；麒麟、谷裡、橫溪、湖熟、淳化、秣陵；柘塘、和鳳、石湫、洪藍、白馬、東屏、晶橋；漆橋、陽江、磚牆、固城、東壩、椏溪的鎮區。
中心城和新城區堅持開敞組團發展模式，禁止非法建設佔用河湖水面及綠地等自然開敞空間，嚴禁佈局存在環境汙染和環境風險的工業項目，逐步遷出與城市功能不符的項目；消除突發性、局部性空氣汙染隱患，加強城市揚塵和汽車尾氣汙染防治，保證環境空氣質量穩定達標；遵循海綿城市建設理念，嚴格控制新規劃建設區不透水地表面積比例，提高城市排水能力；加快完善汙水收集管網建設，合理實施雨汙分流工程，有效提高汙水納管率和雨汙分流比例，消除城區內的黑臭水體；合理規劃和改善用地功能佈局，加強噪聲汙染控制與治理，建設城市環境噪聲達標區；全面推廣垃圾分類回收處理，加快中水回用系統建設。
新市鎮區建設過程中，禁止對有森林植被覆蓋的山體進行開發建設，禁止切斷自然河流、填埋自然水面，保留山體和河流周邊生態緩衝區；對於新規劃建設項目，建成後的透水地面比重高於40%；在充分考慮區域環境承載力的前提下，適度加快城鎮化進程，完善城市基礎設施建設，切實提高汙水處理率，禁止將生活汙水直接排入自然水體，強化垃圾集中收集處理和環境綜合整治。
工業環境優化區。主要以省級以上開發區為載體，範圍總體上與規劃的工業用地一致。基礎工業集聚範圍包括南京化工園長蘆片區、玉帶片區。其它工業集聚範圍包括南京經濟技術開發區工業集聚片區、棲霞區龍潭物流園工業集聚片區、浦口區高新技術產業開發工業集聚片區、浦口區橋林工業集聚片區、江寧區濱江工業集聚片區、江寧區開發區工業集聚片區、祿口空港工業集聚片區、板橋工業集聚片區、淳化工業集聚片區、柘塘工業集聚片區、高淳工業集聚片區、溧水永陽工業集聚片區。
化繞城公路以內主城核心圈集中集約和精緻開發。加大紫金山—玄武湖城市生態綠核、幕府山—燕子磯風光帶、雨花臺、清涼山、秦淮河等重點風景區的生態開敞空間保護和植被生態修復，著力增加主城綠地面積，為市民提供休閒、娛樂、造氧固碳、調節氣候等生態服務功能。
規範主城核心圈以外都市區空間開發秩序和佈局。合理控制開發規模，強化主城與新市區之間的綠色開敞空間保護和建設，切實加強江北老山、城東青龍山－大連山、南郊牛首山－祖堂山、南山和橫山等城郊森林建設，進一步提高中間圈林木覆蓋率，形成組團式城鎮空間鑲嵌於大片綠色空間的城林生態景觀。
充分發揮南京濱江歷史文化名城和山水城林獨特景觀優勢，以顯山露水自然景觀保護與恢復以及明城牆與特色歷史街區、城市主幹道綠化景觀建設為重點，加大主城生態改造和品質提升力度，凸顯主城生態宜居和高端現代服務功能。
加強長江主城段濱江帶生態景觀建設和開敞空間保護。結合長江沿岸金陵石化周邊地區和梅山地區工業佈局調整，加大長江岸線佔用清理和整治力度，嚴格限制企事業單位和居住小區不合理佔用長江岸線，保留濱江足夠清水和開敞空間，最大限度保護濱江溼地和部分自然岸線，控制江中沙島的開發規模和強度，形成與南京國際性現代化人文綠都地位相稱的濱江景觀和休閒服務帶。
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