葡萄牙人在16世纪就控制了横跨半个地球的商业航线，这个人口不到200万的小国，竟然垄断了世界上香料、食糖、黑奴贸易，确实令人咋舌。然而，盛世之下有隐忧，欧洲其他国家眼红葡萄牙取得的成功，他们或跟随或绕开葡萄牙纷纷染指香料贸易，在激烈的竞争中，葡萄牙自身的问题充分暴露，很快地处于劣势。
第一，人口过少。在16世纪葡萄牙的人口只有150万，对于一个横跨欧洲、美洲、非洲、亚洲的帝国来说是远远不够的。葡萄牙将它在东方的领地分为12个军区，驻在各区的士兵人数差异很大，但通常人数都相当少，如在乔耳区只有50名一线葡萄牙军队，当然有大量的雇佣军作为补充。本已为人数不多的人口，还在与当地人的冲突中大量损耗，兵力总是捉襟见肘。1515年，在于摩尔人的一次海战中，一次就有4000名葡萄牙士兵丧生，随船准备在北非殖民的葡萄牙人被俘，许多人被当做奴隶卖掉。国王曼努埃尔视为奇耻大辱，发誓一定要报仇，但人力和金钱十分匮乏，远征队最终没能组织起来。这一也意味着葡萄牙对北非100多年的殖民活动以失败告终。由于兵力的不足，使葡萄牙的殖民网络出几个关键地点外，都是以据点形式存在，根本无力控制内陆，建立直接殖民统治，同时也无力控制主要港口以外的其他港口，这给其他竞争者以可乘之机。除军队外，很多年轻人去当海员，他们占总人口的百分比可能不算太高，但他们是来自全国最优秀而年轻的人力。很多人从此不再回来。由于人力的缺乏，1610年，葡萄牙在全国范围内只有6000名海员——人员太少以至于根本无法驾驭其全部船只。扩张也是农民摆脱贫困的一条出路，由于农民大量进入城市和参加远洋，以及大地主为了保持与海外发了财的人相当水平的奢侈生活，加紧了对农民的剥削，促使农业人口流入城市，以至于农村逐渐凋敝。为了弥补劳动力不足，大地主越来越多地使用奴隶耕田，这进一步降低了农业劳动力的社会地位和生活水平，结果葡萄牙农业衰落。1526年的一部讽刺剧讲到，葡萄牙的生肉从不列颠进口，白菜从比斯开进口。
第二，财富大量流失。葡萄牙大帝国在极盛时期什么都创造了。唯独没有增加财富。葡萄牙对香料贸易的控制远远达不到独占的程度。每年出发到印度的12艘船很多没有回来。葡萄牙曾在16世纪初实现了对香料贸易的垄断，但很快地威尼斯人就表现了商人的顽强和灵活。他们经常作为私营商人跟葡萄牙舰队出航。他们与穆斯林合作，在葡萄牙人控制范围之外又开辟了香料贸易的航线，除此之外，由于红海始终没有被封锁，威尼斯人先后与埃及人和奥斯曼土耳其人合作继续使用这条航路。葡萄牙人自己也在霍尔木兹出售香料。即使在葡萄牙控制的航路，往往用贿赂的方法也可以使用，这一切使得传统的地中海航路仍然繁荣。香料贸易的丰厚回报也吸引了法国、英国、德国的商人参与竞争，激烈的竞争导致香料的数量大增，价格也随之下跌。在好望角航线上，由于船只失事、海盗、护航及船只损耗等原因，成本在不断地增加，优势渐渐转到地中海航线上。作为一项有丰厚回报的生意，外国银行家借款给国王支付远航费用，为了保证利益，他们要求把运回的货物直接作为抵押。几方原因相加的结果就是葡萄牙人的收益减少，财富大量流失到外国人手中。比利时的安特卫普成为香料集散地，里斯本仍然重要，但已不再是终点。
第三，国内享乐之风盛行。当大量的财富突然到来时，葡萄牙人没有投资于生产，而是把大量的财富投入到消费之中。葡萄牙的自然经济条件并不好，支撑他们不畏艰难探险的精神动力就是香料，现在香料已到手，接下来似乎就该享受了。不论是国王还是贵族都大兴奢侈之风，浪费大量财富。一名布拉甘沙公爵每次举杯饮水时，他的宫殿里都要奏乐致敬。到16世纪中叶，国民缺乏追求、思想颓废的情况已相当严重。葡萄牙的繁荣太多地依赖香料贸易，很少有其他财富来源，一旦香料贸易出现问题，又无追求的话，衰落就是时间问题了。
第四，平庸的国王。欧洲最富有的国王曼努埃尔去世后，1521年“愚蠢又顽固”的若奥三世继位，他唯恐身后留下来的帝国比他继位时缩小，又不能正视存在的问题，只是简单的不愿做任何撤退。然而，事实上葡萄牙有不得不放弃北非萨菲、阿泽穆尔、阿尔卡塞尔-赛格尔和阿尔济拉四个据点，在摩洛哥的据点仅剩下休达和丹吉尔了，这也表明大北非帝国迷梦的破灭。作为一个衰落中的帝国，若奥三世采取了完全孤立或者接近孤立的政策，他宁愿忍受侮辱也不愿投入战争，也不和其他欧洲强国结成联盟。1557年6月，若奥三世因心脏病去世。他的11个孩子在他去世之前都死了，因此他的孙子塞巴斯蒂昂继位。这时葡萄牙的局势已非常混乱，各阶级之间的经济不平等加剧，国内生产力衰退。年轻的新国王富于幻想，他立志要领导国家复兴，首先的目标是征服摩洛哥，只是一个大胆而不可能完成的任务，葡萄牙军队被诱进内陆，1578年8月5日，军队陷入包围，全军覆没，国王也丧了命。
各方势力为争夺继承权闹得不可开交，加剧了葡萄牙政治局势的混乱。然而从血缘上讲，西班牙国王菲利普二世最有有优先权，因为她是曼努埃尔的一个女儿。菲利普二世通过武力打败了葡萄牙国内的竞争者，于1580年被选为葡萄牙国王。葡萄牙不复存在。由于西班牙政府忙于当时欧洲的战事，一直未采取措施来维护葡属领地，葡萄牙多年经营的殖民体系趋于瓦解。从16世纪90年代后期起，葡萄牙在东方的殖民地日益受到荷兰的排挤。到17世纪初，英国殖民势力又接踵而至。1605年荷兰把葡萄牙人赶出安汶，1619年赶出雅加达，1641年赶出马六甲。英国人在1622年夺取霍尔木兹，1630年迫使停止商业竞争，1654年强令他开放东方一切据点。在美洲，1624年荷兰人便已侵占巴西。葡萄牙在东非的势力，也从17世纪30年代开始衰落。经过几十年的沉沦，葡萄牙虽然在1640年最终摆脱了西班牙的统治，但此时的世界局势已经大变，荷兰的殖民势力已经巩固。尽管1654年葡萄牙将荷兰人挤出巴西，但它的东方殖民帝国早已被全面瓦解。到18世纪初，他在东方的殖民据点，只剩下果阿、第乌、帝汶和澳门等有限的几处。它再也不是一个强国了。
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