僅僅三年時間，榮升到太醫院使的子遠先生，並未因為高官厚祿有所心安，反而越來越感覺內心焦憂，撫心自問，除了流連奔波在皇子皇孫之間，沒能真正為困苦的人們做點什麼，這和他學醫的初衷並不相符。
加上世祖皇帝的胡鬧，如要求太醫院全國搜求秘方奇技，編輯成冊，方便以後的大夫看病。世祖皇帝這個心未嘗不好，可是中醫講究的是辨證施治，同樣一個疾病，不同的人可能都需要不同的應治方法。雖然子遠先生極力進諫，可是世祖皇帝還是一意孤行。又要求各路、府、州、縣設立醫學（也就是專門教授醫術的學校），而且設立三皇祭，將羲皇、神農帝、黃帝三位一起供奉，稱三皇廟，為“醫家之祖”，這就有些胡鬧。還廣擴惠民局的規模，提高醫療費用，惠民落不到實處，反而搜刮民脂民膏，與醫家訓誡背道而馳。還規定醫戶戶口制度，分為醫戶，就必須子承父業，世代行醫，不得違背。
雖然子遠先生極力勸諫，可惜收效甚微，何況世祖皇帝親自督導，在保定、東平、河間、濟南、遼陽、濟寧、興和等十餘處地域廣設醫教機構，惠民機構。委派他人，借醫療的方法，聚集財富，導致醫官之間很是腐敗。
很可能當時去看個病，大夫就問你哪裡不舒服，你說有些上火，頭熱，然後大夫就會翻開書找找方子，吃點犀角散吧，什麼？犀角太貴？您有多少錢，那就來點消毒飲吧，這個便宜。當然這個純屬是開玩笑。
有鑑於醫療機構的腐敗和自己的力不從心，於1283年，也就是至元二十年，子遠先生在文丞相殺身取義後，借考察厲疫的名義，棄印逃出官場，開始了隱居生活。子遠先生的記述，因心尤文公安危，強留大都，若無此事，快意田園，何等美事。也就是為了在宮廷給文丞相一些照顧策應，所以留在了太醫院。在文丞相就義後，兩番請退，未得允准。
於是在這一年的七月，正好南方夏秋交際，厲疫四起，於是藉機考察疫情，棄印西逃。在逃離前，早就把家眷委託他人，避居藥王山，也就是陝西耀州銅川。子遠先生的逃離不是逃避責任，是對於官場的無奈，和一心牽掛受苦病難黎民的結果。一般人哪有捨得放下從一品尊榮，錦衣玉食，在正值壯年不惑就隱退的，惟有大德賢良，才會功成身退，視蒼生為己任，功名如糞土。
之後子遠先生攜家人隱居在藥王山，過起隱居生活，順便給當地百姓，免費施治。這種治療不同於別人找上門來，往往是自己帶子女出去遊走，遇到什麼人，什麼病，隨機診治，絕不收取一毫費用，就是個免費的赤腳醫生。
經過三年的藥王山隱居生活，子女也已經醫術有所小成。於是將子女叫到身前（兩男一女），吩咐囑託，讓三人以後各尋他地，從事醫生生涯。因為女兒年幼，傳了制香術和婦科，託人隱居終南。給兩個兒子每人各留了一點紀念，也就是金符和冠帶，留作念想，自己遊方他鄉。並一再囑託此物非同小可，不可輕易示人，或有生命之危（因為宮廷出逃，暴露身份可能會有殺身之禍）。
直到多年後，小兒子已經在更遠的西方陝甘道成家立業，收到了子遠先生寄來的包裹，內有自編醫書病案几本，還有一封信，講述了自己藥王山分別之後的一些去處。大致藥山採藥，太白煉丹，谷口避谷，之後各地遊方行醫，期間遇到的一些病案及診療思路記錄了下來。
到現在故鄉老人還經常流傳著這樣的故事，過去有個老中醫，給人看病從來不要錢，不管什麼病，只要在院子（過去陝甘道那裡到處都是四合院）裡走走，隨手掐幾根草，給人服下，病管好，是老人茶餘飯後的談資。也有說看病就是扎針，一次就好，保證見效，凡病不二過。也有人說給人看病，不收一文錢，只求的一口飯吃。
直到解放後，家祖父在世的時候，因為世代行醫，醫術高超，縣裡還特地配上一輛加重自行車，這也是整個鄉鎮的第一輛自行車，方便出診。
可惜年代久遠，多番動盪，留下的只有一把劍，一個木雕藥王像，也聽家祖母提起有套官服尚在，不知道流落在哪個親戚手裡。從小時候記事起，每年農曆四月二十八日藥王誕辰紀念日，家祖父在的時候，我們小孩都要去跪在藥王像前，由大伯誦經。
時過境遷，不敢誇讚先輩聖德，只是留下一些文字紀念，讓世人知道還有那麼一位醫生存在過。
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