民間傳說的“六扇門”則是指捕快之中一個特殊的旁支。這個“六扇門”通常只接手江湖幫派鬥爭和久為官府通緝的要犯，同時與各大門派有相當的交情，在朝廷和江湖中都有著舉足輕重的權力，江湖中有身份的人犯案只要不上動天庭，都可以不了了之。
古代衙門為顯示威嚴、氣派，多開六扇門。後遂以六扇門代指官府、衙門。
關於六扇門名稱的由來。古代衙門以門為名，在這個建築群裡，各式各樣的門戶當然就具有頭等重要的意義。不過最重要的是中軸線上的大門、儀門、宅門。故宮的門也是六扇。故宮每道門都是三個門，每個門兩扇，共六扇。為了突出大門的重要性，大門前面有照壁，兩側有“八字牆”，門口有的還放置一對呲牙咧嘴的石頭獅子。後來，六扇門指的是三法司衙門的合稱。三法司衙門的合稱，明清時分別指刑部、大理寺和都察院，元代指大宗正府、刑部、宣政院，宋代指大理寺、刑部、御史臺，唐代只有大理寺和刑部，漢代指廷尉、御史中丞和司隸校尉，秦代《商君書·定分》：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。”這是中國最早的三法司。
唐貞觀年間，朝廷初建六部。為徹底解決隋末農民起義的殘餘勢力和各地綠林豪強，刑部建立“六扇門”秘密訓練基地，訓練新銳少年，名為“鷹犬”。
明朝萬曆年間，朝廷為了處理有關國家大事的案件，專門成立了一個集武林高手、密探、捕快和殺手於一體的秘密組織。因為這個組織的秘密性，又因為總部大殿是一個坐北朝南、東南西三面開門、每面兩扇門總共六扇，所以叫做“六扇門”，組織成員因行動機密也叫總部為“六扇門”。因為這個組織行動詭異、手段兇狠、專辦大案，民間廣為傳誦六扇門的威嚴恐怖。時間久了，六扇門在江湖上也就無人不知、無人不曉了。這個“六扇門”組織在查辦魏忠賢的鬥爭中表現出色，但隨著明朝滅亡也最終消失。
“六扇門”獨特的社會地位和工作內容，形成了“六扇門”辦案風格的神秘性。一方面，“六扇門”是朝廷之官，要接受正統的朝廷制度的約束；另一方面，“六扇門”又要直接和黑道的江湖人士打交道，必須要熟悉江湖規矩。正因為如此，“六扇門”的人進得衙門，出得江湖。他們遇到的事情千奇百怪，處理事情靈活多變；他們是衙門中的江湖人物，是江湖中的衙門掌門。他們代表衙門統管江湖一方，在江湖上擁有極大的權力，卻也同時被不為朝廷效命的江湖豪傑所不齒。
《武林外傳》中，如果一來些奇怪的人，老白經常心想：“誒呀，該不會是六扇門的人吧？”顯然，六扇門是明朝專門逮捕罪犯的群體。曾逮捕了盜神：姬無命。當然，盜聖：白玉湯（後更名為白展堂）也是六扇門通緝的罪犯。六扇門裡，有天下第一女捕頭、白展堂的母親白三娘，以及郭芙蓉的父親郭巨俠，和他的徒弟四大神捕……
溫瑞安在《四大名捕》中虛構了一個屬於官府的組織——六扇門，專門辦案。在明清小說中也有以六扇門代指衙門，溫瑞安的虛構從此而來，而《武林外傳》中的六扇門影射的是四大名捕。
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