衢州孔廟為南宋·建炎初孔子第四十七世孫襲封衍聖公孔端友率族人隨高宗趙構南渡後所詔建。宋寶祐元年(1253年)始建，明正德十五年(1520年)遷於現址，歷代多次修葺。1998年經過全面修繕，作為衢州市歷史博物館舍對外開放。主體建築有頭門、大成門、大成殿、東西兩廡、思魯閣、聖澤樓等。
浙江衢州孔氏南宗家廟坐落於衢州市區府山街道新橋街， 是全國重點文物保護單位。衢州孔廟是全國僅有的兩家孔氏家廟之一，素稱“南宗”。（北宗：山東曲阜）
孔子，生於公元前551年，卒於公元前479年，春秋時魯國人。是中國歷史上偉大的思想家和教育家，被歷代帝皇奉為聖明。據史載，北宋末年，宋都汴京(今河南開封)陷入金兵之手。宋高宗趙構倉促南渡，孔子第四十七代裔孫、衍聖公孔端友，負著孔子和亓(qi)官夫人(孔子夫人)的一對楷木像(據傳為孔子學生子貢所刻)，離開山東曲阜南來，定居於衢州。宋高宗寶祐三年(公元1255年)，敕建孔氏家廟，為南宗。孔子後裔子孫已在衢州度過了 800 多個春秋。衢州作為孔子後裔的第二故鄉，向有“東南闕里”、“南方聖地”之稱。
孔氏大宗，世屬鄒魯。靖康之難，大宗南來，宋金對峙，孔裔始分南北兩宗。建炎二年（公元1128年），宋高宗趙構因受金兵進犯所迫，舉朝南遷。此時在山東已被御封“衍聖公”的孔子第47代嫡孫孔端友及其部分孔氏族人，也一起攜帶了那對“孔家傳世珍寶”———孔子夫婦楷木像及畫像，隨後南渡至浙江衢州落腳。次年，高宗又御準孔端友等在衢州興建孔府孔廟，在此生息。而未隨駕南遷的，則仍留在山東曲阜。至此孔氏後裔，便形成了南北二宗。
紹興二年，孔玠襲封為衍聖公，暫時留居在衢州的孔子世家決定定居在衢州，多次請求在衢州建立家廟，到紹興六年宋高宗趙構“詔權（衢州）州學為家廟”。從此，孔氏宗子就在衢州生息。
起初，家廟“時尚草創，即庠為家廟，酌田供禮，未有定數”。後宋高宗頒賜銅印，賜田五頃，以供族人祀祭，孔氏南遷者才逐漸安定下來。從宋高宗以後的四代皇帝，都尊重宋高宗旨意。
南宋王朝末期，形勢發生根本變化，宋理宗端平元年（公元1234年），蒙古滅了金王朝。按照蒙古與南宋訂立的協議，滅金之後，南宋王朝可收復失地，回汴京。然而，蒙古卻違約。南宋不僅沒有收復中原，反而失去更多的疆土。在衢州定居的孔子世家，再也不可能回到山東去。宋理宗於寶祐元年（1253年），以現實的態度，準衢州知州孫子秀之請，在衢州為孔子世家，興建家廟。
宋理宗寶祐元年（公元1243年）准許衢州知州孫子秀之請，撥款三十六萬緡，興建了第一座孔氏衢州家廟，以衢州州學權代孔氏衢州家廟的局面，才告結束。州官孫子秀也因建孔氏衢州家廟，而升為太常丞。
元朝建立，孔氏五十二代孫時，元世祖欲統一孔氏二宗，讓南宗仍迴歸山東。而南宗五十二代孫卻申奏朝廷，意謂已有五代祖先在衢，舍之不忍，並願將世襲之“衍聖公”封號讓於北宗孔氏族弟承襲。元世祖聞之贊曰：“寧違榮而不違親，真聖人之後也”，遂準其奏。自此，南宗失其爵位，社會地位日衰，曾一度淪為平民，直至五十八代孫時，才又被朝廷冊封為“五經博士”爵號，子孫世襲。然而，因其衰落了幾個朝代，加之衢州地處浙南，乃歷代兵家爭奪要地，南宗孔廟屢遭浩劫，遠不如北宗山東曲阜孔府孔廟保存完好。故至今只以北宗曲阜的孔氏家族為正宗。
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