第一部的內容是在紐約市的下水道住著四隻跟隨著來自日本的忍者老鼠師父且功夫高強的忍者龜，在一次偶然機會，忍者神龜救了一名正義的女記者，而且這位女記者也成為了唯一知道忍者龜住處的人。
由於行俠仗義，他們與一個神秘組織結怨。然後這個神秘組織招募了許多無知的小青年突襲他們，最終寡不敵眾，忍者神龜受傷，同時，他們的老師也被抓去。後來女記者的上司的兒子跑來通知忍者龜，並告訴了他們神秘組織的地點。且這個神秘組織也是曾經殺害忍者老鼠主人的兇手，最後忍者神龜打敗了這個神秘組織。
第二部就是發現變種物質的洩漏的忍者神龜後與史萊德之間展開的戰鬥，而忍者四龜也在次戰鬥中得到了提高！第三部由於魔杖，忍者神龜被傳回到17世紀的日本，他們將在那裡對抗邪惡的勳爵，並且奪了回魔杖，拯救紐約市！
第四部是功夫高強的忍者神龜，親如一家的忍者神龜經歷了一些是之後他們的關係就漸漸疏遠了，與此同時，3000年前的13只魔獸送回去時，溫特斯的四個兄弟（石人）卻想把魔獸組建成軍團，稱霸世界！然後在老朋友艾普莉爾·奧尼爾和凱西·瓊斯的相助下又集結了忍者神龜與之展開正義的戰鬥，再顯神龜本色！
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