在日常养殖过程中，及时有效地对养殖水体进行消毒，可减少龟病的发生及药物的使用，降低养殖成本，提高品质。
消毒对水产养殖主要起到预防的作用，利用消毒剂的氧化性及对病原体渗透压的改变，破坏水体中病原微生物的膜结构，使病原体中酶和蛋白质失去活性，进而致其死亡。
一方面，消毒可杀灭水体中的病原微生物，降低龟类感染的风险，减少龟病的发生，并能调节水质。另一方面，消毒产品都具有一定的氧化性和刺激性，对水产动物具有一定的损伤，加之水体是一个变化的、复杂的系统，某些化学物质对水体环境易造成负面影响。所以，选择合适的消毒时机以及合理控制用量非常重要。
消毒前需考虑的因素
1、消毒时间。视实际情况而定。全池泼洒消毒剂，一般常选在晴天上午9:00～11:00，或下午15:00～17:00时间段给药。
2、水温。一般情况下，药物的药效与水温呈正相关，药物作用强度随着水温升高而增强，作用速度加快，如含氯消毒剂等。
3、酸碱度。阳离子表明活性剂会随水体pH的升高作用增强，常用消毒产品如生石灰本身具有强碱性，使用前要清楚其作用与禁忌。
4、有机物。养殖水体有机物种类与含量在一定程度上会干扰消毒剂的使用效果。主要有以下原因：
（1）有机物会在病原微生物表面形成一层保护层，阻碍药物的渗透；
（2）有机物与药物作用后形成溶解度比原来更低或消毒效果更弱的化合物，并且这些化合物对病原体起到一定保护作用；
（3）有机物直接与药物作用，降低药物浓度影响药效。
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