阿古柏於1867年在新疆建立“洪福汗國”後，1871年（同治十年）7月沙俄也趁機佔領了伊犁，這引起了清廷的高度重視。隨即派景廉、成祿等率軍出關，並令左宗棠派兵進剿。此時，左宗棠剛掃平寧夏金積堡，正攻河州，還有西寧、肅州未定，左宗棠認為“此時興師遠舉，並非穩著”，於是於1872年1月派徐佔彪率12營川軍進剿肅州（今酒泉）。徐佔彪未參加平定河州和西寧的戰役。
徐佔彪是四川西充人。他率軍至高臺後，即令總兵胡立芳帶馬隊百餘騎去肅州南山各堡購買糧食，結果在清水與崔偉、禹得彥、胡天喜等4000餘陝回相遇，兩軍接戰，略有斬獲。徐佔彪得報，即夜率3營步兵往剿，成祿亦派鍾文遠率1營同行，回軍大駭而奔，清軍追擊至金佛寺，大捷！
肅州回軍進攻河民堡、老顴堡，等清軍到，隨即逃遁，據險死守。徐佔彪設計誘敵出戰。他先伏4營清兵於十裡外的亂古墩，然後率軍至東關，誘回軍，且戰且走，回軍追至亂古墩，伏兵突起，回軍大敗。城內回軍出援，被徐佔彪右營馬隊擊敗；馬文祿親率精銳來戰，參將肖蘭玉以開花炮轟之，傷其馬，徐春先去擒時，被飛子所傷，馬文祿乘機逃去。自此，肅州回軍縮至朱家堡、黃草壩、塔爾灣、文殊山各堡，互為犄角，環以連卡百餘座堅拒。
5月，桂錫楨率軍抵肅州。馬文祿遂向關外及西寧求援，有關外纏回三千餘人入城助守。禹得彥、崔偉遂抽調陝回數千經大通出扁都口馳援肅州，左宗棠聞訊即令董福祥、劉錦棠及新降的馬佔鰲切斷陝西回軍去路。
徐佔彪與肅州回軍相持既久，又故技重施誘敵出戰。他令所部歸化營回兵佯作內應，暗約馬文祿出堡攻清軍，以繞旗為號。令桂錫楨率軍伏於深林中，自己率軍埋伏於老馬堡。天亮前，先以步兵二營誘回軍，回軍懷疑不前；及見回兵在亂古墩上繞旗，這才大隊出擊。桂錫楨等回軍剛過半，橫截而出；歸化營亦迎頭猛擊，徐佔彪率師由老馬堡分三路衝出，三軍合擊，回軍傷亡慘重，遂逃奔城關及朱家堡。
回軍既堅守塔爾灣各堡，清軍不能進取肅州城。徐佔彪乃令黃虎臣出軍雷臺廟一帶進行牽制，自率5營夜趨塔爾灣，令馬桂楨率馬隊兩路以策應。徐佔彪將所部清兵分為十隊，每隊各攻一壘。時天未亮，清軍趁黑攻入，於是攻克四堡十九墩卡，來援回軍亦被馬隊擊敗。再破墩堡六座。於是分兵環攻塔爾堡，至六月初攻克東山堡。徐佔彪進駐黃草壩，督攻益急，遂克塔爾堡；然後乘勝攻克文殊山、黃草壩諸堡。於是肅州城外百餘墩堡依次被削平，清軍進駐沙子壩，離肅州城僅三里。
清軍攻坡塔爾灣後，白彥虎傷亡慘重，知道肅州早晚不保，於是間道出嘉裕關，奔逃新疆去了。
隨著西寧戰事接近尾聲，左宗棠不斷向肅州增兵，使圍城清軍達到60餘營。
1873年6月，回軍五六千人自肅州城南門出，頭裹白巾，縛黃白紙，前斜排兩行，中作方營，後隊散列，既成列，先殺一婦人、一犬為壓勝，誦經誓死猛撲，清軍靜以待之，等其士氣已衰，乃衝出。回軍奮勇拼殺，清軍肖蘭玉以炸炮摧之，桂錫楨率馬隊衝入陣內，徐佔彪又揮軍衝殺，回軍大亂，傷亡甚重，退據城南枯樹堡。清軍張景福連克北崖頭、枯樹堡、朱家堡及四壩各堡卡，肅州城越發孤立。
10月，左宗棠親臨肅州督戰。肅州城內糧食斷絕，回軍殺馬充飢，仍拼死據守。清將楊世俊中彈身亡。
10月底，劉錦棠率湘軍自西寧至，讓新降陝回崔偉、畢大才等馳馬城下，向馬文祿喊話勸降。馬文祿自知生路已絕，於是親到左宗棠大營乞降。至此，徐佔彪攻打肅州已經一年多，雙方都已殺紅了眼。左宗棠將馬文祿及九名回首與其屬下回軍全部誅殺，並誅殺了外地回軍1570餘名。清軍又入城縱火，燒死土回四千餘人，肅州回族庶幾被清軍誅戳殆盡。
至此，陝甘回亂全部平定。
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