經過了漢朝的外交風雲、唐朝的兵敗怛羅斯，清朝終於徹底地將西域納入自已的統治之下，即使在王朝末世也沒有放棄。
公元1880年，在大清帝國的西北重鎮肅州城裡，彷彿正在進行一次盛大的閱兵式。“左恪靖軍”大旗在隊伍前面迎風招展，各家將字旗號和營旗隨後飄揚。主帥左宗棠在八百鐵騎簇擁護衛之中，騎乘一匹白馬，神情凜然。他的身後，八個彪形大漢抬著一口黑漆棺材，是為他自己準備的，威風而悲壯。數萬老百姓圍觀，指點著隊伍中的左大帥說:“三國演義裡龐德抬著棺材戰關公，大概就是這個模樣。”
左宗棠帶著這口棺材已經在天山南北征戰了四年之久。大清帝國的先帝們曾經在這裡如犁庭掃穴一般平滅了一切敢於藐視中央權威的力量，並且給這個古稱“西域”的地方取了一個新名字—“新疆”。而左宗棠要做的就是將這片“故土新歸”的疆域牢牢守住。
準噶爾汗國的挑戰
自從唐軍撤離西域之後，中原王朝的身影在天山南北消失了很久。公元1644年，清軍鐵騎長驅直入，在中華大地上建立起一個新的王朝。這是一個抱負遠大的王朝，決心要將中華帝國的故土全部統一起來。當雄才大略的康熙皇帝登上王位，乾淨利落地平定三藩、收復臺灣之後，重返西域的時候到了。
不過此時統治西域的漠西蒙古卻對清王朝報以輕蔑的態度。13世紀蒙古帝國興起之後的近500年裡，這裡一直是蒙古人的樂土。他們的大汗噶爾丹剛剛將天山南北收入囊中，兵力強盛。重返西域?蒙古人還想牧馬中原，重建大蒙古帝國呢。
公元1688年，野心勃勃噶爾丹率領10萬大軍越過阿爾泰山，橫掃漠北蒙古各部，兵鋒距北京只有700裡。他向康熙致函說:“你做南方的皇帝，我做北方的君長。”倔強的康熙皇帝不能容忍這等侮辱，下令御駕親征。
雙方在呼倫貝爾草原的烏蘭布通決戰。噶爾丹見四野茫茫，無險可依，便下令部眾將所有的駱駝拉來，首尾相接，圍成一個大圈，把它們四蹄捆綁起來不能動彈。然後將所有氈、毯、皮裘等物被蓋在駱駝身上，再澆上些水，以抵禦清軍的攻擊。這就是“駝城”。’果然清軍長兵失靈，箭矢無效。而伏在駝城內的準噶爾軍，憑藉駱駝的保護卻可以射殺清軍。清軍立即改變戰術，將所有火器調到一線，集中轟其一點。一聲令下，槍炮齊發，聲震天地。駱駝畢竟是有血有肉的動物，哪怕被捆住了四蹄，也被嚇得亂蹦亂跳亂滾亂竄。駝城頃刻瓦解，清軍乘機攻入，噶爾丹大敗而逃。
這一戰標誌著世界軍事史上火器時代的真正來臨，也標誌著遊牧民族對中原農耕社會持續千年的主動進攻走到了歷史的盡頭。此後10年中，康熙又兩次親征。噶爾丹左右的親信逃的逃，降的降。無論噶爾丹把營帳紮在哪裡，都不斷地收到告急的警報，弄得他疲於奔命，最終在絕望中服毒自盡。
黑水營的傳奇
噶爾丹被平定了，但從準噶爾貴族手中解脫出來的天山以南地區並未就此太平，因為“大小和卓”之亂旋即又起。“和卓”是阿拉伯語的譯音，意為“聖人的子孫”，被西域穆斯林視為領袖。當噶爾丹的蒙古騎兵橫行天山南北的時候，有兩個和卓兄弟淪為階下囚。清軍將他們解救出來，讓他們統治天山以南地區，這就是歷史上的“大小和卓”。
沒想到大小和卓很快忘恩負義，與清朝中央政府決裂，發動叛亂。1758年，清政府派出大軍平叛，整個過程相當傳奇。
定邊將軍兆惠統兵4000進攻葉爾羌，在城東黑水河邊林中紮營，結果遭到叛軍圍困。這支陷入絕境的部隊卻並沒有崩潰。叛軍在林外放槍，清軍收集落下的鉛彈數萬顆，居然解決了缺少彈藥的問題。叛軍掘河漫灌，兆惠讓士兵開渠引水，反而讓部隊的飲水無憂。糧草耗盡，他們又意外地挖到了先前維吾爾人窖藏的糧食，因此固守3個月，毫髮無損，直到清朝援軍到達，大破叛軍。大小和卓自知大勢已去，逃往巴達克山國，卻被國王擒住，當做歸附清朝的禮物，最終只落個身首異處。60多年之後，大和卓的孫子張格爾再次作亂，也被清軍生擒斬首。
1759年，清政府正式把西域改稱為“新疆”，取“故土新歸”之意，在新疆各地置官立府，對天山南北各地進行管轄治理。
沒落王朝的奮力一擊
和平持續了近百年。清王朝漸漸步入遲暮。1840年鴉片戰爭使它成為帝國主義列強奴役宰割的對象。動亂的陰霾再次籠罩天山。一些反動和卓先後形成多個封建割據政權。1865年毗鄰新疆的浩罕小國趁機派軍官阿古柏入侵，迅速佔領了天山南北廣大地區。
英國和俄國都想控制阿古柏，使之成為自己侵略新疆的工具。英國首先與阿古柏接觸，並送給阿古柏許多先進的槍支、彈藥。沙俄則藉口阿古柏勢力威脅到俄國安全，打著保護和代守的旗號，公然出兵佔領伊犁。160萬平方公里的新疆眼看就要從大清的實際版圖上消失了。
而此時朝廷卻出現了兩個聲音。直隸總督李鴻章認為要收復新疆，得不償失!還不如集中力量搞好海防。陝甘總督左宗棠則主張堅決西征，收復新疆。他認為，新疆自古以來就是中國的領土，決不能放棄。況且，如果放棄了新疆，那麼不僅甘肅、陝西等地都暴露在敵人面前，就連內外蒙古和山西也不得安寧了。
為了對付阿古柏匪徒的洋槍洋炮，左宗棠從廣州、浙江調來專家和熟練工人，在蘭州造出大量先進武器，還仿造了德國的螺絲炮和後膛七響槍，改造了中國的劈山炮和廣東無殼抬槍。經過一段時間擴充軍備，擁有了一批威力較強的輕重武器，可以說這時左宗棠的部隊已經接近近代軍隊了。
1876年3月，左宗棠率領大軍分三路向新疆進軍。為了表示他收復祖國失地的決心，左宗棠特意為自己準備了一口棺材。走到哪裡，他就讓人把棺材抬到那裡。將士們看到這口棺材，個個摩拳擦掌，決心與侵略軍決一死戰。
8月，左宗棠命令劉錦棠率領主力軍，先攻北疆，佔領交通方便的主要城鎮，然後再向天山以南進軍。劉錦棠只用了三個多月的時間，就攻克了烏魯木齊等城市，收復了天山以北。1877年4月，左宗棠又率領清軍對吐魯番展開了全面進攻，消滅阿古柏的主力。英國人出面調停，要清廷允許阿古柏殘部在喀什獨立成國。左宗棠駁斥道:英人要想為他們立國，可以割讓英國的土地給他們，為什麼要拿我們的沃土做人情呢!最後阿古柏眾叛親離，損兵折將，在逃竄的途中服毒自殺了。
俄國人原本以為衰朽的清廷不會出兵新疆，即使出兵也無法取勝，所以表示:只要中國從阿古柏手中收回了被佔的領土，他們就把伊犁還給中國。清軍打敗了阿古柏，俄國人陷入被動，便在談判中敲詐勒索，迫使清朝大臣崇厚簽下了一個辱國條約，雖然歸還伊犁，卻割走伊犁周圍的北、西、南三面領土，還要索取大筆軍費。
消息傳來，激起朝野上下的極大義憤。清廷拒絕承認這個條約，派外交奇才曾紀澤再次赴俄談判。1880年5月25日，68歲高齡的左宗棠又一次帶著自己的棺材，親率大軍離開肅州，出嘉峪關向哈密進發。如果曾紀澤與俄人談判破裂，他就向伊犁發動進攻，把俄國人逐出境外。沙俄大為驚愕，不得不與中國簽訂了《改訂伊犁條約》，承認了伊犁地區為中國領土。
新疆全境收復。這是晚清歷史最揚眉吐氣的一件大事。1884年，在左宗棠的懇切陳詞下，清廷正式在新疆建省，從此新疆與內地一般無二，成為祖國身軀上的一部分，再也沒有任何力量能夠將它分離出去。
綿延2000多年的西域爭霸到此正式結束了。經過了漢朝的外交風雲、唐朝的兵敗怛羅斯，清朝終於以壓倒性的優勢和無可比擬的決心，徹底地將西域納入自己的統治之下，即使在王朝末世也沒有放棄。新疆永遠是中國人的。
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