這場暴亂起源於回教新老教派（哲派和華派）之間的爭鬥。
新教哲派創始人馬明心是甘肅隴南人。1728年，隨叔父赴麥加朝覲，途經也門時，與叔父失散。他被當地沙孜林耶道堂收為門徒，習經修道。1744年回國後，創立哲派，並在甘肅傳教。由於馬明心的學生蘇四十三在傳教過程中與老教華派發生矛盾，被循化華派首領馬國寶以“邪教”告於官府。再加上哲派發展迅速，遂被清廷定為邪教。於是兩派之間開始矛盾不斷，經常發生械鬥。而清廷有遏制哲派，往往在處理矛盾時，有意偏袒華派，遂引起哲派的強烈不滿。
乾隆四十六年（1781年）三月初，兩個教派終於爆發了大規模的械鬥。先是哲派蘇四十三、韓二哥率其信徒千餘人，襲擊了華派的村莊，殺死教徒百餘人，裹脅部分人隨哲派，許多人外出逃亡。隨後華派告到陝甘總督衙門。
陝甘總督勒爾謹委派蘭州知府楊士璣，會同河州協副將新柱、皋司福菘等，帶領兵丁40餘人赴撒拉族地區查辦此事。哲派信眾聽說後，就假裝華派信徒出迎，以探聽官府旨意。楊士璣等不知是計，便表態說，官府要為華派作主，如哲派不守法令，將全部誅滅！這本是楊士璣幾句隨口話，是用來安撫華派的；如果真要鎮壓，怎麼可能只帶40名兵丁來呢？哪知說者無心，聽者有意，結果迅速成了哲派暴亂的導火索。
蘇四十三、韓二哥等聽了清政府官員的這些言論後，大為氣憤，遂決心率部起事。是日晚殺死新柱，次日清晨趕往旗臺堡斬了楊士璣，乘勝攻佔了河州（甘肅臨夏）城，殺死知州、都司等官吏，奪取了大量軍械和馬匹。其他教派的撒拉族和回族、東鄉族等也加入反清隊伍之中。
勒爾謹聞訊後，一面調西寧鎮副將貢楚克連爾由循化截住歸路，並派循化文武官吏率兵赴河州鎮壓；一面將馬明心逮捕，由官川解押蘭州。蘇四十三和馬明心的義女賽利麥等聞馬明心被捕後，遂率男女教徒2000餘人攻陷河州城，由小路經唐汪川，夜渡洮河，進逼蘭州，要求釋放馬明心，揚言如不釋放，即攻蘭州城。當時，蘭州防務空虛，只有標兵800名，布政使王廷瓚大為驚恐，無奈之下，便迫令馬明心登城，勸諭蘇四十三等退兵。蘇四十三等一見馬明心後，立即跪地，泣不成聲，口稱“聖人”不止。馬明心見此情況，便將自己的傳教手杖扔下城去，眾人得此，如獲至寶，搶著撫摩，互相傳遞。蘇四十三等立即明白了馬明心的意思。王廷瓚見此十分恐慌，恐放歸後如放虎歸山。於是就在蘭州東川門將馬明心斬首，同時散佈謠言說十日後釋放馬明心。
馬明心既歿，蘇四十三等反清之心更堅。乾隆帝為了鎮壓哲軍，四下調兵“圍剿”，先派大學士何柱率京師健銳營、火器營2000人赴援，又命馬彪、伍彌泰等率兵萬餘進剿，又派阿桂、和珅前往督師。哲軍十分勇敢，賽利麥率女兵與清軍對陣時，一仗即殺死清將官9人，但終因眾寡懸殊，賽利麥同丈夫一併陣亡。蘇四十三等被迫退守華林山。四月十九日，圖欽保率遊擊王三傑等仰攻華林山，撤拉族居高臨下，大敗清兵，打死清軍990人，圖欽保、王三傑等戰死。乾隆帝大怒，於是勒爾謹因“師久無功”被革職，和珅也被急速調回京師，獨留阿桂督師。阿桂採用“以夷制夷”的辦法，令撒拉族土司韓煜率眾打先鋒；又調金川屯藏兵千名和阿拉善旗蒙古兵七百“助剿”，圍困華林山，斷絕水源，又將華林山寺廟房屋盡行燒燬，哲軍死傷400餘人。六月初，清軍乘大雨進攻，蘇四十三等血戰而死，哲軍無一出降，全軍覆滅。
和珅自此與阿桂產生了矛盾。但和珅喜歡記錄天氣情況，這使得乾隆皇帝發現了著名的甘肅“冒賑案”。原來勒爾謹和甘肅布政使王亶望串通一氣，先是將收捐監生的米糧改為銀兩，然後年年虛報旱災，打著用監糧賑濟的名義，將銀子全部私分。此案涉及州府道臺60多人。最後，22人被斬首，其中王亶望斬立決，勒爾謹自盡，餘者依律治罪。
起義被鎮壓後，清廷對哲軍的家屬、新教眾採取了“斬絕根株”的政策，安定、河州、官川、唐汪川、洪濟橋等地許多人被殺，剩餘的被充軍伊犁或雲南。從此，清廷禁止傳教和聚眾唸經。而陝甘總督李侍堯在查辦所謂新教餘黨時，大肆株連羅織，迫害無辜，結果激起了更大的反抗。乾隆四十九年（1784年）四月，新教徒田五等人又在甘肅通渭北六十里的石峰堡起事。
起義軍久攻靖遠、會寧不下，田五在戰中掛掉，張文慶、馬四圭等人遂率隊伍折向東南，與通渭的回民一道攻通渭城。陝甘總督李侍堯連忙派甘肅提督剛塔率軍鎮壓。張文慶、馬四圭等人在攻佔通渭城後，巧設埋伏，西安副都統明善及所部1200名士兵中伏全軍覆沒。乾隆盛怒之下，下令逮捕陝甘總督李侍堯、提督剛塔入獄，改命福康安為陝甘總督，與海蘭察統兵進攻義軍，同時還命阿桂領健銳、火器營士兵赴甘肅督師。
六月，福康安統兵至隆德，進攻靜寧底店，斬殺數千。此時，義軍已放棄周圍小據點，全力固守石峰堡，“堡踞萬山中，四面削險，溝塹縱橫”，十分險要。清軍屢攻不下，傷亡慘重。福康安、阿桂等遂又採取斷絕水源之計。七月，石峰堡被清軍攻陷，生擒張文慶等，起義失敗。
這兩次暴亂共約造成二萬多人死亡，許多人流離失所。這只是“同治陝甘回亂”的前奏。
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