水華是水體藻類大量生長或聚集並達到一定濃度的現象，是水體富營養化和特定條件綜合作用的結果。裸藻是古代原生動物眼蟲的植物學名稱，因為眼蟲同時具有動物與植物兩種特性，它是一種“原生動物”，但同時眼蟲細胞又有含葉綠素的葉綠體，能夠進行光合作用，自己製造營養，所以植物學家認為它是一種“原生植物”。由於眼蟲細胞沒有細胞壁，植物學家給它起了另外一個名字——裸藻。
裸藻水華多發生在靜水、有機質豐富的小水體，水庫、河溝、江河等較少見。裸藻適宜生存的溫度範圍很廣，水華形成的適宜溫度為20℃-35℃，生長時間橫跨春、夏、秋三個季節，尤以6、7、8、9月份生長最旺盛。裸藻水華顏色呈綠色、藍綠色，這點跟藍藻引起的水華很像，較難鑑別，可通過測量pH進行鑑定，裸藻絕大多數生長於pH6.5-8.5之間的水體中，而藍藻大量繁殖時，pH多在8.5以上。另外，裸藻水華有時也會出現紅褐色（俗稱“鐵鏽水”）或者醬油色（多發生在養殖中後期和老化池塘）。
裸藻對溫度突變很敏感，當遇到惡劣天氣或環境變化較大時，裸藻比藍藻、綠藻等更容易突然集體死亡而發生倒藻現象。裸藻大量死亡後，屍體分解會釋放毒素，不僅敗壞水質，還會造成魚蝦泛塘、死亡。裸藻水華不易殺滅，實驗證明，藥物在魚蝦安全濃度內，很難殺滅裸藻。另外，裸藻前端長有一根鞭毛，可通過擺動進行運動，用藥物殺滅時，會迅速逃離高濃度藥物區域，在藥物濃度低的池塘中部或底部避難，待藥性消失後，又可重新大量增殖，造成用藥後效果不明顯。
裸藻大量繁殖的池塘，在當前養殖模式與養殖環境評估中，可以判斷水體屬於比較清瘦的，因為它抑制了其他有益藻類的生長，使得水體清瘦。裸藻水華的調控方法主要分三類。一是生物方法：移植水葫蘆、水浮蓮（草魚池）等適量水生植物；或者培養其他藻類，讓藻像複雜不單一；較為經濟的方法是混養鰱、鱅、羅非等濾食性魚類，一般每畝放50-150尾；還有就是投放生物製劑。二是物理方法：經常換水，保持水質清新；每天中午開2小時增氧機（12:00-13:00），增加水體交換；使用絮凝劑（如北京鑫洋水產高新技術有限公司生產的“增氧低保淨”，一般使用一次，嚴重時連用2-3次），使用後注意解毒培水；也可進行人工撈取，但是勞動強度較大。三是化學方法：調節水體pH，利用裸藻對pH敏感的特點調節裸藻生長；調節鹽度，裸藻大部分生長在淡水中，可在裸藻集中區域潑灑粗鹽（8-10斤/畝）進行抑殺，前提是必須使用過絮凝劑絮凝；使用消毒劑或滅藻劑在裸藻集中區域潑灑殺滅。化學方法雖然快速，但千萬不可在裸藻衰敗期使用，以免造成人為倒藻、泛塘。
裸藻水華倒藻後根據程度不同可分為三期，處置方法也各有差異。
一期表現是：水色變化不大，只是在下風處有綠色或褐色藻沫，是少量裸藻死亡的結果，水質指標無變化，基本正常，魚蝦攝食、生長正常。處置方法是：補充有益藻類，調整藻類比例，補施有利於綠藻生長的專用肥，加大增氧機的開機時間，密切監測藻類的生長狀態。
二期表現是：水色變化仍不大，只是顏色發暗，下風處藻沫很多，氨氮、亞硝態氮略有升高，水質混濁，懸浮有機質多，鏡觀裸藻活力差，有死體，魚蝦攝食差，但大部分仍能搶食，部分呈浮頭狀，散佈於全池，無圍增氧機現象。處置方法：停止投餵，投放增氧劑，使用解毒藥解毒，待魚蝦好轉，投施一次消毒劑，控制細菌數量，之後3天，可重新調整生態系統。
三期表現是：水色變化很大，由藍綠色或紅褐色變為灰綠色或灰褐色，下風處藻沫很多，面積很大，腥臭味很濃，懸浮的有機質很多，水質混濁似稀粥狀，魚蝦基本不攝食，多在水面，呈浮頭狀，死亡增多。處置方法：到了三期已經處於晚期階段，無法進行用藥，最好的辦法是過塘、拉網、賣魚。
對於出現裸藻水華的魚塘，一般處理方法是在池塘下風口三分之一的區域潑灑滅藻劑進行殺滅，視情況使用1-2次，如果是蝦塘可改用紅黴素+粗鹽進行潑灑。用藥後有條件的進行換水，沒有條件的注意增氧，保證溶氧充足。隔4-5天后使用芽孢桿菌調水一次，對於老化、淤泥多的池塘隔15-20天再進行二次調水。
池塘水華關鍵在於平時的調控，注意定期調水消毒，一般1個月要進行一次消毒和調水，上半月消毒，下半月則要使用微生物進行調水。對於經常起水華，老化過肥的池塘，在消毒時建議使用強氯精而不要使用碘製劑，因為水肥的池塘使用碘製劑消毒效果不好。
裸藻水華重點在防，不在治，一般裸藻水華要在水體富營養化的情況下才會出現，平時的調控是有效杜絕水華的方法。合理搭配養殖品種，多增加底層魚的數量。定期投放微生態製劑調水，第一次投放後隔15天投放第二次，接下來至少每隔1個月投放一次，冬天可適當延長投放時間。定期投放腐植酸鈉腐化底質，一般1個月使用一次即可。
如果池塘已經發生水華，建議在池塘下風口進行局部殺滅，選擇一天中水華最集中的時候用撲草淨等滅藻劑潑灑，一般情況下使用1次即可，如有需要可隔一週再用一次。用藥後注意隔1-2天后使用有機酸潑灑解毒，解毒後接著用微生態製劑進行培菌，讓有益菌儘快生長起來，佔據種群優勢，抑制裸藻的生長。
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