（1）管理单位不同
国管公积金：中央国家机关及在京单位等国管单位的在职员工在职职工缴存的长期住房储金归纳为国管公积金，区别于市管公积金，国管公积金由中央国家机关住房资金管理中心负责管理，另外还包括中直公积金(中共中央直属机关分中心缴存住房公积金)。
市管公积金：各市住房公积金中心管理即市管公积金。地方省市单位、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位及其在职职工缴存的长期住房储金归纳为市管公积金。
（2）适用范围不同
国管公积金可以跨地区使用；市管公积金只能在本地或是规定可异地贷款的城市使用。
（3）个人账号不同
国管公积金称为“职工账号”，是以“502”“512”“519”开头的12位数字。
市管公积金称为“个人登记号”，一般情况下是以缴纳职工身份证号开头，以“00”结尾。
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