人民法院與人民檢察院設置的對應問題、現代信息技術能否保障司法公正問題以及對干預司法活動的處理等相關問題成為審議中的焦點。
專門人民法院應當對應設置專門的人民檢察院
王剛委員說，國家法院和檢察院的組織設置向來是對應的，這種設置與我國中國特色社會主義法治體系有關，是堅持法治體系公平正義的一種必要表現形式。但在此次兩院組織法修改中，出現了一些不一致的地方。人民法院組織法第15條明確了“專門人民法院包括軍事法院、海事法院、知識產權法院、金融法院”，但在人民檢察院組織法裡就沒有如此明確。各類新型專門法院的相繼成立，都是對某類案件集中審理管轄，而當地的檢察院沒有專屬權，給檢察工作帶來問題和現實難度。檢察院如果不設置對應的組織體系，將來可能在兩個法的實施過程中產生問題。其次，巡回法庭設置與人民檢察院設置同樣不一致。在巡回法庭辦理案件過程中，檢察院的監督職能怎麼發揮？檢察院沒有相應的巡迴檢察廳，人民檢察院組織法裡面也沒有規定設置相應機關，這種不對等應該關注。
全國人大憲法和法律委員會副主任委員周光權同樣認為，人民法院組織法第15條對專門法院進行了明確：軍事法院、海事法院、知識產權法院、金融法院，但人民檢察院組織法對專門檢察院沒有具體的分類，同樣巡回法庭也沒有對應的檢察機關監督。所以這兩部法律放在一起考慮就會發現這個特別重大的問題，檢察機關和法院都是對應設立，沒有監督的司法權很危險。
信息化並不能保障司法公正
熊群力委員說，人民法院組織法第59條、人民檢察院組織法第54條顯示“人民法院應當加強信息化建設，運用互聯網、大數據等現代信息技術，保障司法公正”。信息化不能保障司法公正，司法的公正問題不是靠信息化來保障的，信息化只能保證司法信息或司法的有關數據準確、科學，不能保障司法的公正，司法的公正更多還是人的行為。建議改成“推動司法公正”或“保障司法（信息）數據的準確、科學，提高工作效率”。
董中原委員說，互聯網、大數據作為一種技術手段，是社會監督的重要渠道，
但互聯網、大數據也存在著致命的虛擬性和脆弱性，尚不足以承擔社會價值體系基石的角色。“互聯網、大數據在充分發展後，對程序法等特定司法領域可能會產生巨大影響，甚至是顛覆性衝擊，但它們永遠也改變不了作為司法基礎的核心倫理和基於司法倫理的判斷方法”。
干預司法活動不僅要記錄，還要上報
兩院組織法修訂草案二審稿新增規定：對於領導幹部或者人民法院內部人員干預司法活動、插手過問具體案件處理的，辦案人員應當拒絕並全面如實記錄，由有關機關根據情節輕重追究行為人的責任。對此，卓新平委員建議修改為“辦案人員應當拒絕並如實記錄上報，由有關機關根據情節輕重追究相關行為人的責任”。理由是“如實”已經包括了“全面”之義，而從邏輯關係來看，沒有上報則無從查處。
全國人大監察和司法委員會委員謝勇說，贊成前面委員的建議，對干預司法活動的行為，除了要拒絕和記錄之外，應該建立報告制度。
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