香菇出菇期长，历经秋季，冬季和春季持续三季，约10个月。通常在8月至9月接种以及11月至12月出菇。十二月以前生长的香菇叫秋菇。香菇菌袋栽培，秋季管理十分重要。
一、室内发菌。香菇从接种到生理成熟需60多天。接种后，应及时将其移入发菌室进行培养。菌袋呈“井”字形排放，高8-9层。室温控制在25℃左右，相对湿度小于70％。接种后1至6天后，菌丝处于恢复和萌发阶段，并且室温可以控制在28至30℃。在此期间，发菌袋不能翻动，不需要通风，遮阳造成暗光。菌丝生长7～10天开始吃料，室温下降到26～28℃，每天通风2～3次，7天进行第1次翻堆，即将堆好的菌袋上下、内外调换位置，以便每个菌袋可以在相同条件下进行管理。翻堆时，要轻拿轻放，严防封口损坏和感染杂菌。同时结合翻堆认真检查杂菌污染情况。若发现有星点杂菌出现，使用75％酒精50毫升加25毫升加25％甲醛30毫升的混合液注射，封闭患处。如果杂菌出现在接种块或周围，挖出污染部分应重新接种。若污染在封口物上，用0.2％高锰酸钾或多菌灵涂抹患处。 11至15天后，菌丝体生长旺盛，并扩大至4至6厘米。室温保持在24℃，通风增加以进行第二次翻堆。一天后，用竹扦打孔增加氧气，在扩展菌丝四周扎4个斜眼。袋温应控制在20-24℃，不得高于26℃。 50天后，去掉门窗遮阳物，促进了菌丝体的生长。
二、菌袋转色。转色早晚及好坏，关系到出菇早晚和产量高低。菌丝体生长成熟后，从白色变为红褐色，出现黄水珠，接着呈现香菇原基。在变色期间，应增加室内散光，并加强通风。薄膜要时开时盖，形成干干湿湿的环境，促进转色。
三、室外催菇。香菇是低温变温结实菇类。当菌袋转色成红棕色菌膜后，菌袋搬到室外阴处，上下用麦草垫盖好，用水沾湿，晚上盖膜，白天揭膜，反复4～5天，盖薄膜进行闷菌催菇。
四、出菇管理。秋季气温逐渐下降，有利于菌丝健壮生长。催菇3天后将出菇的菌袋每天拣1次，放进菇棚床架上，袋距7～10厘米，直到催菇全部结束。菌袋放进床架后，用尖刀在菇蕾四周划开薄膜，进行蹲菇。一般蹲菇期7～10天内不盖膜，当幼菇有花生籽大小时，可进行催花。
五、催花期管理
1、湿度。保持袋内的相对湿度在80％至90％的范围内，温度保持在12至18℃，并且有较多散光和良好的通风条件。如果湿度过高，首先进行除湿，然后揭膜1小时再盖膜，升1个火炉排潮。若干燥可座锅加水，并盖上薄膜使棚温升到28℃。如棚膜滴水幼菇发潮，要打开门窗，升1个火炉进行排潮。
2、温度。由于香菇具有变化的温度结实特性，所以人为拉大温差及干湿交错，可以迫使菌盖开裂并形成花菇。因此，白天把膜盖上，使阳光透晒，提高菇棚温度28℃，在晚上12点后打开薄膜，让冷空气侵入，昼夜温差高达10℃，持续3至4天，可激发花菇大量出现。
3、干湿交错。 当变湿催蕾后，菇体长到2～3厘米时，在晴天中午可在表面上泼水，以加速子实体的生长。然后，夜间揭开薄膜，让冷空气刺激，使菌盖干燥，再把薄膜盖上，利用地温和地湿，干湿交错，促进菌盖分裂成花纹形花菇。
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