家畜農家肥是有機肥生產的好原料，但如果未經充分發酵或腐熟而直接施用到作物上，則存在很大的害處：
1、傳染病蟲害
家畜農家肥中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播，作物發病，對食用農產品的人體健康也產生影響；未腐熟的雞糞在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害的發生。
另外，雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。
（顯微鏡下的根結線蟲）
線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥後線蟲會迅速轉移到地下50公分-1.5米的深處躲避，所以很難根治。尤其對於3年以上老棚，根結線蟲是最致命的隱患之一。
2、二次發酵燒根燒苗
發酵不充分的家畜農家肥施到地裡後，當發酵條件具備時，便開始二次發酵，若發酵部位根部較近，且作物植株較小，發酵產生的熱量會影響作物生長，嚴重時導致植株死亡。
3、酸化果園土壤
家畜農家肥一般是強酸性肥料（PH值為3.6~4.7），使用時需要發酵調節ph酸鹼度。因此在果園裡施用酸性家畜農家肥無異於“雪上加霜”，造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、養分吸收受阻等危害。
4、毒氣危害
生糞用到地裡在分解過程中會產生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更重要的是產生的乙烯氣體有抑制根系生長的作用，也是燒根的主要原因。
5、土壤缺氧
生糞中雖然含有一定的有機質，但是不發酵需要一定時間才能分解轉化被利用，在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處於缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。
6、肥效緩慢
未發酵腐熟的家畜農家肥中，養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成速效態，才能被作物吸收利用。所以未發酵直接施用使肥效減慢。
7、重金屬超標
目前集約化養殖使用各種飼料添加劑，添加劑中多含有銅、鋅、鉛等重金屬元素，畜禽對微量元素的利用率通常較低，隨糞尿排出體外。重金屬含量隨著雞糞用量的增大而增加。
重金屬含量過高對蔬菜生長有明顯的抑制作用。當土壤中的銅、鋅、鉛濃度為50毫克/千克時，其對番茄根的伸長有不同程度的抑制作用，當銅、鋅濃度達到400毫克/千克時，番茄根的伸長不再生長。
當鉛濃度達到2000毫克/千克時，番茄根的伸長受到嚴重抑制。
8、利用不便、效率低
未經處理的家畜農家肥，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。
9、氯化鈉（食鹽）超標
據統計每立方米的家畜農家肥就含有5公斤的氯化鈉（食鹽），如果一畝地的氯化鈉含量超過10公斤，作物將極難生長。
所以：糞肥農家肥施用前一定要“徹底”“發酵”！
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