當俄羅斯帝國越過烏拉爾山向西伯利亞擴張時，遙遠的東方一個新興的帝國大清王朝在崛起。當俄羅斯人抵達西北太平洋沿岸時，清帝國已經先後征服了漠南蒙古、漠北蒙古、明帝國，控制了亞歐大陸東部最適宜生存的土地，開始向漠西蒙古人控制的地區擴張。當作為兩大帝國之間緩衝的蒙古人被征服殆盡，清帝國與俄羅斯帝國之間的直接碰撞將不可避免。
俄羅斯帝國疆域圖
與清帝國的戰爭
1649年，葉羅費·哈巴羅夫（Yerofey Khabarov）獲得新任雅庫茨克總督弗蘭茨別科夫（Franzbekov）批准，允許他自費招募志願者前往黑龍江流域殖民，迫使當地居民向俄國政府繳納貢物。同年，哈巴羅夫帶著他招募的一支150人左右的隊伍向黑龍江流域進發。1650年，哈巴羅夫在黑龍江與額木爾河匯流處北岸，侵佔中國達斡爾族所築的雅克薩城，改名為阿爾巴津（今俄羅斯阿爾巴濟諾），使其成為俄國在黑龍江流域擴張的中心。
哈巴羅夫是赤裸裸的殖民者，以掠奪財富為第一要務。1651年，哈巴羅夫偷襲了一個名叫桂古達爾的達斡爾人村落，「在上帝的幫助下……我們總共殺了大大小小六百六十一人」，劫得婦女243人、兒童118人、馬237匹、牛113頭，僅15人倖免，史稱「桂古達爾慘案」。
哈巴羅夫殖民擴張，引起與擁有黑龍江流域主權的清帝國發生衝突。1652年，清政府命令寧古塔章京海包率所部進剿俄國人。1658年，寧古塔都統沙爾虎達率40艘戰船在松花江下游與俄國人激戰。1660年，寧古塔將軍巴海率水師在黑龍江、松花江交匯處大破俄國人，接替哈巴羅夫的斯捷潘諾夫（Stepanov）連同他的270名士兵被消滅。這次戰鬥的勝利，「使黑龍江流域遠至尼布楚不再有哥薩克」，俄國人被趕出了黑龍江流域。但是，俄國軍隊同一年在石勒喀河支流尼布楚河畔建立了尼布楚城（今俄羅斯涅爾琴斯克）。
日俄戰爭期間，俄軍總司令阿列克謝．庫羅帕特金（左二）在中國東北盛京（今瀋陽）參觀清朝皇帝陵墓
1660年代初期，尼布楚部分哥薩克人殺死當地總督後逃往雅克薩定居，奴役當地中國少數民族。1681年開始，俄國政府重啟向黑龍江流域的擴張，在結雅河及其支流修建了許多城寨。1682年，俄國沙皇任命曾擔任託博爾斯克、尼布楚、秋明總督，具備豐富殖民經驗的阿列克謝·托爾布津（Alexei Tolbouzine）擔任雅克薩總督。
針對俄國人的重返雅克薩，清政府先後於1881年、1882年兩次派使臣前往尼布楚要求會談，並同時派人到雅克薩譴責俄國人的暴行，要求他們撤回俄國。與此同時，清政府命令漠北蒙古車臣汗斷絕與俄國人的貿易，並增兵黑龍江。
在外交行動失敗後，1683年清朝康熙皇帝命令清剿侵入黑龍江流域的俄國人，黑龍江將軍薩布素率軍清除了黑龍江下游的俄國據點，使雅克薩成為一座孤城。1685年，康熙命令都統彭春率軍3,000人收復雅克薩，托爾布津不敵投降。在收繳俄國人武器後，彭春允許托爾布津及其部下返回尼布楚，清軍摧毀雅克薩城後撤離。
雅克薩陷落的消息傳到莫斯科後，俄國政府下令將托爾布津調往葉尼塞，雅克薩的人員和政府財產劃歸尼布楚總督管轄，意圖是要放棄這個屯兵之地。然而，在莫斯科的命令抵達尼布楚前，托爾布津以收割莊稼為名，要求重返雅克薩。尼布楚總督批准了托爾布津的請求，並賦予一支生力軍，要求他重建要塞。
俄羅斯武裝船隊犟行通過中國軍事重鎮璦琿（今黑龍江省黑河市）
1686年，薩布素率軍再次攻打雅克薩，圍困十個月後，城中俄軍彈盡糧絕，826人只剩下150餘人，托爾布津也死於炮火。這時，俄國攝政王索菲亞（Sophia Alekseyevna）要求與清政府談判解決邊界問題，並解除對雅克薩的包圍。1687年5月，清軍撤除對雅克薩的圍困。
1689年9月，清朝全權代表領侍衛內大臣索額圖、國舅佟國綱與俄國全權代表御前大臣、陸軍元帥費奧多爾·戈洛溫（Fyodor Golovin）簽訂《尼布楚條約》，確定了清朝與俄國東部邊界。兩國以外興安嶺、額爾古納河為界，雅克薩屬於中國，俄國人撤回俄國境內。
1727年，清政府又先後與俄國政府簽訂了《布連斯奇界約》、《恰克圖界約》、《阿巴哈依圖界約》、《色楞格界約》，確定了《尼布楚條約》中未確認的中俄兩國在額爾古納河以西的邊界。俄國在遠東南下擴張的企圖暫時得到遏制。
1846年，俄美公司受沙皇尼古拉一世（Nicholas I）之命派遣軍艦探索黑龍江口，但俄美公司出於自身利益考慮，對探險淺嘗輒止，並得出黑龍江「河口灣水淺，不能行駛海船」的結論。
消息傳到聖彼得堡，尼古拉一世御筆親批「甚為遺憾，阿穆爾河既無用，則阿穆爾河問題權且擱置不議」，俄國政府特別委員會也做出「俄中南部邊界……應沿斯塔諾夫山脈和興安嶺南坡至鄂霍次克海和土古爾灣劃定，並將全部阿穆爾流域永遠……讓給中國」的決定。俄國放棄了向黑龍江流域擴張。
俄羅斯帝國國徽
然而，一位俄國人的堅持使一切又發生了改變。1847年，尼古拉·穆拉維約夫（Nikolay Muravyov）出任伊爾庫茨克和東西伯利亞總督，冒著與清朝開戰的危險在黑龍江進行了一系列軍事探險。在穆拉維約夫支持下，海軍大尉根納季·涅韋利斯科伊（Gennady Nevelskoy）獲准探索黑龍江口航道。
1849年，涅韋利斯科伊抵達黑龍江口，經考察推翻了黑龍江口不適宜航行的定論。1850年，涅韋利斯科伊侵略軍在黑龍江口北岸廟街建立哨所，命名為尼古拉耶夫斯克，並宣稱包括庫頁島在內的地區屬於俄國。在穆拉維約夫推動下，俄國開始由黑龍江口溯流而上擴張。
1858年，趁英法聯軍發動第二次鴉片戰爭之機，俄國虎視眈眈，出兵「調停」，坐收漁利，以此威脅中國放棄大片領土，穆拉維約夫犟迫黑龍江將軍奕山簽訂《璦琿條約》，割佔黑龍江以北約60萬平方公里領土，並將烏蘇里江以東領土變成中俄共管。1860年，在第二次鴉片戰爭快將結束時，俄國聲稱自己之前對英國、法國調停戰爭有功，逼迫清政府簽訂《北京條約》，承認《璦琿條約》有效，同時將原先約定共管的烏蘇里江以東包括庫頁島在內約40萬平方公里土地劃歸俄國。
沙皇亞歷山大二世（Alexander II）為表彰穆拉維約夫的功勛，授予其阿穆爾伯爵，所謂阿穆爾即黑龍江。2006年，俄羅斯中央銀行將穆拉維約夫銅像作為5000盧布紙幣的圖案。
中東鐵路全長2,437公里，穿行黑龍江、吉林和遼寧三省
「黃色俄羅斯計劃」的破產
19世紀末期，當歐美各國在世界範圍內掀起又一次殖民高潮時，俄國由於受地理條件限制，無法在非洲分一杯羹，在中亞方向的擴張受制於英國，在歐洲方向1897年又與奧匈帝國簽訂協定維持巴爾幹現狀，遠東的中國成為俄國當時唯一的擴張方向。
為了讓俄國轉向東方擴張，減輕德國東部邊境的壓力，德國皇帝威廉二世（Wilhelm II）向他的表兄弟沙皇尼古拉二世（Nicholas II）大肆鼓吹「黃禍」。在1895年給尼古拉二世的一封信中，威廉二世宣稱俄羅斯的命運就是：「開墾亞洲大陸和捍衛歐洲，免受黃種人的侵犯。在這方面你將會看到我是永遠站在你這一邊，隨時準備盡我的最大力量來幫助你的……俄羅斯的偉大未來，就（在於）墾殖亞洲和捍衛十字架以及古老的基督教歐洲文化，免受蒙古人和佛教的侵犯。」
在此之前，俄國國內以葉斯佩爾·烏赫託姆斯基（Esper Ukhtomsky）公爵為代表的一批知識分子「東方人派」，為俄國在東方的擴張完成了輿論準備與意識形態支持。他們大肆宣傳：「俄國文化和東方文化的關係要比它和歐洲文化關係更為密切，並且覺得把東方合併到俄羅斯帝國裡，使兩者融合起來，是俄國的歷史使命。」
作為尼古拉二世的老師，烏赫託姆斯基向東方擴張的觀點對尼古拉二世影響極深，在其鼓動下，1891年尼古拉二世以皇太子身份訪問遠東，在日本的遇刺又增加了尼古拉二世對黃種人的仇恨，為俄國激進的東方擴張政策以及未來的戰爭埋下伏筆。1894年尼古拉二世即位後，一個以征服中國北部尤其是東北的「黃色俄羅斯計劃」出爐，意圖在大俄羅斯、小俄羅斯（即烏克蘭）、白俄羅斯之外，增加一個黃種人組成的「黃俄羅斯」。
儘管推行「黃色俄羅斯計劃」已成為共識，但在俄國政府內部存在以財政大臣謝爾蓋·維特（Sergei Witte）、烏赫託姆斯基為首的溫和派，和以陸軍大臣阿列克謝·庫羅帕特金（Aleksey Kuropatkin）、御前大臣亞歷山大·別佐勃拉佐夫（Alexsandr Bezobrazov）為首的激進派。溫和派主張和平滲透，步步為營蠶食中國；激進派主張以軍事手段佔領滿洲、控制朝鮮。
1895年中日《馬關條約》簽訂後，在溫和派主導下，維特一手策劃俄國、法國、德國三國干涉還遼，阻止了日本割讓遼東半島的企圖。進而，維特又以和中國結盟共同對抗日本為條件，於1896年誘惑出席尼古拉二世加冕典禮的清政府使臣李鴻章簽署《禦敵互助援助條約》即《中俄密約》，獲得了修築橫穿中國東北的中東鐵路的許可，從而使西伯利亞鐵路縮短450英里，節省經費3,700萬盧布。以中東鐵路為契機，俄國又獲得了鐵路沿線的行政管轄權，俄國軍隊名正言順地進駐滿洲。同年，俄國以共同排斥他國為條件，從日本手中獲得了朝鮮的共同管轄權。
八國聯軍侵華期間，北京東交民巷中的激戰，俄國軍隊在路障後擊退了義和團進攻的場面
1897年，德國以兩位傳教士在山東鉅野被殺為藉口，突然出兵佔領青島，次年犟迫清政府簽署《膠澳租界條約》，租借青島99年，掀起瓜分中國的狂潮。儘管當時維特極力反對瓜分中國，俄國還是對中國提出了領土要求。1898年，俄國軍艦以協助清朝抵禦德國為藉口進入旅順，事後迫使清政府簽署了《旅大租地條約》，獲得了旅順、大連25年租借權。
幾個月後，俄國又迫使清政府簽署了《旅大租地續約》，取得了修築中東鐵路南線即哈爾濱至旅順鐵路的權利。由此，俄國將勢力由北滿擴展到整個滿洲，大有獨吞整個中國東北的勢頭，這嚴重影響了日本在中國東北乃至朝鮮的利益，日俄矛盾逐漸積聚。
1900年，中國爆發反對帝國主義的義和團運動，英、法、德、美、日、俄、意、奧組成八國聯軍鎮壓並侵略中國，庫羅帕特金興奮地高唿：「必須利用這個計劃奪取整個滿洲。」1900年6月，俄國駐中東鐵路沿線軍隊由1,000餘人增至1萬人以上。7月，尼古拉二世自任總司令，庫羅帕特金任參謀長，下令俄國各軍區進入戰備狀態，調集12個軍區17.7萬俄軍分五路侵入中國東北。12月15日，俄軍佔領中朝邊境鴨綠江口的安東（今遼寧丹東），中國東北全境落入俄國之手。
在佔領東北的同時，1900年9月，時任華俄道勝銀行董事長的烏赫託姆斯基與李鴻章之子李經方秘密會晤，要求清政府將東北作為一個整體劃歸俄國勢力範圍，實際是誘使清政府同意俄國獨佔東北，但未能如願。烏赫託姆斯基又試圖謁見光緒皇帝與慈禧太后，也未能如願。11月，屬於激進派的俄國東北佔領軍司令、關東州總督兼太平洋艦隊司令葉夫根尼·阿列克謝耶夫（Yevgeni Alekseyev）一手炮製了《奉天暫且交地章程》，並犟迫奉天省地方政府簽字。名義上俄國將奉天交還中國，實際上卻以條約形式剝奪奉天省所有主權，同時還肯定俄國殖民東北的既成事實。
1904年2月8日，日本突然襲擊俄國在中國旅順口的艦隊，日俄戰爭爆發
面對俄國在中國咄咄逼人的擴張，英國放棄了「光榮孤立」的外交政策，開始尋求結盟。最終選擇與俄國在中國東北、朝鮮殖民矛盾不可調和的日本，1902年1月英國與日本簽訂同盟條約，攜手遏制俄國的擴張，世界格局因此而改變。
1902年10月，《交收東三省條約》墨跡未乾，尼古拉二世即在御前會議上決定延期從中國撤軍。1903年4月，溫和派維特升任帝國大臣會議主席，名義上為俄國宰相，實際卻被排擠出決策層。俄國向清政府提出七項新要求，作為繼續撤軍的條件。尼古拉二世決定，一旦清政府拒絕要求，將向中國東北增兵。5月別列勃拉佐夫出任國務大臣，8月阿列克謝耶夫出任遠東總督，從決策層到執行層，俄國的東方政策全面由激進派掌控，軍事擴張成為俄國唯一選擇，與日本的戰爭已不可避免。10月，俄軍再次佔領奉天。
當時，日本曾與俄國交涉，要求俄國撤軍，遭到拒絕，談判破裂。此後日俄又舉行多次談判，但雙方只不過是為開戰爭取時間而已，擴軍備戰從未停歇。1904年2月日本偷襲旅順的俄國艦隊，日俄戰爭在中國東北爆發。經過一年多戰爭，俄國海陸軍大敗，日本陸軍也精疲力盡，無力再戰。1905年9月，在美國斡旋下，日俄達成《朴茨茅斯條約》，日俄戰爭結束。
根據條約，日本割佔庫頁島一半，接收旅順、大連、遼東半島及南滿鐵路的租借權，滿洲行政管轄權歸還清政府，俄國承認朝鮮為獨立國家，屬於日本勢力範圍。俄國勢力被排擠出南滿，在中國東北的擴張得到遏制，「黃俄羅斯計劃」破產。俄國轉而又策動外蒙古的獨立。
在東方的擴張被遏制後，俄國將注意力投向歐洲。歐洲局勢趨於激烈，先後形成三國同盟與三國協約，最終釀成第一次世界大戰，俄羅斯帝國在戰爭中被推翻。新成立的蘇維埃俄國，成為俄羅斯帝國廣闊疆域的繼承者，雙頭鷹被鐮刀錘子照耀地球所取代。
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