根据剧情线继续推进，奎托斯杀死战神阿瑞斯并替代他成为新的战神，到此游戏前三部关于奎托斯向阿瑞斯复仇的部分结束，整体剧情进入后三部。接下来时间线上的作品是《战神：斯巴达之魂》，这同样是外传，作为主线剧情补充而存在。
成为新战神的奎托斯常被来自于海上之城亚特兰蒂斯的幻象所牵引，于是他不顾雅典娜的劝阻，决意前往一探究竟。在亚特兰蒂斯，他在海王波塞冬神殿中找到了奄奄一息的母亲卡莉希托。从母亲口中奎托斯知道了自己的身世和弟弟戴莫斯所在之处的线索。因为卡莉希托说出了秘密，诅咒让她变成怪物，奎托斯被迫杀死失去理性的母亲。准备离开的奎托斯与海怪斯库拉大战，并在途中释放了被囚禁的火之熔岩泰坦希达的力量，最终喷发的海底火山导致了亚特兰蒂斯的毁灭。
这段剧情中，拥有火之力量被囚禁在亚特兰蒂斯附近火山的熔岩泰坦希达是游戏设计方虚构出来的泰坦巨人，实际希腊神话的泰坦神族中并没有这位成员的存在。说起火的象征，只能想到火神赫菲斯托斯，在传说中，火山是这位擅长使用火的工匠之神的熔炉。
说起亚特兰蒂斯，其作为消失的古代文明是否曾经真实存在的问题一直有争议。根据柏拉图的记述，曾经在一万两千年前存在于大西洋海域中的古代文明亚特兰蒂斯。传说这个神秘的国度拥有高度文明，消失的原因则是因为一场史前大洪水。
在传说中亚特兰蒂斯的创立与海王波塞冬相关。他娶了一个父母双亡的小岛上的少女，生下了五对双胞胎，于是波塞冬将整座岛划分为是个区域，交给这十个儿子统治，其中长子为最高统治者。因为长子名为“阿特拉斯”，因此这个王国被称为“亚特兰蒂斯”。
波塞冬作为亚特兰蒂斯的保护神存在，城中的波塞冬神庙金碧辉煌，用大量的黄金、象牙装饰。然而，随着亚特兰蒂斯的发展，富足的生活让人民出现了腐化和堕落，最终这个古代文明因不敬神明的原因被宙斯引发的地震和洪水淹没，最终沉入了海底，永远消失。
关于亚特兰蒂斯的具体位置说法众多，当中有一种认为亚特兰蒂斯在克里特岛。英国的一位考古学家于二战前在克里特岛上发现了大规模的古希腊遗迹，并且在该处遗迹北方的一个圆环状名为“锡拉”的小岛上发现了一个已经变成内海的火山口。之所以怀疑这个“锡拉岛”就是传说中的亚特兰蒂斯是因为公元前十五世纪，这个岛上的圣多里尼火山发生的一次大型喷发导致了火山口处所建城市的毁灭，并引发了海啸，使原本依赖海上贸易的克里特文明受到了重大打击，从此一蹶不振。
游戏中亚特兰蒂斯的设定出处估计就是这个说法，因为奎托斯在结束探访亚特兰蒂斯冒险后所处的附近位置就是克里特岛，而且虚构出来的泰坦也直接使用了“希拉”这个名字。
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