图片来自Jiyang Yu / St. Jude Children's Research Hospital。
采用传统方法
一种数据驱动的系统生物学算法NetBID在这项研究中发挥着关键作用。Yu和他的同事们开发出NetBID（全称为data-driven network-based Bayesian inference of drivers）。
Yu和他的团队将来自Chi实验室和其他来源的基因表达、全蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学数据整合在一起，以便反向设计小鼠树突细胞中的生物网络。这些研究人员利用NetBID分析了不同树突细胞亚群的生物网络差异。令他们吃惊的是，Mst1/2和Hippo信号通路成为树突细胞功能和T细胞应答的关键调节因子。
Chi说，“已知Hippo通路调节动物器官大小，并不调节是树突细胞的免疫功能。”Yu将Mst1/2b比作为犯罪首领，它的作用被它的小喽啰们所隐藏。Yu说，“一种数据驱动系统方法为我们提供了一种方法来寻找隐藏的导致不同树突细胞亚群之间差异功能的驱动因子。”
代谢和信号转导
这项研究着重关注对免疫系统产生明显影响的树突细胞亚群。一种树突细胞亚群是CD8α+树突细胞，它们启动用于抵抗肿瘤和感染的CD8 T细胞产生。另一种树突细胞亚群是CD8α-树突细胞，它们启动不同T细胞亚型的产生。
这些研究人员比较了不同树突细胞的代谢活性，发现CD8α+树突细胞比CD8α-树突细胞具有更强的代谢活性。他们通过比较这些细胞的线粒体中的氧代谢来得出这个结论。他们还证实操纵这种代谢会影响CD8α+树突细胞功能和T细胞启动。
Chi说，“尽管已知代谢通常在免疫反应中起着重要作用，但是我们首次认为这项研究确定它不仅在树突细胞功能中起着重要作用，而且这两种树突细胞亚群具有由Hippo信号控制的不同代谢。此外，我们证实操纵这种代谢会直接影响树突细胞亚群的功能。”
这些研究人员还证实Mst1/2在细胞因子信号转导中发挥着关键作用，这对启动T细胞和确保强大的免疫反应是至关重要的。细胞因子是调节免疫反应的小分泌分子。
这些研究人员证实Mst1/2并不是通过常规的信号转导通路而是通过一种非常规通路启动T细胞。Mst1/2利用NF-κB信号转导通路而不是常规通路来触发细胞因子IL-12产生。IL-12促进CD8α+树突细胞功能并启动CD8 T细胞应答。
Chi说，“这项研究证实Mst1/2将代谢活性和细胞因子信号转导整合在一起，从而有选择地驱动CD8α+树突细胞功能。”
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