在虛的策劃，發生了那場宇宙規模的戰爭。付出了巨大的代價，地球得以倖存，但失去的東西不會就此恢復。為了各自的目標，銀時和神樂踏上了自己的旅程，萬事屋分崩離析。如今，那個離家的"壞小子"再度歸來，兩年後故人又會有哪些變化呢？
妙姐繼承道場，打算相親
以減肥為噱頭吸引女性，以此來宣傳劍術，重建了道場。不過，一邊讓人鍛鍊，一邊給人餵食，怎麼看都是想要養肥了再宰。兩年後的妙姐依然將新八自己的意志放在第一位，選擇了自己繼承道場。
九兵衛在爺爺病危時（假裝的），放下執著，決定著手培養繼承人。因此，準備去相親，併為此特意去定做了相親用的和服。雖說如此，她的身體對男性的"敵視"完全沒有能改善，這樣去相親真的好嗎？
小緣成為忍者首領，月詠化身天道太夫
全藏為了避免出現紛爭，自己離開了，將御庭番眾留給了她。然後，毫無意外的，忍者被私用了。結果，與高杉一起回到江戶的銀時馬上就被發現了。可惜，沒能看出眼前假扮高杉的就是銀時本人。畢竟是搞笑漫畫，戴個假髮就相當於整容了。
曾經的溫柔鄉吉原，如今已經成為了國家公認的觀光城市。曾經的掌管人日輪開始了自己的普通日常，月詠由死神太夫改為天道太夫。成為新的掌管人的月詠，依然為了這裡的女人而戰。
如今，這四個人又走到了一起，等著一個離開的人再度歸來。不知不覺間，銀時在這部作品中也可以開後宮了呢。畢竟，大多的角色都對其有好感，這也是一個修羅場。最後，銀魂是否會有明確的配對結局呢？但cp且不論，萬事屋的三人組重聚大概才是大多人更為在意之事。
即使只有新八一人，萬事屋仍在
當銀時與神樂各個踏上自己的旅程後，只有新八留在了原處。如今的他，沒有繼承家裡的道場，依然在經營著只有一個人在的萬事屋。他們都有各自離開的理由，而自己所能做的就是等他們回來，這應該就是新八所堅守的理由吧。
曾經分道揚鑣的三人，如今再次回到了這個城市。新八與銀時，時隔兩年，再次在橋上再會。眼看就要擦肩而過，誰會先回頭呢？銀時、新八與神樂，這三個人組成的萬事屋，能否再回到猶如當年。雖說早就有最終章的消息，但看銀魂還可以繼續很久。結局會有感情線嗎，萬事屋肯定可以重聚吧。
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