溫兒兒
在第二部中，叛軍的老大摩登將軍被火星人擄走，於是叛軍和正規軍合作，提供各種武器裝備，最終打敗了火星人，並順利救回摩登將軍。（片尾環節是向電影《獨立日》致敬）
《合金彈頭3》的故事劇情緊接《合金彈頭2》，原來曾經被救回的摩登將軍是外星人假扮的，目的在於挑起紛爭，引發內亂。
在第一關中，如果走陸地，就會發現有大量的巨型蚊蟲，螃蟹和食人花。要是潛入深海就會發現，叛軍正在拿魚類進行試驗，各種巨型“泥鰍”被關押在牢籠之中，不停吞食水母（整個過程其實是火星人的計劃，因為此時的叛軍被火星人變成的摩登將軍控制）。
在第二關中出現的喪屍，同樣是外星人的傑作，病原體就是最終BOSS，本章節很明顯是致敬《生化危機》，在實驗室中毒氣洩漏，附近所有的人全部變成喪屍，只有剛剛開場時有幾個工作人員逃脫。在喪屍化的工作人員身上，有解藥的。
第三關進入叛軍的水下基地進行破壞，發現其水下工事相當完善，遠遠超越了人類的設計理念，不過還是被正規軍強攻下並毀滅。
第四關發現了之前巨型昆蟲的蟲穴，一切罪惡的來源，被改造後的蟲類都巨型化，能對人類造成極大的傷害。
第五關，也就是最終關，戰鬥到最後的正規軍終於發現了真相，原來摩登一直都在火星人手中，而這一切的一切都是火星人的陰謀，目的就是人類滅絕計劃，打造適應火星人生存的環境。同時，火星人的複製人計劃證缺一名基因強大的戰士，而這名正規軍正是合適的人選，於是利用壓制性武器強行抓走了正規軍成員。
在叛軍的幫助下，正規軍的其他成員借用火箭升上太空，對外星人進行追擊。經過一系列戰鬥，終於進入火星人基地內部，成功營救出摩登將軍，並得知了之前被擄走的成員已經被帶往實驗基地.....
終於找到自己的夥伴！還活著嗎？相信看到這一幕的玩家多少有些震驚！
大量的複製體蜂擁而至，個個擁有強悍的體魄和敏捷，但是仍不敵正規軍。
最終成功營救出夥伴！
然而正規軍不知道的是，在他們離開後，複製人開始變異
正規軍之前中過喪屍病毒，雖然得到了解藥清除了，但是仍有少許病毒殘留。
而複製人就得到了這一能力，成功進化成喪屍，擁有不死之身
在遊戲的片尾，我們看到被擊敗的火星人母體不斷下沉，這是他們最強的武器。
失去母體的火星人，在《合金彈頭6》中，被天敵異星人搗毀了整個基地。
火星人想要抗衡異星人，使用母體是唯一的辦法，於是只能和正規軍合作
之後，叛軍和火星人將母體打撈起來，並加以改造，由正規軍操作攻擊異星人基地，最終毀滅了侵略者異星人基地
在最後一幕，我們看到了手槍掉下去的時候砸到了一隻巨型的怪魚，之後在第六部中出現。
