经方与后世方相比，因理论体系不同，故而用药也有所不同。如后世方认为桂枝、附子等不能用于热证，而经方常用于热证；后世方认为升麻升提，而经方认为主清里热；后世方用黄芩解表，而经方用其清半表半里、里热……因此，欲掌握经方用药，必先清楚经方的主要理论，分而述之不过以下三要点。
认识六经实质
欲知经方用药规律，必先明确六经实质。经方的六经实质，至今仍莫衷一是。《伤寒论》原序有王叔和所谓的误导为重大原因之一，使后世认为张仲景根据《内经》撰成了《伤寒杂病论》。这样，经方的六经便是《内经·热论》的六经，而与《伤寒论》的主要内容不符，遂使经方六经实质扑朔迷离。其实，了解经方的形成史，六经的实质也自然明白。
时至东汉，经方发展有重大进展，主要成就是，由八纲辨证发展为六经辨证。据皇甫谧《甲乙经》云：“伊尹以元圣之才，撰用《神农本草》以为《汤液》，汉张仲景《论广汤液》为十数卷，用之多验。”皇甫谧生于张仲景同期稍晚，可谓对张仲景了解最深者，其称张仲景《论广汤液》为十数卷，而不称撰《伤寒杂病论》十数卷，可证汉代无《伤寒杂病论》书名，至西晋王叔和整理仲景旧论后，方有《伤寒杂病论》名。由于王叔和的收集整理，使后人得知，张仲景《论广汤液》与《汤液经法》最主要的不同是增加了六经辨证。而六经实质，皆是以八纲述证。再细读其內容，看《伤寒论》第97条、第147条、第148条等，凸显了半表半里概念，提示东汉前病位概念只有表里，而至张仲景时增加半表半里病位概念，才形成六经辨证理论。此一发展变革，民国初期杨绍伊的《伊尹汤液经》的考证，恰亦相吻合。
认识方证对应
汉以前只用八纲辨证，亦能大多做到方证对应，而使病愈，但对于病不在表亦不在里的疾病却无能为力。六经辨证解决了这一难题，使临床用药更具体化，真正做到方证对应。临床治病，先辨六经，再辨方证，做到方证对应，则药到病除。辨方证，比辨六经要难，胡希恕先生曾说：“辨方证是六经八纲辨证的继续，亦即辨证的尖端，中医治病有无疗效，其主要关键就是在于方证是否辨得正确。不过方证之辨，不似六经八纲简而易知，势须于各方的具体证治细玩而熟记之。”
经方的方证名，反映了经方方证的对应关系，如麻黄附子甘草汤方证，其组成为：麻黄(去节)二两，甘草(炙)二两，附子(炮，去皮，破八片)一枚。其适应证为：“少阴病，得之二三日，麻黄附子甘草汤微发汗，以二三日无里证，故微发汗也”。此即单纯的少阴表证。本方的组成，实为甘草麻黄汤加附子而成，即由治太阳病而变为治少阴病。再看麻黄附子汤方证：麻黄三两，甘草二两，附子(炮)一枚。药味与麻黄附子甘草汤相同，只是麻黄增加一两，其适应证变为：“水之为病，其脉沉小属少阴，浮者为风，无水虚胀者为气。水发其汗即已，脉沉者”，即两方皆治少阴，但麻黄附子汤因水气重，故重用麻黄，使其方证对应。相类的方证，还有小半夏汤方证和生姜半夏汤方证……这些方证名立，与其证严格对应，其对应不仅是药味，而且包括剂量。
由方证探索经方用药
著名中医学家岳美中说：“重读张仲景的《伤寒论》、《金匮要略》，见其察证候而罕言病理，出方剂而不言药性，准当前之象征，投药石以祛疾，直逼实验科学的堂奥”。深刻说明经方治病以方证为主，用药以方剂为主。因其很少论述单味药作用，在《伤寒论》和《金匮要略》中就很难直接了解各单味药的作用，但临床症状复杂多变，须要据证加入对应药物。仅靠仲景原书记载的方药，尚不能完全达到与证对应。仲景书中有许多条文举例说明，当某方证出现某证时，要加减对应的药物。
而要对常用的每味药有所了解，必须要通过以方证类药，即通过方证药规律来认识每味药的药性特点。不少人对此做过探讨，如通过麻黄连翘赤小豆汤方证和麻黄酒醴汤方证类证，认识到麻黄不但能发汗解表，还能祛湿治黄疸，再遇黄疸时，可适证用麻黄祛黄；通过白虎汤方证和白虎加人参汤方证类证，可知人参能止渴，石膏能清热而无止渴作用，因热盛津伤口渴时，用人参而不用石膏，而因热烦躁时适用石膏；又通过理中汤方证、小柴胡汤方证、半夏泻心汤方证等类证，可知人参治里虚寒的心下痞，临证凡遇里虚胃脘胀满时可用人参……认识经方用药，还可参考《神农本草经》，以证选药。后世、近代出现的新药，据其药物性味特点，以八纲辨证辨药，皆可应用于辨证中，发展经方方证。掌握经方方证，认识经方用药，临证遇到诸如《伤寒论》所记载的方证，或未见记载的方证，皆可做到先辨六经，再辨方证，做到方证对应，临床得心应手。
经方用药，与经方方证一样，皆是祖辈历经世代总结的经验，经历了实践考验，疗效可靠。
也应看到，经方用药传承过程中遭遇困境、误导等原因，药味有限。疾病千变万化，后世不断发现的新药，有待溶入经方。
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