几种Spark调优方法

几种Spark调优方法

Apache Spark 是专为大规模数据处理而设计的快速通用的计算引擎。Spark是UC Berkeley AMP lab (加州大学伯克利分校的AMP实验室)所开源的类Hadoop MapReduce的通用并行框架,Spark,拥有Hadoop MapReduce所具有的优点;但不同于MapReduce的是——Job中间输出结果可以保存在内存中,从而不再需要读写HDFS,因此Spark能更好地适用于数据挖掘与机器学习等需要迭代的MapReduce的算法。

1、数据序列化

默认使用的是Java自带的序列化机制。优点是可以处理所有实现了java.io.Serializable 的类。但是Java 序列化比较慢。可以使用Kryo序列化机制,通常比Java 序列化机制性能高10倍。但是并不支持所有实现了java.io.Serializable 的类。使用 conf.set("spark.serializer", "org.apache.spark.serializer.KryoSerializer") 开启Kryo序列化。不使用Kryo做为默认值的原因是:需要注册自定义的类。例如:

val conf = new SparkConf().setMaster(...).setAppName(...)conf.registerKryoClasses(Array(classOf[MyClass1], classOf[MyClass2]))val sc = new SparkContext(conf)

注意:如果Object很大,需要在配置中增加 spark.kryoserializer.buffer 的值。如果没有在Kryo中注册自定义的类,Kryo也能正常工作,这些类会完全地保存下来(等于没有序列化就进行传输或保存了),会造成资源浪费。

2、内存调优

可以考虑3个方面:

  • 对象需要的总内存

  • 指向这些对象的指针

  • GC

通常情况下,指针占用的空间将是原始数据的2~5倍。有以下几个原因:

  • Java对象的“object header”(对象头),包含了指向它的类的指针,占用16bytes。对于一些只有很少数据的object,16bytes要比对象本身占用的空间要多。

  • Java String 中在原始String数据的基础上有另外40bytes的开销(String的保存形式是Char的数组,并且有length的额外数据)。因为String内部使用UTF-16编码,每个char 占用2个byte。因此10个字符的String,将会很轻易地占用60个bytes。

  • 诸如HashMap,LinkedList 的集合类,使用链式结构,每个entry(Map.Entry)都有一个包装类。这些类不仅有“object header”,还有指向下一个对象的指针(通常是8个bytes)。

  • 基本类型的集合,通常会被包装成对象类型。

3、内存管理

Spark中的内存使用主要有两类:执行内存和存储内存。执行内存是指shuffles, joins, sorts and aggregations计算时用到的内存。存储内存主要是指cache和集群间传播的内部数据用到的内存。执行内存和存储内存使用的是同一块区域。当没有计算执行时, 存储将获得所有这块区域的可用内存,反之亦然。执行比存储具有更高的获取内存的优先级,也就是说,如果内存不够时,存储会释放一部分内存给执行用,直到存储需要的最低的阀值。

有两个相关的配置,但是通常来说,用户不需要改变其默认值。

  • spark.memory.fraction 表示使用的Java 堆内存的比例。默认值0.6. 剩下的40%的内存用于:(a)存储用户数据、Spark内部元数据 (b)防止OOM。

  • spark.memory.storageFraction 表示上面所说的存储内存最少占用的比例。默认值 是0.5。

4、确定内存消耗

最好的方式是生成一个RDD并cache,在web UI 中的 Storage 中查看占用了多少内存。

确定一个指定object 占用内存的大小,可以使用 SizeEstimator.estimate(obj) 方法。

5、调整数据结构

减少内存消耗,首先应该避免使用基于指针的数据结构和包装对象等诸如此类的Java特性。有以下几种途径:

  • 数据结构优先使用对象数组和基本类型,尽量不使用Java和scala里的集合类(如:HashMap)。可以使用 fastutil (http://fastutil.di.unimi.it/) 提供的集合类和基本类型。

  • 尽量避免使用有很多小对象和指针的内嵌结构。

  • 考虑使用数字ID 和枚举类代替作为key的String。

  • 如果内存小于32GB,在Spark-env.sh 里设置-XX:+UseCompressedOops,这样指针使用4bytes 而不是8bytes。

6、序列化RDD 存储

当你的 object 仍然很大,简单的降低内存消耗的方法是使用序列化的存储方法。强烈建议使用kyro序列化机制。

7、垃圾回收调优

垃圾回收的时间主要是花费在寻找那些不再被引用的对象。因此它跟Java Object 的数量有关。我们应该使用具有较少object的数据结构(如:使用array代替linkedList)。一种较好的方法是用序列化的形式持久化Object,这样每个RDD partition 只有一个字节数组。

测量GC的影响:在Java option 中加入 -verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps 后,可在worker 的 stdout 中找到GC的日志。

  • 在任务完成之前,如果有多次full GC,说明执行任务的内存不够。

  • 如果有多次minor GC,但是 full GC 并不多,可以增大 Eden 区的大小。

  • 在GC的日志中,如果老年代快满了,减少 spark.memory.fraction 以降低cache所用的内存。

  • 尝试使用 G1 垃圾回收器(-XX:+UseG1GC)。如果堆比较大,应该增加 G1 区的大小(通过 -XX:G1HeapRegionSize 设置)。

  • 如果任务是从HDFS上读数据,HDFS 块的大小为 128M,块解压后的大小一般为原始大小的2~3倍,如果要运行4个task,可以估算Eden区需要 4*3*128M。

8、其它

  • 并行度。除非你手动每步都设置较高的并行度,否则,集群不会被最大化地利用。Spark会自动根据每个文件的大小设置相应的task数量。对于诸如groupByKey,reduceByKey 等 reduce 操作,并行度为最大的父 RDD 的 partition 的数量。可以配置 spark.default.parallelism 设置默认的并行度。一般来讲,建议一个CPU 运行 2~3个task。

  • Reduce Task 的内存使用。有时候,发生OOM并不是因为内存中放不下RDD,而是因为某个或几个task 分配的内存不够。例如:某个groupByKey 操作处理很大的数据集(因为数据倾斜的缘故)。 简单的解决方法是:设置较高的并行度。

  • 广播大的变量。 使用广播的功能能有效地减少序列化的 task 的大小和集群加载job的花消。如果你的task中需要使用一个来自driver的大的object(如:静态查询表),应该把它转化成广播变量。 Master端会打印序列化后的 task 的大小,通常如果大于20KB 的话,就值得去优化。

  • 数据本地性。数据本地性可分为以下几类:

    PROCESS_LOCAL 数据在运行代码的JVM中。

    NODE_LOCAL 数据和运行的代码在同一台机器上。如:当前节点上正好有HDFS的数据块。

    NO_PREF 数据可以较快获取,但是不在本地。

    RACK_LOCAL 数据在同一 机架内,需要通过network获取。

    Any 除上述外的数据。

最好的情况就是 task 都运行在最好的数据本地性的环境,但通常不太可能。很多时候,某个executor 上的任务都完成了,而其它忙碌的机器上尚有未处理的data。Spark通常会等一段时间,以等待忙碌的机器空闲下来去处理数据(因为具有较高的本地性)。当超过这个等待时间后,空间的executor会把这些数据拉过来进行处理。每个数据本地性级别对应的等待时间可以查看配置中的spark.locality部分。通常默认的配置工作得蛮好的。如果你的task运行时间较长,可以增加这些值。


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