連作障礙發生的原因
1、連作和無越冬使病蟲繁殖量加大
連作大棚中葉黴病、灰黴病、霜黴病、根腐病、枯萎病和白粉蝨、蚜蟲等病蟲害的茬口密度和病害程度遠遠高於非連作的大棚。
2、土壤微生物的自然平衡遭到破壞
溫室設施長期連作栽培，使土壤的性狀及溫度、溼度和光照等條件都發生了改變，使得有益微生物如銨化菌、硝化菌等的生長都受到抑制，卻有利於有害微生物的繁殖，從而破壞了土壤微生物的自然平衡，不但使肥料分解受到障礙，還使病蟲害發生增多，蔓延加快，逐年加重。
3、常年覆蓋和高蒸發導致次生鹽漬化
大棚栽培常年覆蓋土壤，破壞了自然狀態下的水分平衡，加上棚內溫度高，土壤蒸發和植物蒸騰水分量加大，深層土壤中的鹽分會沿土壤毛細管上升，在土壤表層形成白色鹽分，即“土壤次生鹽漬化”現象。
連作障礙的綜合治理
要大量施用有機肥
有機肥在增加土壤中有機質的同時，還能增加微量元素的含量，使土壤團粒結構得到改善，加大了保水、保肥等功效。
調節土壤的酸鹼度
由於大棚蔬菜長期不能合理輪作和濫用化肥，使土壤中可溶性鹽和硝酸鹽的含量明顯增加，因此，必須採取有效措施，調節土壤的酸鹼度，使土壤的pH值逐步達到或接近多數作物所適應的中性或微酸性、微鹼性的範圍。在具體措施上可分為：
①土壤處理：對於pH值小於5.5的酸性土壤增施生石灰，每0.067h㎡增施50kg生石灰中和土壤，並控制氮肥用量，降低土壤中硝基的含量。對於pH值在5.5~6的微酸性土壤要施用鹼性肥料，如鈣、鎂、草木灰等，中和土壤的微酸性。對於pH值大於7.5的鹼性土壤，要施用酸性肥料，如硝酸銨、硫酸銨等，使其中和為中性土壤 。
②土壤深翻：將土壤表層的鹽分翻入深層，深翻一般在25cm左右，同時結合灌水洗鹽，在換茬農作時，在棚中灌滿水，使積水達到4~6cm並浸泡6~7d，等土壤中的鹽分充分溶解後再將其排出，效果會更佳。
③換土法：選用其他田塊優質肥沃的土壤與大棚中表層30~40 cm的土壤互換，從而達到改良棚內土壤的效果。
棚室消毒
氰胺化鈣是藥物消毒中應用較為普遍的一種，氰胺化鈣可以殺滅土壤中的真菌、細菌及有害生物，還能殺滅多種土傳病害的病原及地下害蟲，而且氰胺離子最終可生成尿素，具有無殘留、無汙染等優點。
消毒的方法為：在大棚收穫後首先進行殘物清理，然後及時澆水，滲水後撒施氰胺化鈣每0.067 h㎡施100~150 kg，然後深翻，並進行悶棚處理，提升大棚室內溫度，以達到殺菌、殺蟲和消毒的目的。還可採用藥劑燻蒸滅菌，將棚室封閉，用化學殺蟲、殺菌藥劑進行棚內燻蒸，殺滅棚室殘留的病原、蟲卵，以達到減輕病蟲害的目的。
合理輪作，克服連作障礙
作物的輪作，要根據不同作物自身的生理特性，對不同病蟲害感染的異同特點，對不同環境的適應情況進行輪作，可以按以下原則進行安排：
選擇需氮、磷、鉀較多的各類作物進行相互輪作
將小白菜、香菜等需氮較多的作物與需磷較多的豆類作物再與需鉀較多的根菜類作物進行輪作，可使土壤中所含的氮、磷、鉀各類營養都能被作物充分吸收利用，而不被流失、浪費。
選擇深根系和淺根系的作物進行輪作
將瓜類、豆類、茄類作物和淺根系的白菜、蔥、蒜類作物進行輪作，可使土壤各層次的營養都能被作物充分吸收利用。
選擇感染不同病害的各類作物進行輪作
使前茬作物殘留的蟲卵、病菌等病原物因失去寄主而自身滅亡。
選擇偏酸性和偏鹼性的各類作物進行輪作
通過作物調節土壤的酸鹼度，從而使土壤酸鹼程度保持適中，為作物生長創造良好的環境。
根據不同病原蟲卵存活年限進行輪作
如白菜、芹菜、茴子白、蔥、蒜等作物，可間隔1~2年。馬鈴薯、黃瓜、辣椒等需間隔2~3年；需間隔3~4年的作物有：西紅柿、茄子、黃瓜、豌豆等；西瓜的間隔年限最長，需要5~7年。
合理施肥
施肥要以施用有機肥料為主、施用化學肥料為輔的原則進行，增施有機肥在改善土壤結構、增強蓄水、保肥、透氣和調節溫度的同時，還能增加土壤的有機質和氮、磷、鉀及微量元素的含量，從而提高土壤的肥力和肥效，減少化肥流失，中和土壤的酸鹼度，還可以消除農藥殘毒的汙染，促進作物光合作用，提高農產品品質。
所以一般都以有機肥料做基肥，施肥的數量一般都是每0.067 h㎡施用有機肥1 000~1 500 kg，化肥施用的數量要以種植作物的種類和土壤所含各類養分，如速氮速磷速鉀三要素的多少進行施用。
因此，在施用有機肥料的基礎上，提倡測土配方施肥。追肥一般都以化學肥料為主，施肥總原則是：控氮、穩磷和增鉀。在施肥的過程中，還要根據種植作物的種類、所追求的產量標準和苗情長相等特點進行增施和補施追肥。
換根嫁接
對瓜果類和結果類的蔬菜可以採用換根嫁接的方法消除連作障礙。嫁接就是把蔬菜苗也就是接穗，嫁接到與其有較強的親和力且根系發達、抗病性和抗逆性較強的植物品種上，這個植物品種就是砧木。
培養嫁接苗的土壤要選無病菌毒、有機質含量高且肥力條件好的土壤進行。同時要進行嚴格的藥劑消毒。嫁接方法可採用靠接法、插接法和劈接法。
嫁接苗移栽時接口要高出地表，不能讓嫁接苗的接口和接穗與土壤接觸，以免植株再次感染土傳病害的病菌和病毒，從而失去嫁接的意義。
換根後的蔬菜苗不但可避免土傳病害直接浸染，還可以通過嫁接砧木發達的根系更多地吸收土壤中的營養成分。
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