随着温室栽培面积的不断扩大，作物种类、品种的逐步增多，其病虫害的种类也迅速发展，为害程度日趋严重。在病虫害的防治上，存在着诸多问题：
问题一：
大多数菜农在病虫害的防治上单纯依靠化学防治，只注意喷洒农药治病、灭虫，不注意运用农业、生态、物理等综合防治措施，不注意提高番茄自身的抗逆性、适应性，使番茄自身对病虫为害产生较强的免疫力。
例如到目前为止，大多数温室还没有使用生物防治技术，如：中草药杀菌剂、生物菌剂、生物杀虫剂等。殊不知使用生物农药后，能显著提高番茄自身对病虫为害及各种恶劣的环境条件的适应性和抗逆性，对病害产生较强的免疫力，不得病、少得病。既减少了用药，降低了成本，又提高了产量、品质，增加了经济效益。
问题二：
大多数菜农不注意或极少注意封闭温室，各温室之间的操作人员经常地相互串走，随便进人对方温室，给病菌、害虫的传播提供了方便、提供了媒介。结果是一室得病，多室传播，无一温室能够幸免。
问题三：
不少菜农不实行轮作，多年来只栽培番茄一种作物，每年换茬时又不注意实行高温闷室，铲除室内病菌和虫害，造成多种病菌、害虫在室内长期滋生发展，特别是根结线虫的大量发展，给温室的病虫害防治增加了困难，增加了用工，提高了成本。
问题四：
多数菜农用药时不讲科学，不问病虫害种类，不管药品性质，几种农药胡乱混配，并随意提高使用浓度，这种做法不但不能有效地防治病虫害，反而对作物本身造成了严重的药害。经专家考察，发现90%以上的温室作物都有不同程度的药害发生，这种现象的发生，严重影响了作物正常的生长发育，引起了作物产量的急剧下降，造成温室栽培投资高而经济效益低下。
以上种种不合理的做法数不胜数，长期以来，它不但不能有效地防治病虫为害，反而大幅度地提高了温室栽培的成本，增加了用工，降低了产量和经济效益。使用中草药制剂等生物农药可以提高质量、增加产量、降低成本，何乐而不为？所以，使用生物农药必将成为番茄栽培技术发展的必经之路。
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