2015年，國家稅務總局發佈了《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》（以下簡稱“舊辦法”），全面取消對企業所得稅優惠事項的審批管理，一律實行備案管理。該辦法通過簡化辦稅流程、精簡涉稅資料、統一管理要求，為企業能夠及時、精準享受到所得稅優惠政策提供了便利。
為深入貫徹落實黨中央、國務院關於優化營商環境和推進“放管服”改革的部署，進一步優化稅收環境，稅務總局對上述辦法進行了修訂並於２０１８年4月25日重新發布（以下簡稱“新辦法”），適用於2017年度企業所得稅彙算清繳及以後年度企業所得稅優惠事項辦理工作。
簡化優惠事項辦理方式
據瞭解，新辦法共１５條內容，相對於舊辦法的２２條大幅縮減。不過，新辦法在簡化優惠事項辦理方式的同時，強化了留存備查資料管理，重申了企業的權利義務和法律責任，並對後續管理提出了要求。
根據新辦法,“企業所得稅優惠事項全部採用‘自行判別、申報享受、相關資料留存備查’的辦理方式。企業應當根據經營情況以及相關稅收規定自行判斷是否符合優惠事項規定的條件，符合條件的可以按照《目錄》列示的時間自行計算減免稅額，並通過填報企業所得稅納稅申報表享受稅收優惠。同時，按照本辦法的規定歸集和留存相關資料備查。”也就是說，企業在年度納稅申報及享受優惠事項前無需再履行備案手續（報送《企業所得稅優惠事項備案表》、《彙總納稅企業分支機構已備案優惠事項清單》和享受優惠所需要的相關資料），原備案資料全部作為“留存備查資料”，以備稅務機關後續核查時根據需要提供。
稅務總局根據近年來企業所得稅優惠政策的調整情況，對《企業所得稅優惠事項備案管理目錄（2015年版）》進行了修訂，編制了２０１７年版《目錄》。一是統一了優惠事項的項目名稱，實現了優惠事項名稱在《目錄》、《減免稅政策代碼目錄》、《企業所得稅年度納稅申報表（A類，2017年版）》等不同文件中的統一，方便企業查詢和使用；二是對優惠事項進行了調整和補充，同時對政策概述、主要政策依據等內容進行了完善，對主要留存備查資料進行了細化；三是增加了“後續管理要求”項目，明確了優惠事項後續管理的有關要求。
強化留存備查資料管理
據悉，留存備查資料是指與企業享受優惠事項有關的合同、協議、憑證、證書、文件、賬冊、說明等資料。由於企業情況不同，留存備查資料難以全部列示，因此新辦法將其分為主要留存備查資料、其他留存備查資料。主要留存備查資料由企業按照《目錄》列示的資料清單準備，其他留存備查資料由企業根據享受優惠事項情況自行補充準備。
當前，我國企業所得稅實行的是“法人所得稅制”。《企業所得稅法》第五十條規定，居民企業在中國境內設立不具有法人（具有民事權利能力和民事行為能力，依法獨立享有民事權利和承擔民事義務的組織）資格的營業機構的，應當彙總計算並繳納企業所得稅。因此，新辦法規定，設有非法人分支機構的居民企業以及實行彙總納稅的非居民企業機構、場所享受優惠事項的，由居民企業的總機構以及彙總納稅的主要機構、場所負責統一歸集並留存備查資料；分支機構以及被彙總納稅的非居民企業機構、場所按照規定可獨立享受優惠事項的，由其負責歸集、留存備查資料並在完成年度彙算清繳後將留存的備查資料清單送總機構以及彙總納稅的主要機構、場所彙總。
留存備查資料是研判和證實企業是否符合相關優惠事項規定條件的直接依據。新辦法明確，企業享受優惠事項的，應當在完成年度彙算清繳後，將留存備查資料歸集齊全並整理完成，以備稅務機關核查；企業同時享受多項優惠事項或者享受的優惠事項按照規定分項目進行核算的，應當按照優惠事項或者項目分別歸集留存備查資料。例如，某企業享受《目錄》第1項優惠事項（國債利息收入免徵企業所得稅）並在2018年4月30日完成了2017年度企業所得稅納稅申報和繳納稅款，其應在當日同步將第1項優惠事項的留存備查資料歸集和整理完畢；某企業設在西部地區的分支機構享受《目錄》第63項優惠事項（設在西部地區的鼓勵類產業企業減按15%的稅率徵收企業所得稅）並在4月30日完成了2017年度企業所得稅納稅申報和繳納稅款，其應在當日同步將第63項優惠事項的留存備查資料歸集和整理完畢，並將備查資料清單報送總機構彙總。
新辦法強調，企業對優惠事項留存備查資料的真實性、合法性承擔法律責任。企業留存備查資料應當從企業享受優惠事項當年的企業所得稅彙算清繳期結束次日起保留10年。
強化留存備查資料檢查
企業依法享有享受稅收優惠的權利，也有依法如實申報、接受監督和檢查的義務。新辦法明確，企業享受優惠事項後，稅務機關將適時開展後續管理。在後續管理時，企業應當根據稅務機關管理服務的需要，按照規定的期限和方式提供留存備查資料，以證實享受優惠事項符合條件。如果企業未能按照稅務機關的要求提供留存備查資料，或者提供的留存備查資料與實際生產經營情況、財務核算情況及相關技術領域、產業、目錄、資格證書等不符，不能證實其符合優惠事項規定的條件的，或者存在弄虛作假情況的，稅務機關將依法追繳其已享受的企業所得稅優惠。
其中，按照財政部、稅務總局、發改委、工業和信息化部2016年5月發佈的《關於軟件和集成電路產業企業所得稅優惠政策有關問題的通知》有關規定，享受《目錄》第30項（線寬小於130納米的集成電路生產項目的所得減免企業所得稅）至31項（線寬小於65納米或投資額超過150億元的集成電路生產項目的所得減免企業所得稅）、第45項（新辦集成電路設計企業減免企業所得稅）至53項（線寬小於65納米或投資額超過150億元的集成電路生產企業減免企業所得稅）、第56項（符合條件的軟件企業減免企業所得稅）至57項（國家規劃佈局內重點軟件企業可減按10%的稅率徵收企業所得稅）等軟件和集成電路產業優惠事項的，企業應當在彙算清繳後按照《目錄》“後續管理要求”項目中列示的資料清單向稅務部門提交資料，提交資料時間不得超過本年度彙算清繳期。如：企業享受《目錄》第45項優惠事項並在2018年4月30日完成了2017年度企業所得稅納稅申報和繳納稅款，其應在當日同步將留存備查資料歸集和整理完畢，並在2018年5月31日前按照第45項優惠事項“後續管理要求”項目中列示的資料清單向稅務機關提交相關資料。
此外，新辦法強調，稅務機關應當嚴格按照本辦法規定的方式管理優惠事項，嚴禁擅自改變優惠事項的管理方式。
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