順治先後冊立兩位皇后。一位是他的母親孝莊皇太后的侄女博爾濟吉特氏，由多爾袞做主定婚、聘娶。順治親政，冊為皇后。二人性格不合，順治廢掉皇后，降為側妃。
另一位是孝惠章皇后，博爾濟吉特氏，順治十一年(1654年)五月，年十四，聘為妃。六月，冊為皇后。她不久又受到順治帝的責斥。但這位皇后能委屈圓通，又有太后呵護，才沒有被廢掉。
順治真正視為知己的是董鄂妃，即後來追封的孝獻皇后。年輕的順治帝對董鄂妃一見鍾情，有幾件事可以說明這位少年天子對董鄂妃的恩愛逾常。
孝獻皇后，世稱董鄂妃，內大臣鄂碩之女，董鄂妃在順治十三年八月被冊為“賢妃”，僅一月有餘，順治以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”為理由，晉封她為皇貴妃。這樣的升遷速度，歷史上十分罕見。
順治帝還為董鄂妃舉行了十分隆重的冊妃典禮，並按照冊封皇后的大禮頒恩詔大赦天下。在有清一代近300年的歷史上，因為冊立妃嬪而大赦天下的，這是絕無僅有的一次。這一年順治19歲，董鄂妃18歲。中國第一歷史檔案館中保存了冊立董鄂妃為皇貴妃的《詔書》。
按常規，皇帝只有在冊立皇后的大禮上，才會頒佈詔書公告天下。董鄂妃享受到這種特殊禮遇，表明她得到了順治不同尋常的寵愛。1657年，董鄂妃生下皇四子，順治十分欣喜，頒詔天下“此乃朕第一子”，對這個孩子的待遇如同嫡出，大有冊封太子之意。
然而這個孩子生下不到三個月就夭折了，順治下令追封其為和碩榮親王，為他修建了高規模園寢。董鄂妃本來就體弱多病，皇四子又百日而殤，這種打擊使得她從此一病不起，順治十七年董鄂妃香消玉殞，病逝於東六宮之一的承乾宮，年僅22歲。
本來從努爾哈赤開始，清廷的規矩是宮女不以漢人充當。但在太監的影響下，福臨追求聲色，耽於逸樂，選收漢人宮女。順治十二年竟派內監赴江南採買女子，弄得大江南北人情惶駭。
為此，兵科右給事中季開生特上疏諫阻。福臨覽奏非常氣憤，他強辯說根本無買女子之事，於是將其革職，流放尚陽堡。
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