順治皇帝死前留下遺囑，八歲的皇三子玄燁入繼皇統，改元康熙。為了避免攝政王專權的悲劇重演，順治有意撇開皇室親王，安排了四位忠於皇室的滿洲老臣索尼、遏必隆、蘇克薩哈和鰲拜輔政。
當時安徽有位叫周南的秀才千里迢迢趕到北京，請求皇太后垂簾聽政，孝莊太皇太后嚴詞拒絕了，因為清建國之初曾總結歷史上外戚干政導致亡國的教訓，若開此例，則必將貽息後代。
因此孝莊堅持了大臣輔政的體制，把朝政託付給四大臣，自己則傾力調教小孫子，培養他治國安邦的才能，以便他親政後能擔當起統御龐大帝國的重任。
沒想到順治選錯了人。口是心非的鰲拜很快暴露出專橫暴戾的本性，欺皇帝年幼無知，把攬朝政，儼然是攝政王再出。鰲拜出身戎伍，對於順治朝吸收漢文化變更禮制的做法很不適應，一朝權在手，便循祖制、復舊章，並公然打破禁令，擴大圈地，使大批農民流離失所。
鰲拜這種倒行逆施的行為，引起朝野上下的不滿，但大部分人懾於鰲拜淫威，不敢作聲。康熙六年（1667年），玄燁十四歲，按例親政。但鰲拜不但沒有收斂，反而變本加厲。
蘇克薩哈因為受鰲拜壓制，乘皇帝親政之機，上奏辭職。請求去守先帝陵寢，實際上是向皇帝抗議鰲拜的專橫。鰲拜清楚用意，他和同黨一起，捏造蘇哈薩克二十四條大罪，將蘇拘捕入獄。蘇克薩哈從監獄裡送出申訴，康熙皇帝獲悉，堅決不同意，鰲拜竟態度蠻橫、堅持己見，最後將蘇克薩哈處以絞刑，九族株連，家產沒官。
鰲拜的存在已成為皇帝權威的一個威脅，但鰲拜羽翼已成，處置稍有不當，可能就會激成鉅變。如何解決這個問題呢？此時的孝莊對這些問題已有了相當經驗。她悄悄關照性急的孫子，要他隱忍一切，同時不露痕跡地佈置起來。
也不知從哪一天開始，皇宮裡出現了一批少年，專門練布庫（滿語：摔跤），說是皇帝喜歡這種布庫戲。就在大家對宮廷布庫戲習以為常的時候；康熙八年（1669年）五月的一天，鰲拜進宮晉見，在路兩旁耍著玩的小孩突然一擁而上，七手八腳把他擒住了，等到鰲拜緩過神來，已無濟於事，威脅皇權的鰲拜集團被連根拔除。
順治皇帝臨終時，原屬意於次子福全，孝莊太后看中了玄燁，通過皇帝信賴的傳教士湯若望說服，才改立玄燁，所以說玄燁是孝莊太后一手扶立的。
玄燁八歲即位，十歲時生母佟佳氏亡故，照看他的是祖母孝莊太皇太后，二人感情十分融洽。孝莊太后不但關心他的起居，而且對他的言語舉動，都立下規矩，嚴格要求，稍有逾越，則嚴厲批評，不稍寬縱。
鱉拜集團剷除後，孝莊太后放手讓玄燁理政，讓他在實踐中得到鍛鍊，又一再提醒他要謹慎用人、安勿忘危、勤修武備等。對於祖母的教誨玄燁非常尊重，重大事情無一不先徵求意見，然後施行。在他們的攜手努力下，清王朝形成第一個黃金時代。而這其中，也包含了孝莊太后的一份功勞和心血。
孝莊生活儉樸，不事奢華，平定三藩時，把宮廷節省下的銀兩捐出犒賞出征士兵。每逢荒年歉歲，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟，全力配合、支持孫子的事業。
孝莊的表率行為，使康熙皇帝敬意有加。康熙二十一年（1682年）春，皇帝出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候起居，報告自己行蹤，並且把自己在河裡捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送給老祖母嚐鮮。
康熙二十二年（1683年）秋，康熙陪祖母巡幸五臺山，一到上坡地方，皇帝每每下轎，親自為祖母扶輦保護。孝莊太后與皇帝這種親密和諧的關係，反映了她的為人，與二百年後同樣經歷三朝、對中國政治產生重大影響的慈禧太后，截然不同。
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