美丽乡村的生态产业模式设计就是在区域生态经济发展布局的背景下，结合当地的自然资源条件和社会经济条件，在发生态农业的基础上，按照生态产业的发展规律，逐步发展生态旅游业，有条件的地方建设生态工业园区，实现区域社会经济的生态化发展。生态设计不仅要在产业部门系统内进行，而且还要在各系统之间进行横向联合，延长产业链，在美丽乡村的大系统内建立整体循环的“食物链”和“食物网”，实现大系统内的物质循环、能量多级利用、有毒有害物质的有效控制，实现对美丽乡村系统外废弃物的“零排放”。
美丽乡村的道路交通设计要把握几个原则：一是过境道路要绕村走，避免对村落产生噪声和空气污染；二是主要街道的设计要实行人车分流，保障居民出行安全；三是村内道路不宜太宽，以保障小物种能顺利过路迁移，体现对生物多样性的保护；四是尽量减少地面硬化面积，在一些人行道、停车场等硬地，采用硬质软铺装地面设计，铺设小石块或植草砖，中间可以植草绿化，减少地面径流，增加雨水渗透；五是要体现村庄自然特色，增加人情味，居住区内街坊巷道应保持其弯曲活泼自然形成的特色，洋溢着亲切自然的生活气息。
现代常规农业生产方式以高投入、高消耗促进了农业生产水平的巨大进步，但同时也带来了严重的生态环境问题，比如土壤质量的衰减，地下水位的下降与污染，化肥、农药过度使用对农产品的污染，秸秆焚烧对大气的污染，畜禽粪便的随意排放对水体的污染，等等。美丽乡村要改变这种状况，不仅要保持较高的农业生产力，而且要保护利用好农业的生态环境。
农村环境急待改善，尤其是农村厕所要实现粪便无害化处理，"粪便无害化处理"是指从各种厕所清掏的粪便，在用作肥料前都应采用的有效的处理方法，包括物理、生物或化学方法将粪便内的致病菌、病毒和寄生虫卵杀灭，使其达到基本无害化的过程。物理和生物的方法是将粪便密封贮存一定时间，在厌氧和一定温度(可人工加温)的条件下，粪便内的细菌，能将粪便充分腐败酵解，放出大量的氨和沼气，改变PH值；或者通过堆肥自然发酵升温。改变粪便内致病菌、病毒和寄生虫卵的生存条件。从而导致死亡、使粪便变得基本无害。上述过程安排在厕所设施内进行，则最为合理方便和有效。化学方法是通过直接投药杀死病菌和虫卵。
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