阿克蘇系維吾爾語，意為“清澈的水”。 阿克蘇市位於塔克拉瑪干沙漠西北邊緣、塔里木河上游，因水得名，維吾爾語意為“白水城”， 古為中國秦漢西域三十六國的姑墨、溫宿兩國屬地，是古絲綢之路上的重要驛站，也是龜茲文化和多浪文化的發源地，素有“塞外江南”之美譽，是阿克蘇地區政治、經濟、文化中心，兵團農一師師部所在地。 阿克蘇市氣候宜人、地勢平坦、土地肥沃、水源豐富、光照充足、無霜期長，適宜各類農作物生長，全市耕地面積78萬畝，森林面積70萬畝，草場面積403萬畝，全年可以放牧。是國家重要的商品糧、商品棉基地，紅棗、薄皮核桃、紅富士蘋果、杏、香梨、葡萄、甜瓜等特色產品在國內外享有盛譽，是著名的瓜果之鄉。 阿克蘇市是中國重要的優質棉生產基地，已成為新疆重要的棉花交易集散地、輕紡工業聚集地。
隋唐時期，為跋祿迦，亦稱亟墨，唐高宗顯慶三年（658年）置姑墨州，隸屬安西都護府。宋時為西遼所轄。元明為蒙古宗王察合臺封地，稱為阿速。清乾隆二十二年（1757年）清政府派軍平定準噶爾叛亂，將地名定為阿克蘇。乾隆二十三年（1758年）在此設阿克蘇辦事大臣。光緒三年（1877年）在阿克蘇設善後總局。光緒八年以東四城（焉耆、庫車、阿克蘇、烏什）置阿克蘇分巡兵備道，以阿克蘇置溫宿直隸州。光緒九年（1883年）完成建州工作並修建阿克蘇新城，亦稱漢稱，新城為阿克蘇道和溫宿直隸州治所。
光緒二十八年（1902年）升溫宿直隸州為府，市境為溫宿府直轄。本府即今阿克蘇市和阿瓦提縣的範圍。民國二年（1913年）4月，溫宿府本府改置阿克蘇縣，屬阿克蘇道。1949年後，隸屬阿克蘇專區、阿克蘇地區。1956年將原縣轄丙等市阿克蘇市改設為阿克蘇鎮。1958年5月撤銷溫宿縣，其行政區域併入阿克蘇縣。1962年恢復溫宿縣建制，將1958年合併於阿克蘇縣的原溫宿縣的行政區域從阿克蘇縣劃出，歸溫宿縣管轄。1983年8月19日，經國務院批准，撤銷阿克蘇縣，設立阿克蘇市（縣級）。1984年5月7日，阿克蘇市人民政府掛牌成立。1984年7月18日，撤銷阿克蘇鎮，將原鎮屬的4個街道辦事處升格為鄉建置。1999年城區增設南城街道。2012年2月6日，柯柯牙街道辦事處正式掛牌成立。2013年1月23日，自治區政府（新政函[2013]17號）批覆同意將阿克蘇市802.733平方千米區域劃歸阿拉爾市管轄。2014年11月14日，自治區政府同意將現英巴扎街道管轄的英巴格社區、林園社區以及阿依庫勒鎮部分區域劃入設立多浪街道，街道辦事處駐現英巴格社區居委會辦公樓。
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