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不合法。
举例说明：“强仔”因涉嫌故意伤害罪被移送检察机关审查起诉，1个月内未能审结，检察院可以延长15天，之后因“强仔”不认罪，本案事实不清，检察院退回公安补充侦查；公安会用最长1个月的时间把检察院提出的问题补查清楚，移送检察院；检察院仍然会用刚才所讲的最长1.5个月的时间再次审查，发现仍然达不到起诉条件，还需要补充证据，于是再次列出提纲退回公安补查；公安仍旧是1个月的补查期限，之后再次移送起诉；检察院这时还是会有最后一个最长1.5个月的审查时间，审查后非常“头疼”的发现应该补充的证据没有补充到，而该证据又直接决定着“强仔”是否构成犯罪。这时，怎么办？还有退查的机会吗？没有了。如果再退查就成了“此恨绵绵无绝期”了，另外，也于法无据。
这个时候，就要依据法律规定，经检察长或检委会决定，做出不起诉决定。嫌疑人如果在押，就要立即释放。当然，这个不起诉是存疑不起诉，是因为证据不足而做出的决定，可以要求公安继续侦查，什么时候发现新证据，符合起诉条件了，还是可以提起公诉的。
这么规定的意义，一是体现了“疑罪从无”的精神，更好保障嫌疑人的权利；二是合理合法并及时做出处理决定，避免案件无休止的拖延；三是留有余地，一旦查获了“强仔”的有罪证据，仍然要行使打击犯罪、提起公诉的权利的。
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Beyond1975
作为一名从事刑事审判多年的前法院人，看了其他几位朋友的回答，说的都不错，结合法律规定与司法实践，我就补充谈几点吧。
第一，关于该题的答案是无法简单的用合法与不合法来回答的。题主称“检察院审查公诉案件时间用完了”，是本次审查起诉期限用完，还是法律规定的所有可以延长或者变相延长审查起诉期限的手段均已用尽未知。
第二，常态下检察机关审查起诉期限。根据我国刑事诉讼法规定，检察机关审查起诉案件，通常审查起诉期限为一个月，重大、复杂的案件为一个半月。
第三，法律规定检察机关可以依法延长审查起诉期限的方式。主要有：
退回公安机关补充侦查。根据刑事诉讼法规定，如果案件存在事实不清、证据不足或者遗漏同案犯、有漏罪未侦查等情形时，检察机关可以将案件退回公安机关补充侦查或者自行补充侦查。当然，检察机关退回补充侦查的次数以两次为限。此为检察机关合法延长审查起诉期限的主要方式；
对被告人作精神病鉴定的期限不计入办案期限 。根据刑诉法规定，对被告人做精神病鉴定的期限不计入办案期限。即如果存在要对被告人作精神病鉴定的情形时，鉴定期限亦不计入办案期限；
第四，司法实践中也时常存在检察机关通过退侦的方式来变相延长审查起诉期限的情形，但退侦行为只要不超过两次，要将这种方式归结为违法是很难的。这主要是由于司法实践的客观情形决定的：
1.案情重大、复杂，法定的一个半月审查起诉期根本不够用也是客观存在的。对于涉案犯罪嫌疑人人数众多、犯罪行为种类、次数繁杂，要在一个半月的审查期限内完成案件事实、证据的审核，审查报告、起诉决定书、不起诉决定书等法律文书的撰写、审批、签发等工作往往显得捉襟见肘。同时，在案件多的地区，检察人员还在同时办理着其他案件，各种非业务工作的事务繁杂。因此通过退补延长审查期限实乃无奈之举。
2.要证明检察机关是通过退侦来变相延长审查期限难度很大。 首先，法律规定，是否退侦的决定权由检察机关掌握；其次，退侦后也并非一定要获得有关的证据；最后，检察人员也不会承认自己就是通过退侦来变相延长审查期限。
总之，如果检察人员在退侦两次后还将案件退回公安机关补充侦查，这种低极错误我相信在司法实践中几乎不可能发生。通过变相延长审查期限而搞所谓的退侦，要认定为违法是极难的。
法门律匠
刑事诉讼法规定，检察机关审查起诉期限为一个月，重大复杂案件可以延长半个月，事实不清证据不足可以退回公安机关补充侦查，补充侦查期限为一个月，可以退补两次，退补完毕的案子移送检察机关审查的，重新计算审限。见下面的计算公式: 检察机关最长审查起诉期限为1.5个月（第一次审查，含延长的0.5个月）+1个月（第一次退补）+1.5个月（第二次审查，含延长的0.5个月）+1个月（第二次退补）+1.5个月（第三次审查，含延长的0.5个月）=6.5个月
天马行空23978233
首先这个问题的问法不是很合适。检察机关审查起诉期限一般是一个月，重大、疑难、复杂案件可延长审查起诉期限半个月。
案件审查完毕后，如果证据确实充分，能够形成完整证据链条，就会向法院提起公诉。
如果事实不清或者证据不足，就会在法定期限内退回公安机关补充侦查。补充侦查时间为一个月。退回补充侦查以两次为限。
如果补查两次后，仍然达不到起诉标准，就会由检察机关做存疑不起诉或法定不起诉。
所以，检察机关将案件退回公安机关的依据是案件事实和证据，而不是时间。
平安是福4761543133240
自己亲身经历，我一共从被抓到一审宣判，一共1年11个月，同监的杀人犯一审二审，高院复合都完成了，我们还没有判，检察院退，法院退，一直补，最后判了三年，下牢以后减刑时间都不够了，早判早好
