故事的一开始白色基地(White Base)偷摸进入SIDE7一号殖民卫星。舰上，联邦的设计者，提姆·雷大尉正要与儿子阿姆罗重逢。但！夏亚·亚兹纳布尔麾下的士兵驾驶着三台扎古潜入了卫星，然后发现！联邦竟然有了MS！
吉恩兵受到惊吓，决定摧毁联邦的MS。但是故事高潮就要来了，谁也没想到，躺在板儿车上的RX-78-2高达，竟然站起来了！高达屹立于大地！
其实大家都知道了，启动78的就是提姆·雷大尉的独子——阿姆罗（骡子），骡子的技术宅优势充分发挥，在首战中就展示了gundam的强大技能，干翻两架扎古，一举成名，成为了王牌机师。因此，也展开了骡子与夏亚（鸭子）十五年宿敌关系。
虽然阿姆罗一上来就开启了主角光环，但还是未能挽回某些损失，例如，因卷入战斗而缺氧致残的提姆·雷大尉（后定居SIDE6）；白色要塞原舰长保罗，重伤身亡，因此年轻的布莱德·诺亚继任舰长，代理领航员米莱（千斤大小姐、后为布莱德夫人），候补机师隆，吃瓜少年隼人、凯。几乎全是年轻成员，然后开启了年轻人逆袭成长的故事，因为遭到夏亚与卡尔玛·扎比（吉恩地球方面军总司令）的追击围剿，白色基底开始突围。经历月神Ⅱ战斗，向地球南美洲的加布罗要塞前进。
因为是年轻人非正规军，骡子也有罢工的一天，布莱德舰长怒气值暴增赏了阿姆罗一巴掌。然后，骡子继续增加布莱德舰长，又被赏了一巴掌。然后就诞生了著名的林有德修正拳：“连我爸爸都没打过我！！”
10月4日，布莱德舰长设计扼制夏亚军，被夏亚所察觉发现，但夏亚故意让卡尔玛中计，开启了“夏亚你算计我！”的时代梗。
夏亚并非无缘算计友军，他其实是吉恩·兹姆·戴肯（遭扎比家族毒害）之子，原名卡斯巴尔·雷姆·戴肯，陷害卡尔玛（扎比家四子）就是向扎比家复仇的计划之一。夏亚在匿名后长期不露真面目，就是要掩饰其真实身份（也开启了高达之中必有面具男的元素）关于夏亚的故事在高达起源GTO有详细介绍。
卡尔玛死后，吉恩公国坐不住了，基连·扎比（扎比家长子）于10月6日公开演说，扩大战事为卡尔玛复仇。
同月，联邦的RGM－79吉姆开始量产，吉恩公国也投入更多的新型MS投入战场（可以卖一波玩具了），而且也开始研究NEW TYPE。
随着强敌接连不断，尤其是“青色巨星”兰巴·拉尔（老虎驾驶员）的影响、还有家庭、个人心智还不够成熟的种种影响下几近崩溃（阿姆罗还是个孩子！）。然而，作为一部长番，主角的成长是必不可少的。与此同时，阿姆罗因为是NEW TYPE而受到重视（毕竟是主角）。
11月7日，联邦军开始了长达3天的作战，计划夺回俄罗斯地区（战斗民族：啥？）的奥德赛（马里奥：啥？），著名的黑色三连星登场，然后被骡子打败。加上加布罗的战斗也被联邦取胜，联邦开始逆转。
12月14日，联邦直逼吉恩本土（星1号作战）
15日，对北美、非洲公国军扫荡；
24日，联邦在宇宙所罗门开战，但是吉恩的落败已成定格，巨型MA-08 大扎姆登场掩护吉恩友军撤退，驾驶员：多兹鲁中将（扎比家三子，宇宙方面司令官），最终被阿姆罗战败身亡。
12月30日，德金公王准备与联邦军进行和平会谈，但是！战争番必须有不同意休战的人存在，破坏和平会谈。基连·扎比（吉恩总帅）使用SIDE3的吉恩最终防卫武器“太阳系统”——卫星激光炮发动了攻击，射出超级光束，自己的父王德金在内的友军、敌军全部摧毁。
联邦军怒了，次日对吉恩的最终防线阿·保亚·库发动了全面攻击，因为基连·扎比杀害了父王，基西莉亚少将（扎比家长女）其射杀基连，然后亲自指挥吉恩军，但最终失败。
在最终战中关键人物：拉拉·辛
拉拉·辛是夏亚小时候收养的一名印度血统少女，天生的NEW TYPE，此战中也是伴随夏亚来到战场。因为同是NEW TYPE，拉拉与阿姆罗的精神场产生了共鸣（神交），与骡子成为知己。三角关系由此展开：一位是知己，一位是恩人；同时拉拉对于骡子&鸭子都是地位极高的人物。最后，阿姆罗开着高达用光刀误插了拉拉的战机，然后骡子和鸭子都疯了……
最后劝解两人的是塞拉（白色要塞女士官）(小说中与阿姆罗滚过床单)，而且她还是夏亚失散多年的亲妹妹，塞拉将两人拉回理性，阿姆罗与白色基底脱离战场，夏亚则继续他的对扎比家的复仇计划。
0080年1月1日，联邦与吉恩在月面格拉纳达基地签订停战协定。
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