2月11日，世界卫生组织（WHO）总干事Tedros博士在日内瓦的全球研究与创新论坛上宣布，新型冠状病毒感染的肺炎将正式被命名为“COVID-19”。“CO”代表Corona（冠状），“VI”代表Virus（病毒），“D”代表Disease（疾病），“19”代表疾病发现的年份2019年。
同时，就在Tedros博士结束新闻发布会之前，负责病毒分类和命名的国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses，ICTV）对引发COVID-19的新型冠状病毒的也进行了命名。
ICTV专家组在其官网及预印版平台bioRxiv发布了有关病毒命名的详细说明，正式确认新型冠状病毒是导致2002-2003年爆发严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒的姊妹，并宣布了该病毒的正式名称：严重急性呼吸综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）。
同一天内，两个机构分别为新型冠状病毒和由其引发的疾病命名。这一巧合虽然结束了过去长达6周的疾病名称不确定性，却也造成了新的混乱。
2月12日，Science 就 WHO 和 ICTV 两个机构命名引发的误解与争议发表了一篇新闻报道。
命名误解产生，世卫组织不满
事实上，对病毒和疾病名称的误解几乎在宣布后立即发生了。参加WHO总干事Tedros博士新闻发布会的记者在推特上说：“病毒终于有了一个名字，COVID-19”。该记者将疾病名称误解为病毒名称，过了片刻后才自我纠正。
而对于ICTV宣布的病毒名称SARS-CoV-2，WHO并不满意，且不打算采用这个名字。WHO发言人在给Science的一封电子邮件中写道：“从风险传播的角度来看，使用SARS这个名字可能会给一些人群带来意想不到的后果，造成不必要的恐惧，特别是在2003年受SARS疫情影响最严重的亚洲。出于这个原因和其他原因，在公共传播中，WHO会将病毒称作‘引发COVID-19的病毒’或‘COVID-19病毒’，但这两个名称都不打算作为（ICTV冠状病毒研究小组选择的）病毒官方名称的替代品”。
尽管在日益扩大的公共卫生危机中，命名是一个小问题，但即使是一些病毒学家也被这看似矛盾的声明吓了一跳。荷兰伊拉斯姆斯大学医学中心的Marion Koopmans在推特上写道：“好吧，一天之内，同一病毒有两个名字。有些人似乎需要见面解决问题。”
差异源自不同命名原则
在命名方面，WHO和ICTV遵循完全不同的路线。
WHO一位发言人表示，命名该疾病未与中国官方磋商，而是遵循了一些普遍接受的原则：疾病名称不能指人、人群或地理位置，这可能会给其加上污名；也不应该包括动物名称，这可能是误导，因为一些动物病毒能跨越物种，成为人类病原体。WHO选择的名字“COVID-19”正好是2019年冠状病毒疾病的简称，这个名字不会冒犯任何人，而且如果其他冠状病毒在未来几年从动物传染到人类身上，这个名字可以循环使用。
ICTV冠状病毒研究小组主席、病毒学家John Ziebuhr则表示，对于病毒的命名他们采取了科学的方法。根据最近的基因组测序判断，这种新病毒与引起2002−2003年SARS疫情的病毒属于同一个“种”，叫做SARS相关冠状病毒。（另一位小组成员Raoul de Groot补充解释，“种”在病毒中很难被界定，因为病毒的基因组一直在变化，但是莱顿大学病毒学家Alexander Gorbalenya的团队已经为冠状病毒设计了一个被普遍接受的界定系统。）新型冠状病毒对其他人来说可能是新颖的，但对病毒分类学者而言并非如此。所以它没有自己的名字，取而代之的是委员会在病毒名称最后添加了一个“2”，将其命名为SARS-CoV-2。
病毒名称与非典没有关联
尽管ICTV冠状病毒研究小组将病毒命名为SARS-CoV-2，但John Ziebuhr认为这个名称和SARS没有关联。他指出，在蝙蝠和其他动物身上发现的数百种其他病毒（多数为中国研究人员发现）都带有相同的“种”名称。
John Ziebuhr称，世卫组织已经通知他，这个名字在中国并不合适，中国拒绝将当前的危机与曾造成创伤的非典疫情进行比较。
美国明尼苏达大学传染病研究与政策中心主任Mike Osterholm表示，他也不会使用SARS-CoV-2这个名字。他说：“我们不相信这是一个准确的名字，它实际上把两种完全不同的疾病（SARS和COVID-19）混淆了。”
缺乏协调引发的混乱
病毒与疾病的命名同日宣布似乎是种巧合。据有关病毒命名文章的第一作者 Alexander Gorbalenya 透露，他在星期五就把初稿寄给预印本平台bioRxiv了，但到2月11日下午，初稿还没有出现在网上，所以他给bioRxiv发了一封电子邮件，询问为什么会出现延迟，然后一个小时内就发布出来了，但他不知道WHO也会宣布。
John Ziebuhr称，这份初稿还被提交给了一家杂志出版，该杂志又将初稿发给了WHO（科学出版商已同意及时与WHO分享有关该病毒的任何新信息）。但WHO发言人说，WHO宣布疾病命名消息的时间不受初稿送达的影响。
John Ziebuhr曾希望与WHO协调其小组的工作，正如2012年在沙特阿拉伯出现中东呼吸综合征相关冠状病毒（MERS-CoV）时一样。当时，WHO、沙特政府以及其他利益相关者都同意该命名，这实际上是一个联合声明。参与命名的合作伙伴们都同意对无地点规则的破例，认为中东地区足够大，没有哪个特定群体会受到羞辱。
Ziebuhr说：“这种协调现在根本不可能。WHO被发生的事情搞得手忙脚乱，没有时间。”但他也表示，命名需要搞清楚，科学家们希望有明确的指导。
美国明尼苏达大学传染病研究与政策中心主任Mike Osterholm对此评价道：“尽管两个组织很明显都知道对方在为此事努力，但几乎没有协调。我们希望重新考虑病毒和疾病的命名，并做出努力来调和两者，以使它们更相似，更能描述这种病毒对人类的影响。”