城市之鹿1
所有物质包括人体都是由原子组成的(原子由亚原子粒子组成——质子、中子、电子等)，它们的能量为99.99999%，物质为0.00001%。想想看――我们生活中的每一件物质都不是固体物质，而是能量场或信息的频率模式。物质与其说是“某种物质”(粒子)，不如说是“无物质”(能量)。我们的物理身体和物理宇宙的身体和所有的空间一样成比例地空着。我们物质实体和看似固体的宇宙的本质是它们都是非物质的。
根据量子物理学，我们是一个巨大的无形能量场的一部分，这个能量场包含所有可能的现实，并对我们的思想和感觉做出反应，包括人类的烦恼。
我们的物质体和宇宙体都以光速变化着。我们的神经系统不能以它们真正发生的速度处理这些量子事件，所以它把宇宙的能量和信息解码成固体三维物质体的体验。
量子力学中的“观察者效应”表明，在亚原子水平上，能量对我们的注意力做出反应，变成物质。量子实验证明，电子(构成原子的亚原子粒子的一部分)同时存在于不可见能量场中无限的可能性阵列中。所以，一个粒子(物质)只有在我们观察到它时才能在普通的时空现实中显现出来。意识到这一点，思想和物质不再被认为是分离的，它们本质上是相关的，因为主观思维在客观的物质世界上产生了可测量的变化。
每一个人，以及宇宙中的每一种物质，都传播着一种独特的能量模式，这种能量携带着信息。我们波动的精神状态，无论是有意识的还是无意识的，都会时不时地改变这种模式，因为我们不仅仅是一个身体，我们是意识，用身体和大脑来表达不同层次的思想。
保持心脏跳动的智能是我们自主神经系统的一部分，它位于大脑中。大脑边缘系统是自动神经系统的一部分。在大脑中，有特定的组织负责保持心脏跳动，这些组织由细胞组成。那些细胞是由分子组成的。分子是由原子组成的。原子由亚原子粒子组成，亚原子粒子主要由能量组成。
想想看，我们大多数人大部分时间都把注意力集中在0.00001%的物质现实上，而不是99.99999%的物质能量上。我的意思是，认真考虑一下，我们可能错过了多少。
军机处留级大学士
烦恼是什么？是情绪的一种。更深入一点就是你体内多巴胺分泌减少，神经兴奋性降低，导致你大脑产生一种难受的感觉。换句话说，有生命的生物体，才会有情绪，才会产生烦恼。
对于单个原子来说，它不属于生命，没有意识，没有情绪，更本没有烦恼这个概念。而人虽然是由原子组成，但这些原子是先形成了分子，分子形成细胞，细胞在形成人。而人的意识，就来自于大脑神经细胞的一些生理活动，这些活动都是由细胞内和细胞间，分子的改变造成的。比如我们高兴，就是因为多巴胺增多，神经细胞变得活跃导致的。本质上，我们的情绪来源于体内分子组合方式的改变。
科学探秘频道
很多时候，我们会不由自主地陷入一种“自以为是”的想象和假设中不能自拔，按照自己的喜好去思考问题，这种思考问题的方法往往会有很大的局限性，我们需要站在不同的角度去思考问题。
人确实是由原子构成的，人由烦恼，这没问题，但人由烦恼并不意味着组成人类的原子也应该由烦恼。这牵扯到意识和自我意识的概念和理解。通俗地讲，原子之间的组成结构和方式决定了是否拥有生命或者智慧，当然也有烦恼。
意识产生于物质，当然烦恼也是如此。单个的原子没有意识，当然也没有烦恼，但当原子以一定的方式组合起来，彼此之间建立了某种联系，就会有意识和烦恼的产生。
具体如何产生的，这是人类面临的一个难题。但我们可以用一些通俗的例子更好地理解。
比如说，汽车是由铁组成的（当然还有其它材料，这里只是打比方），但汽车为何会启动会行驶？也是因为汽车内部零部件建立了某种关联，如果没有了这种关联，一堆废铁当然不会启动更不会行驶。
更通俗的还有电脑，也可以理解为是由一堆废铁组成的，但废铁以某种方式组合起来，同时注入了“程序”，电脑就可以思考了，同时也会由“烦恼”。比如，在计算机人工智能与人类高手下围棋时，人工智能确实很强，但在一些情况下，人工智能也会“方寸大乱”，对于人类来说一个非常简单的局面，人工智能也会“蒙圈”！
现实中还有蚂蚁的群体生活，单个蚂蚁的力量很小，但大批蚂蚁能够以某种形式建立起一种群体结构，这个结构就类似人类大脑，可以传递信息发出指令进行传播，让每个蚂蚁能更快更直接地分享信息！
宇宙探索
很简单，因为1+1>2。
我们知道，人类为什么要懂得合作？因为人与人之间合作可以效果倍增，只要方法得当，十个人干一个小时，要比一个人干十个小时能做到的事情多得多。这就是我们经常强调的1+1>2的合作效果。
而不仅仅是人这样的，自然界中的万事万物都有这样的情况。
比如说，单独拿出来碳原子、氢原子、氧原子、氮原子……这些原子都是非常普通的物质，但是由这些原子组成了氨基酸，然后氨基酸又组成了蛋白质，蛋白质的形态则何止是百千万亿种，这些各种各样的蛋白质分子就可以组成人体，然后完成不同功能。
比如说，有一种叫做多巴胺的物质（分子式和作用位置如下图所示），这种物质由我们的大脑分泌，可以让我们的身体产生强烈的愉快的感觉，事实上我们生活中能够有快乐的感觉，跟我们身体在收到某种刺激之后大脑分泌多巴胺有密不可分的联系。
当然，为了让身体在受到多巴胺刺激的时候产生快乐的感觉，其中包含了一系列的生理过程，这就是我们身体中的各种各样的生理结构“合作”的结果。但是你要是把这些生理结构剖开来看，都是最普通的原子。这就好像说，一块砖头很普通，但是不同的砖头通过有规律的方式排列起来，就成了拥有各种功能的建筑物了。
所以，原子不会有烦恼，但是由原子组成的人有烦恼，这是因为人是由不同原子通过极为复杂的方式组合起来的高等生物，不能简单用原子会不会烦恼来判断人会不会烦恼。这就好比说房子里面能住人，一块砖头能住人吗？这是一样的道理。
以上就是我对这个问题的解答，不知道我说清楚没有？
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航小北的日常科普
汽车是由金属和塑料拼接起来的，
金属和塑料怎么会违章、熄火和追尾呢？
人人都是经过了九年义务教育，
学习了文化知识，建立了逻辑思维，
咋就偏偏把你漏了呢？
SoaPer
原子组成了自然界的万物。但是，万物之间区分很大，最大的区分就是，有些具有生命力，有些没有生命力。
也就是说，大家都是原子组成的，但是有些被组成了生命体，有些被组成了非生命体。
而只有具有生命特征的个体，才会有复杂的思维活动，才会继而演化出七情六欲，也包括了烦恼。
要注意的是，人类的这些七情六欲，都是演化出来的，这与人类的智力水平的提升有关。有证据表明，几十万年的人类先民已经对死亡有了深刻的概念。当种群中有人死去之后，同伴会用石头对死者进行掩埋。可见，很早的时候，人类就已经有了比较复杂的感情活动，否则他们不会对死者做出这样的事情。
那么，为什么人类这样的智能生物要拥有复杂的七情六欲呢？首先，人类的大脑在不断的进化，神经元的数量越来越多，这使得人类可以进行更多的复杂的思考，七情六欲就是思维的“副产品”。本质上，还是人类复杂思考的产物。
（神经元）
那么，为什么人类一定要进行复杂的思考呢？为什么动物就没有太复杂的思考和七情六欲呢？
这个就是人类与动物之间本质的区别。
人类和动物的身体构造，在生物学上没有截然分明的鸿沟，但是人类大脑足够复杂化，可以有高层次的思维活动。而越高级别的思维活动，越能让人类拥有更好的学习能力，这些能力有益于人类摆脱愚昧，建立文明，而建立了文明之后，生产力被加速推动，社会组织制度更加严密和科学化，反过来增加了人类在自然界的生存能力。
一切生命的本质动力就是为了生存。而生命是负熵为主。任何一个生命体系都会本能的，竭尽所能的对抗熵增，维系一个低熵的有秩序的系统。人类的一切特征，从本质上来说，就是为了对抗熵增。这样看，人类有了烦恼在内的七情六欲，并没有没有原因，归根到底，还是一种为了对抗熵增而自然演化的产品。
至于说原子这样的微观粒子拥有思维，那是无稽之谈。提问者并非这种意思。提问者是想问，原子没有烦恼，为什么原子可以组成有烦恼的存在，而烦恼从何而来。有些人不注意分析，所以有错误的解释。
怀疑探索者
世间万物，乃至整个宇宙的绝大部分物质都是由原子构成，无论有生命的还是无生命的，都是！
在不考虑原子还可以再分成更小的粒子的前提下，我们确实可以将原子当成是这个世界物质组成的最基础的微粒、或者说是“编程代码”。
不同的原子、不同的数量、按照不同的方式排列组合，可以是一根没有生命、毫无思想意识的铁钉；也可以是一个有生命、有思想的、活生生的人。
正如计算机编程语言，如“C++”、“Pyhton”等等。
它有很多指令、语法和函数——我们可以将这些基础元素当做是编程语言的“原子”。
它们按照不同的方式排列组合出来，可以是完整的电脑操作系统、也可以是特定的应用程序、还可以是电脑病毒……甚至，它还可以成为高度智能化的AI人工智能！当然，它们也可以组成毫无作用、毫无意义的乱码。
注意，这里的重点是——排！列！组！合！
而非是基础元素本身！
电脑、手机的操作系统可能包含很多种编程语言的“基础元素”。但决定操作系统功能的并非是那些“基础元素”，而是它们排列组合的方式。
正如：人体由很多种元素组成，如碳氢氧、钙铁锌等等等等，但决定人就是人、决定人具有思想的，却不是那些原子本身，而是它们特定的排列组合的方式！
毕竟几乎同样的元素，也可以组成一只大猩猩、一头猪、甚至还可以是一锅肉汤……
我们可以这样说：很多种原子，按照不同的方式组合起来，形成了各种各样的化合物（比如说水，H2O），而那些化合物又经过一系列的排列组合，继而构成了人类，人类是有智慧、有思想的。
但我们不可以忽略所有的过程直接这样说：原子构成了人类的思想……
更不能直接做出这样的假设：原子是有思想的！
所以，这个提问本身就是有问题的。
实际上，这个提问是以两个正确的结论为前提的：
1，人是由原子构成的。
2，人是有思想、会感觉到烦恼的。
接着，提问者又认定了这样的假设——原子构成的人有思想，会感觉到烦恼，所以原子就是有思想的，会感觉到烦恼的。
最后，才有了“原子为什么会有烦恼”的提问。
这个提问最大的问题在于——提问者忽略了原子形成化合物、化合物相互作用产生生命、生命在繁衍演化中产生意识、继而产生“烦恼”这种情绪的过程，“一步到位”了……
这就好像软件使用者在使用一套应用软件工作，他知道软件是用C＋＋编写而成的，然后软件崩溃了，他就问——为什么C＋＋会崩溃？
在这里，C＋＋若是真的有意识，它大概只能无奈表示自己很无辜了……
事实上，无论一个人是生老病死还是喜怒哀乐，构成他身体的基本元素、也就是各种原子都不会因此有任何变化。缺乏它们之中的某一种，比如说铁，会导致贫血，继而影响个人的心情，引起烦恼。但决定人是否会感到烦恼的并不是铁元素本身，事实上不缺铁的人也会感受到烦恼的。
可以肯定，一个人感觉到烦恼了，并不是因为构成他身体的元素感觉到烦恼了——如果构成人体元素真的有情绪，那么死人也应该有情绪、甚至铁钉、钙片、葡萄糖酸锌口服液、碳粉、水等等等等都应该有情绪才对……
这可能吗？
鱼丸君的日常
人是由躯干、肢体、细胞、分子、原子……组成具相的身体，再注入气息、识知、意念、灵魂……，也便圆成一个完整的具相、具体、具能、具力的生命。
原子是世界万物之一的基本粒子，当然也是人体的基本粒子，同样具有一定的能量，而烦恼也是一种能量的表现，因此，原子也存在“原子的烦恼”。
不生不灭，不色不空，不实不虚，不有不无，不动不静……为“极”、为“道”……。但愿你能“般若如是菩提。”
素一8
原子没有烦恼。
由原子组成的分子有没有烦恼不知道。
由分子构成的生命有没有烦恼不知道。
只有由分子构成的生命并有思想的人才有烦恼。
人分解到原子状态也就和世界物质融为一体了。“天人合一”了，物我不分了，也就无烦恼了。
但只要活着，就达不到原子状态的。
淡淡一掬水
烦恼，思维等这些是宇宙、生命在几十亿丶百亿年进化的最高层次产物，思维细胞由特定规律原子组成，规律原子再组合成特定之分子，再规律分子组合成细胞。
原子就近有无烦恼情感呢？脑组织是最复杂和规律原子复合体，原子太简单，没有情感，但有活动反应。
原子能量增加，则内粒子运动加快，在生命体来说是兴奋，激素分必，活动增加，表现高兴。
反之原子能量减弱，则是抑制，生命体情感则是忧郁。
氧原子和铁原子二者能量大小不一，产生正负电性反应就是氧化反应。
也可说原子有最低等的活动思维意识，由能量大小和结构来决定原子之兴奋(激态)，抑制(稳态)。