增值稅電子專用發票已全面推廣，普通發票也已部份實行電子發票，全面推開的預期不斷升高，發票電子化是大勢，企業如何規範電子發票歸檔，財政部、稅務總局也紛紛推出規定，主要如下：
一、已建立電子檔案管理系統的單位
1、實施了會計信息系統，與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證等已全部實現電子化（不包括紙質憑證掃描，下同），可將電子發票與相關的記賬憑證、報銷憑證等電子會計憑證通過歸檔接口或手工導入電子檔案管理系統進行整理、歸檔並長期保存。
2、如與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證等未實現電子化，可單獨將電子發票通過歸檔接口或手工導入電子檔案管理系統進行整理、歸檔並長期保存；整理、歸檔、長期保存。
上述歸檔方法可參照《企業電子文件歸檔和電子檔案管理指南》（檔辦發〔2015〕4號）
二、無電子檔案管理系統的單位
1、如實施了會計信息系統，與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證等已全部實現電子化，可將電子發票與相關的記賬憑證、報銷憑證等移交會計檔案管理人員保存，編制檔號。同時，建立電子會計檔案臺賬或者目錄。
2、如未實施會計信息系統，與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證未實現電子化，電子發票以電子形式移交會計檔案管理人員保存。同時，建立電子發票臺賬或者目錄。
重要提示：保存電子發票時，應當採用多重備份、定期檢測等方法，保證電子發票檔案在規定的保管期限內不會丟失並能被讀取。
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