一、蒙古八旗
1621年十一月，內喀爾喀五部的古爾布什、莽果爾二臺吉率領所屬六百餘戶歸附努爾哈赤，努爾哈赤授古爾布什為總兵，撥滿州牛錄和蒙古牛錄各一給古爾布什，蒙古牛錄隸屬於滿州八旗。後在蒙古牛錄基礎上組建蒙古旗，後又改為左右翼。由於歸附的人數日益增多，於是1635年皇太極把歸附後金的蒙古人與早先歸降的滿州八旗下的部分蒙古人分編為蒙古八旗，每旗三百人為一牛錄，由牛錄額真統領，五牛錄組成一參領，五參領組成一旗，每旗設都統一人，副都統二人，還有參領，佐領等。以下為蒙古八旗初成時組織情況：
（1）津扎多爾濟等，合在內舊喀喇沁和舊蒙古壯丁1356名為正黃旗，阿岱為旗長。
（2）烏斯庫拜渾岱等，合在內舊喀喇沁壯丁1415名及舊蒙古為鑲黃旗，達賴為旗主。
（3）昂阿斡濟泰等與在內舊喀中沁壯丁800名合舊蒙古為正紅旗，恩格圖為旗主。
（4）蘇木爾賴湖爾等壯丁與在內喀喇沁壯丁1016名，合舊蒙古為鑲紅旗。額駙布彥岱為旗主。
（5）布爾哈圖等與在內舊喀喇沁壯丁8090名，合舊蒙古為正白旗。伊拜為旗長。
（6）拉木布哩等與在內舊喀喇沁壯丁980名，合舊蒙古為鑲白旗。額駙蘇納為旗長。
（7）錫喇奇塔特等與在內舊喀喇沁壯丁860名，合舊蒙古為正蘭旗。武賴為旗長。
（8）諾木齊錫賴圖等與在內舊喀喇沁壯丁913名，合舊蒙古為鑲蘭旗。瑚什布為旗長。
蒙古八旗人的文化素質較高，多在新城或各駐防省份擔任高官。這些八旗蒙古知識分子一般都通曉蒙漢兩門語言，有的甚至會使用多種文字，據統計，八旗人中任理藩院尚書者有十四人，出任六都二院有書一級官員有三十餘人，而且許多的蒙古知識分子都為清朝的國家建設出了很大的力。如阿魯特氏賽尚阿和崇綺，明安圖等。 蒙古八旗在清代統治中發揮了重要的作用，八旗蒙古人既是旗人又是蒙古族，對滿清統治起到了重要作用。
二、索倫八旗、新巴爾虎八旗
中俄《尼布楚條約》簽訂後，位於中俄邊境的呼倫貝爾的戰略地位愈發顯得重要。為了鞏固邊防，清廷決定設立呼倫貝爾副都統衙門，統轄新組建的“索倫八旗”，以及後兩年組建的“新巴爾虎八旗”。其中的“索倫八旗”南征北戰，是清朝的王牌部隊。
三、達木八旗
１６４１年固始汗領兵入藏後，殺死藏巴汗，其長子達顏汗領曲考、窩託、果查、恩結、潘加、巴加、娃林、索布等8個蒙古部落的蒙古軍隊駐紮於拉薩北部達木地方（今當雄縣），以控制衛藏地方。此八部蒙古被稱為當雄八部、達木八旗。清乾隆十六年（１７５１），清廷平定珠爾默特那木札勒之亂後，對管理西藏的措施做出重大調整，將達木八旗地方劃歸駐藏大臣直接管轄。
