由於幽門螺桿菌對抗菌藥物產生的耐藥性，導致HP感染治療效果差，隨著抗菌藥物的廣泛應用，HP的耐藥性問題逐漸突出，臨床將緩解臨床症狀根除幽門螺桿菌感染作為重要原則，而隨著抗生素耐藥性的增加，三聯療法作為臨床一線用藥在根除幽門螺桿菌的有效性上已不足從前，因此研發新的療法就成了當下趨勢，在原有三聯療法的基礎上，新的療法主要有以下兩種。
1.中醫中藥治療法
隨著幽門螺桿菌根除率的下降，國內學者開始聚焦在祖國傳統醫藥的研究。近幾年，在治療胃病，殺死幽門螺桿菌的實踐當中，不少學者發現黃連、大黃、桂枝、三七、烏梅、元胡、黨參這些重要在消滅幽門螺桿菌方面效果非常好。同時，能夠殺死幽門螺桿菌的重要還有中藥蒲公英、白花蛇舌草、半枝蓮、徐長卿、黃芩等，其中特別是三七，不僅殺菌作用較強，且通過改善胃粘膜微循環而加速萎縮腸化或增生組織的病理逆轉。國內張萬岱等通過研究證實多箇中藥單體(如黃芪、黃連、黃柏、大黃等)都具有較好的體外抗菌活性。中藥具有副作用小，耐藥性低及不會引起腸道菌群失調等特點，有多項臨床研究證實聯合中藥治療可提高幽門螺桿菌根除率，顯示中藥治療幽門螺桿菌具有一定的優勢。但目前研究所用藥物呈現多樣性，多數結果顯示含中藥四聯療法根除率不低於含鉍劑四聯療法，加用中藥是否能提高幽門螺桿菌根除率及使用何種中藥等均需更多的研究。聯合中藥，患者症狀緩解優於標準三聯或鉍劑四聯療法，可能有助於提高患者的依從性。
2.複合益生菌治療法
益生菌是一類定植在宿主體內對宿主有益的活性微生物，能夠改善宿主微生態平衡。近年來，聯合益生菌根治幽門螺桿菌已成為研究領域的熱點。早期人們就觀察到，喜歡喝酸奶的人幽門螺桿菌感染率較低。國外研究表明用益生菌的治療患者幽門螺桿菌根除率達89.1%，高於傳統三聯療法，同時益生菌組腹瀉、便秘等藥物不良反應明顯減少。世間萬物相生相剋，幽門螺旋桿菌也是有天敵的，複合益生菌不僅能夠吸收幽門螺桿菌散發出來進行自我保護的氨氣，硫化氫等氣體，還能將其周圍的氣體保護罩進行破壞，使胃酸能夠充分將其消滅掉，複合益生菌可以在腸胃當中進行多次繁殖和生長，擠佔幽門螺桿菌的生存環境，直到幽門螺桿菌被徹底消滅掉。因此，保護腸胃的好方法便是堅持食用含有益生菌的食物。一項最近的研究也顯示：在根治幽門螺桿菌前使用一段時間乳酸菌可使克拉黴素耐藥地區的根除率提高。國內趙保民等的一項研究表明：PPI+鉍劑+克拉黴素+益生菌，無論療程是1周或者2周，根除率都能達到90%以上，顯著高於未使用益生菌組。目前益生菌作用機制尚不十分明確，推測其可能是通過抑制幽門螺桿菌感染中炎性介質的產生、競爭黏附結合位點抑制幽門螺桿菌的黏附等起作用。研究表明，唾液乳桿菌，乳雙歧桿菌，動物乳桿菌黃等菌種配合使用，組成的有益菌群可以殺死幽門螺旋桿菌，通過降低胃幽門螺旋桿菌在胃粘膜細胞的附著力，並減少胃幽門螺旋桿菌尿黴素酶的活性，減少其數量，解除胃脹氣，修復受損胃粘膜，繁殖大量有益菌，重建胃腸道免疫屏障，提升人體對幽門螺旋桿菌的有害菌群的免疫力從而使幽門螺桿菌等胃部疾病不再反覆。
