作為明末農民起義軍大順軍的首領，1644年，李自成一度率領百萬義軍攻破北京，並滅亡了明王朝。不過，由於吳三桂突然降清和清軍入關，大順軍最終遭遇了慘敗。李自成的大將劉宗敏身死，而其本人也在逃往湖北九宮山的時候遭到當地武裝襲擊，李自成英勇戰死，而大順軍也迅速瓦解。
李自成死後，其實大順軍還有一定實力的。由於大順軍突然無主，明、清兩方開始極力拉攏農民武裝。南明政府之所以改剿為撫，就是為了抗擊清軍南下，而清朝政府清軍也收編大順軍餘部，是為了統一全國。
李自成死後，大順軍主要分為了兩支，其中，東路大順軍由李自成舊將田見秀、郝搖旗、王進才指揮，這一支義軍相互攻擊，內部並不統一。田見秀掌控義軍最多，所以他也根本不把其他幾位首領放在眼裡。雖說東路大順軍有二十萬兵馬，但由於其缺乏主將，所以其也難以組成有效的防禦陣線。
田見秀等人曾率領東路大順軍進入湖南，他準備藉著南明湖廣總督何騰蛟的支持抗擊清軍，可惜何騰蛟卻並沒有給他面子。當農民軍進入湖南後，他們就遭到了何騰蛟當地兵馬的阻擊，不過還好，大順軍最終擊敗了何騰蛟的地方軍。大順軍立足於湖南，何騰蛟只好選擇與大順軍聯合，他與田見秀、郝搖旗、張鼎等人達成了共識，共同抵抗清軍的入侵，此後幾個月，東路大順軍便成為了南明駐紮在湖南的重要的一支武裝力量。
何騰蛟收降東路大順軍後，卻並沒有將其派上用場，反而還肆意削減他們的軍餉，不久，清軍南下，東路大順軍除郝搖旗、王進才兩部外，其它皆投降了清軍。由於東路大順軍大量投敵，湖南遂門戶洞開，此後，湖南便成為了大順軍和明軍阻擋清軍南侵的前沿陣地。
比起東路大順軍，西路大順軍則非常悲催。西路大順軍主要是駐紮於原陝西和甘肅的農民義軍，李自成遇害後，他們失去了主心骨，遂轉而南撤。西路大順軍本來是想赴湖北與東路大順軍聯合，奈何其卻在中途遭到了明軍的襲擊，西路義軍損失慘重。
西路大順軍遭到慘敗，已經無心南下與東路義軍會合，後來，南明政府先後派出使者收降義軍，西路大順軍統帥高一功、李錦遂打算與南明聯合。經過撮合，西路大順軍終於獲取了南明隆武帝的信任。
公元1646年，南明政府開始發起北伐戰爭，當時，南明湖廣總督何騰蛟也成為了北伐先鋒，而西路大順軍也偏偏在其的節制之下。何騰蛟率領明軍和大順軍北征清朝，不料他們卻遭到了清軍的頑強阻擊，後來，清軍統率多鐸率領滿軍八旗進入湖南，明軍遂遭到慘敗。就在這節骨眼上，何騰蛟卻調走了已經被編為忠貞營的西路大順軍。這一年，清軍順利進入嶽州，何騰蛟戰敗被俘，後被殺害，而忠貞營則被瓦解。
嶽州失陷後，一部分的西路大順軍後來轉投四川，他們與原大西將領李定國聯合，共同捍衛南明最後的堡壘雲南。
何騰蛟發起北伐戰爭時，其實東路大順軍也參與了作戰，不過，由於其人數太少，所以他們也遭到了慘敗。嶽州戰役後不久，郝搖旗率領東路義軍餘部進入巫山，其後與清軍交戰於天池，不幸犧牲。另一首領王進才兵敗後南逃廣西，由於其縱兵劫掠平民，其遂遭到了南明政府的排斥。王進才的部隊後來悉數為孫可望兼併，其本人也被孫可望杖殺。
至此，曾經幾十萬大軍幾乎不復存在，轟轟烈烈的起義軍最終死的死傷的傷逃的逃，最終土崩瓦解。
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