2009年亞冠開始改制，衛冕冠軍不能直接進入八強，球隊變成32支，小組前兩名出線。而擴軍後的亞冠對於中日韓伊朗沙特阿聯酋等聯賽大國也進行了名額上的增加，中超球隊有4支進入正賽，但整體而言，實力上大打折扣，尤其在日本球隊蟬聯兩屆冠軍後，韓國球隊再次奪回霸主地位。
此屆，北京國安、山東魯能、上海申花和天津泰達攜手出戰。除了天津是新軍外，其餘三隊都是甲A元年球隊，也算是大連落幕後可以代表中超的球隊。從2009年開始，他們將和日韓球隊展開全面對決。
北京國安和蔚山現代、名古屋虎鯨、紐卡斯爾噴氣機同組，除了蔚山外，其餘兩隊也是新軍。首戰國安在工體2:0擊敗澳洲球隊紐卡斯爾，次戰0:0客平名古屋，形勢不錯。對決蔚山的背靠背比賽，是亞冠以來國安第一次面對韓國球隊，然而主客場都輸了0:1，國安交手韓國球隊甚至單獨交手蔚山現代的恥辱就此開始，直到2013年亞冠2:0擊敗浦項制鐵，才結束多年連敗。當年的蔚山除了雙殺國安外，竟然被日澳球隊實現4連殺，最終也沒能出線。國安在第五輪遠赴澳洲1:2不敵紐卡斯爾後也失去了出線希望，最終1:1戰平名古屋收官。
山東魯能和衛冕冠軍大阪鋼巴、首爾FC以及印尼球隊斯里維加亞同組。在東亞區，如果除了日韓能抽到東南亞球隊都是上籤，好過澳洲很多。魯能在2007年崩盤，很多年在亞冠出現爆冷情況，這一年也不例外。首戰魯能客場0:3不敵衛冕冠軍大阪鋼巴，次戰5:0橫掃斯里維加亞，在與首爾FC的背靠背決戰中，魯能主場2:0，客場1:1佔據上風。由於首爾此前2:4不敵大阪，四戰過後魯能領先首爾3分，佔據出線主動。第五輪魯能主場0:1被大阪雙殺，而首爾5:1橫掃斯里維加亞，魯能和首爾平分但有勝負關係優勢，末戰只要取勝印尼球隊即可出線。結果魯能戲劇性崩盤一幕出現，客場2:4被此前5連敗的斯里維加亞逆轉出局，首爾卻2:1擊敗此前5連勝的大阪鋼巴攜手晉級。
上海申花隔了一年重回亞冠，與鹿島鹿角、水原三星、新加坡勇士同組。首輪申花主場4:1大勝勇士，第二輪0:2不敵首輪1:4慘敗水原的鹿島。隨後在與水原的背靠背比賽中，主客場雙方各打出一個2:1，四輪過後申花積6分，落後水原和鹿島各一個勝場。然而第五輪，申花同樣犯了魯能的錯誤，在東南亞魚腩身上丟分，客場1:1被勇士逼平，此時鹿島3:0大勝水原出線。而申花落後水原2分已經喪失了主動權，末輪申花主場1:1戰平鹿島，遺憾出局。
天津泰達首次參賽與川崎前鋒、浦項制鐵和中央海岸水手一組。首輪天津客場0:1不敵川崎，次輪主場2:2戰平澳洲球隊，開局不利。背靠背比賽中，天津對浦項先輸後平，四輪後僅僅兩分，而川崎雙殺中央海岸水手後提前出線。第五輪天津主場3:1力擒川崎，然而浦項3:2擊敗水手後也順利出線，天津提前一輪出局。最後榮譽戰中，泰達客場1:0擊敗水手。
中超四隊中，魯能和申花都是有機會出線卻在魚腩身上丟分出局，國安和泰達整體表現不好，實力不濟。而西亞四組中，阿爾希拉爾、波斯波利斯、烏茲別克雙雄棉農和本尤德科都順利出線，而重回亞冠的昔日豪門伊蒂哈德也是強勢出線，末戰還打出7:0的屠殺比分。
十六強戰採用單場淘汰，小組第一的球隊佔據主場優勢，並且採用東西亞分區。阿爾希拉爾爆冷不敵烏姆沙拉爾，伊蒂哈德、棉農和本尤德科順利進入八強。東亞區，日本四隊產生內戰，衛冕冠軍大阪鋼巴主場2:3不敵川崎前鋒，鹿島加時不敵首爾，名古屋2:1擊敗水原，浦項6:0大勝澳洲獨苗紐卡斯爾。
八強戰中，日本再次產生內戰，名古屋客場1:2，主場3:1逆轉川崎前鋒。浦項制鐵客場1:3落敗本尤德科，回主場鏖戰後3:1將對手逼入加時，後艱難淘汰本尤德科。首爾遇到黑馬烏姆沙拉爾，結果客場2:3，主場1:1落敗。伊蒂哈德總比分5:1橫掃棉農晉級，烏茲別克雙雄出局。
半決賽中東西亞對抗，浦項制鐵雙殺烏姆沙拉爾，伊蒂哈德主場6:2暴揍名古屋虎鯨，客場2:1雙殺對手晉級。伊蒂哈德第三次闖入亞冠決賽，5年前面對韓國球隊城南一和時上演驚天逆轉。而2009年改制後決賽為單場決勝，伊蒂哈德主場1:2不敵浦項。浦項制鐵在為城南報仇同時隊史首次奪得亞冠，同樣把亞冠獎盃重新帶回韓國。
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