薩爾滸之戰明軍失利的軍事因素,大致歸結為以下幾點。
第一，政治腐敗、宦官專權、文武不和，內部鬥爭激烈。具體戰爭的失敗，究其根本原因，在於政治體制的腐敗。在明朝，政治腐敗、黨爭矛盾、宦官專權一直是整個王朝發展的頑疾，尤其是明朝末年，這樣的腐敗現象更加突出，朝堂之內，宦官集團和內閣相互殘害，爭權奪利，一手遮天的宦官和權臣不斷主政，黨派鬥爭把國家軍事搞得烏煙瘴氣。在面臨大敵之時，各利益集團更是抓緊時機挑撥挑刺，製造事端，嚴重影響了正常的軍事作戰。而前線將領，也與朝廷並非一心，為了避免處罰，常有臨陣倒戈、整軍投敵的狀況發生。可以說，造成朋黨之爭的根本原因，在於皇權的極度膨脹，而無有效機制彌補其精力不足導致的權力空白。明代廢宰相權分六部，皇權日益集中，但皇帝精力有限，無法在有效的時間內處理完繁重的軍國大事。明代雖設內閣，但並無定製規定其權力大小，往往皇帝出於猜疑，更偏向於任用身邊信任的宦官替其行事。到明末，昏君輩出，常年不出朝政，旁落的國家大權就需要他人處理，而權力空白之時，就成了朋黨相爭的最好時機，這也是明王朝軍事逐步衰敗，國家走向滅亡的根源所在。
第二，明顯的防禦性軍事思想與過度的羈縻政策導致的弊端。明朝以前的中國曆代王朝，一直受北部少數民族的威脅和騷擾，都注重國家軍事防禦體系的建設，而到了明代，防禦思想更為突出，構成嚴密的防禦體系。從明朝立國開始，明太祖朱元璋就設立了“與遠邇相安於無事，以共享太平之福”的防禦和平策略，對待少數民族，基本以羈縻懷柔政策為主。羈縻政策，就是以軍事力量相鉗制，以經濟物質利益為手段，任用少數民族首領為官，在少數民族得到既定利益的基礎上，維持中央王朝與邊疆少數民族之間和平的局面。羈縻政策最早源於秦朝，《後漢書》記載：“秦惠王並巴中，以巴氏為蠻夷君長，世尚秦女，其巴氏爵比不更。”到唐朝時，“畫野分疆，山川限其內外，遐荒絕域，刑政殊於函夏。是以昔王御宇，懷柔遠人，義在羈縻，無取臣屬，朕祇應寶圖，撫臨四級，悅近來遠，追革前弊，要荒藩服，宜與和親。”總體而言，羈縻政策是中央王朝處理少數民族關係中最為平和和保守的政策，除了政治上的臣服之外，少數民族部落幾乎不需要承擔其他任何相關義務，其他一切當地事務皆由少數民族自身管理經營。到明代，中央政府依然繼承一貫的羈縻政策，並奉行更為寬厚保守的治邊軍事思想，朱元璋劃定了“永不征討”的範圍，以感化周邊少數民族。只要少數民族名義上承認是其藩屬，不對中央王朝進行襲擾，少數民族自身事務中央王朝一般不會過問，更不會加以干涉。事實上，這種柔和的保守政策有很大的弊端。
首先，這樣的政策只是名義上使少數民族歸順於中央王朝，事實上其仍然是各自獨立的主體。常年累月的經濟貿易實惠，使少數民族地區倍加依賴，一旦實惠減少，很容易引起反叛和軍事掠奪。其次，羈縻政策的實施是建立在強大的軍事實力之上的，一旦國家軍事衰落，少數民族地區就會藉此時機進行敲詐掠奪，甚者直接進行叛亂。明初國家安定，軍事實力強勁，明成祖五次親征漠北，為北邊和平奠定了基礎。但到明朝中後期，軍事實力逐漸下降，北邊韃靼、瓦剌屢次進犯，南邊播州土司反叛，西邊寧夏土司也起兵作亂。只要中央政府實力下降，難以滿足其既定利益，同時無法威懾控制少數民族地區，少數民族地區就會藉機叛亂，這就是這項政策的致命缺陷所在。事實上，女真人也是在這樣一種狀況下逐步發展壯大的，保守的軍事思想和失當的民族政策，也是導致後金崛起，大戰失敗的根源所在。
第三，重文輕武，作戰用人機制失當。在軍事統帥的任命上，明代一直秉持以文制武、文官督軍的原則，任命文官為最高軍事長官，指揮前線作戰。“在軍事人事任命上，明後期的軍事體制存在著重大的缺陷，只能選擇文官任最高指揮官的體制使得明朝難以培養出優秀的軍事人才，這也直接削弱了明軍的戰鬥力。”明朝後期，由於削弱軍權的緣故，五軍都督府已無實際統兵的權利，大小戰事，皆有兵部指派各地總兵集合出戰。各地總兵等級相同，互不統屬，互不相應，且作戰思路與訓練方法有極大差異，導致明軍指揮混亂，中央加派巡撫、總督、經略，就是對其進行統一管轄，指揮作戰。而明代主掌兵部事務的長官幾乎都是文官出身，真正對軍事通曉的官員少之又少，這樣不用其專長的軍事用人方法，在戰場上體現出巨大的弊端。由於總兵無法擔任最高統帥，最後薩爾滸決戰的總指揮就落在了文人出身、對軍事十分業餘的遼東經略楊鎬身上。“文官按照慣例被任命為最高指揮官，但職業軍事指揮官卻不能指望高升到超過野戰最高將領的地位。一個指揮一個軍團的將官通常已經達到他的履歷的頂點。在這種弊端叢生的體制內，明軍的指揮失當，節節敗退也就在情理之中。
第四，戰場指揮的失誤。任何戰爭的指揮，最終都要歸結於人，戰場指揮的失誤，是薩爾滸之戰失敗的最直接因素。首先，作戰時間選擇不當。薩爾滸之戰的軍隊有接近三分之一來自南方川廣、江浙一帶，而總指揮選擇在三月對後金用兵，三月在東北還屬極寒的時段，來自南方的軍隊很難適應在極度寒冷的狀態下作戰，這使明朝軍隊戰鬥力大打折扣。其次，指揮用兵戰略上出現重大失誤，明軍本來軍隊數量與武器裝備較後金都有很大優勢，但其分四路進兵，採取分路合圍的戰術，不僅使軍隊數量的優勢喪失殆盡，而且各路溝通不暢，聯繫極其有限，自身戰鬥力削弱極大。而努爾哈赤採用集中優勢兵力逐個擊破的方法，殲滅了明軍大量有生力量，獲得了戰場勝利。最後，文武內鬥，將帥失和，冒進式作戰使戰場矛盾百出，一潰千里。遼東經略楊鎬本無總兵劉鋌軍功顯赫，只因自身為文官而當了統帥，其下總兵將領多有不服。又因劉鋌與楊鎬在東征朝鮮時就結下了仇恨，使得楊鎬在薩爾滸之戰時處處給劉鋌穿小鞋，分給其軍餉和裝備皆為最少最差，使得矛盾不斷，問題層出不窮。西路軍杜松本持有明軍主力，卻因想拔得頭功，單兵冒進，被努爾哈赤擊潰，最後導致正常戰爭失敗。
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