從歷史上看，中國是個流行病多發的國度,在傳統史籍中，對流行病的記載比比皆是，所用的名稱有疫、疾疫、癘等，而一般統稱為疫，合稱疾疫。從現代疾病分類學看，這些疾疫包括瘟疫、瘴氣、痢疾、流行性感冒、麻風病等，是一個較為廣泛的概念。根據明代吳有性《瘟疫論》的說法：“疫者，以其延門合戶如徭役之役，眾人均等之謂也。”由此可知，在中國古代，凡是具有高傳染性的疾病都被歸為疫類。
中國歷史上最早記載的疾疫發生在周代。春秋時，魯莊公二十年夏，“齊大災”。按照《公羊傳》的解釋，此大災即大疫。此後，關於疾疫的記載不斷增多。據鄧拓在《中國救荒史》一書中的不完全統計，歷代發生疫災的次數為：周代1次，秦漢13次，魏晉17次，隋唐17次，兩宋32次，元代20次，明代64次，清代74次。從紀元前七世紀起的2000餘年間，疫災的發生逐漸增加並呈加速度發生的特徵。而隨著人口的日益增加，疫災對人的殺傷力也日見增強，每次死亡人數都很驚人。從死亡人數看，程度最嚴重的一次是金朝開興元年(1232年)，汴京大疫，50日間，“諸門出死者九十餘萬人，貧不能葬者不在是數”(《金史·哀宗紀》)。可見，疾疫對人類社會的破壞力的確非同一般。
鑑於疾疫對人類社會的巨大危害，人們在很早以前即開始致力於對疾疫的研究，以期控制和杜絕疾疫的發生。但在先秦以後很長一段時間，人們對於疾疫的起因不甚瞭解，或認為是瘟神作怪，或認為是陰陽失和所致。大約從宋朝起，始提出癘氣說，認為是癘氣導致疾疫的發生。明代吳有性進一步明確了癘氣說，認為是一種有毒癘氣導致疾疫發生。雖然此說並非建立在現代病毒學和細菌學的基礎上，但在當時的醫學條件下實屬不易。
從現代醫學的觀點看，疾疫的發生是由於細菌和病毒侵入人體所致。從細菌和病毒的歷史看，是由於人類進入農耕時代後的生產生活方式所導致的。關於這一問題，美國加州大學洛杉磯分校的生理學家戴蒙德在其獲得普利策獎的歷史著作《槍支、細菌、鋼鐵：人類社會的各種命運》一書中，從細菌與病毒的歷史探討了流行病對人類社會的影響，其中有些觀點非常具有啟發性。他談到，人類傳染病的病毒與細菌是農耕社會家畜與家禽飼養業的產物。歐亞舊大陸農耕社會發達的飼養業以及密集的人口居住方式，是傳染病發生的溫床。其中，人口居住越是密集，傳染病的傳播也就越是迅速、廣泛。中國文明自古以農業為基礎，家畜飼養業的起源可以追溯到八九千年以前。進入文明時代後，日益增加的人口和繁榮的農業，必然帶來病毒和細菌的大量繁殖，並給人類傳染了越來越多的流行病。從中國古代呈現加速度發生的疫災情況看，這一規律也是符合歷史實際的。
從中國古代疫災發生的具體原因看，疫災的發生往往與其他災害相伴生。一般而言，大災之後，人畜大量死亡，如果屍體得不到及時處理，細菌和病毒便會大量繁殖，從而導致疫災發生。如隋代大業八年(612年)，天下大旱，繼而發生大疫，染疫者多死(《隋書·煬帝紀》)。宋朝慶曆八年(1048年)，河北發生大水災。次年三月，又繼發疫災(《宋史·仁宗紀》)。元代至順二年(1331年)，衡州連歲大旱，接著發生疫癘之災，“死者十九”(《元史·文宗紀》)。
從疾疫傳染情況看，大量增加的流動人口是疫災發生的一個重要誘因。如《宋史·五行志》載，南宋隆興二年(1164年)冬，“淮甸流民二三十萬避亂江南，結草舍遍山谷，暴露凍餒，疫死者半，僅有還者亦死”。同時，還將疾疫傳染給了江南民眾，“是歲，浙之饑民疫死者尤眾。”
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