由於矮砧密植蘋果園容易成花成果，便於實現機械化管理，該模式已經成為世界蘋果栽培發展的方向，很多歐美髮達國家已經相當普及。國內隨著專家們在多個地點的試驗示範、講解和傳播，該模式的優點得到越來越多人的認可，尤其是近幾年隨著土地流轉速度的加快，很多非農資本注入到蘋果栽植，矮砧密植蘋果園的發展進入了快車道。
然而，矮砧密植蘋果園的發展也並非一帆風順，不少地方的果園在種植和管理過程中，出現了一些問題需要引起重視：
首先是品種和砧木。很多果農在發展矮砧密植蘋果時，不知道所在產區到底該種植哪些品種，適合哪些砧穗組合。目前最多的品種還是富士，相對比較單一。有的企業從國外引進品種，結果其性狀和品質不適合我國消費者的口味，不得不考慮高接改換其他品種。有的砧穗組合在一些地區表現很好，但在另一些地區則不好。如幾種常見的砧木，如山定子、八稜海棠、平邑甜茶及SH系中間砧的組合在新疆一些地區表現嚴重的黃葉病，不得不改換其他組合。
二是樹形。不少果農由於他們不清楚矮砧果樹的管理方式，仍然按照喬砧的三大主枝的模式進行修剪管理，結果形成小老樹。還有的是拉枝開角工作未做到位，樹冠直立，側枝粗壯，光長枝很少結果，未能發揮出矮砧密植模式所應該達到的效果。
三是土肥水管理。一年中應該施多少肥、澆多少水，以及何時施肥和澆水，土壤和樹體到底是怎樣的養分水平，需要補充多少養分不是很清楚。尤其是企業管理的果園，雖然產量並不一定低，但是商品果率不高。常出現的問題包括果實不上色，果實偏大或偏小。果實早期脫落或開裂，冬前不停長、不落葉，養分迴流差，春季易發生僵芽、抽條或嚴重的凍害。因肥水管理不當造成燒根、死苗和黃葉的果園也很多。
四是病蟲防控。栽樹時拖的時間太長，再加上水分供給不及時，很多果園剛栽上樹就發生嚴重的幹腐病，造成大量死苗。成活的植株則成為田間帶菌植株，不但自身生長受到很大影響，同時還向外傳播很多病菌，引起更嚴重的發病。隨著矮砧密植園的推廣，病毒病的發生呈上升態勢。一些企業從國外引進苗木，由於缺乏嚴格的植物檢疫，加大了黑星病、火疫病傳入的風險。從外地引進苗木時，一定要了解該病在樹苗繁殖區域的發病情況，避免從疫區引種，以免將病害從病區帶入。
五是果園設施。果園立支架是很多矮砧密植園的基本配置，有些果園雖然立了鋼架或水泥柱，但存在支架較細，底座埋得不深，防鏽蝕措施不到位等問題。一旦遇到強風暴雨，就容易發生倒伏。
六是組織管理。我們所接觸和了解到國外的一些果園，多是由小到大逐步發展起來的，果園主一般都懂技術、懂管理、懂市場，果園面積以二三百畝為多，同時社會化技術服務體系較完善。我國則呈兩級，絕大多數果園面積較小，較難實現規模化管理，而有些企業經營的果園面積又很大，多數在上千畝或上萬畝，由於企業負責人都屬於跨行業經營，需要聘請技術人員，而滿足條件的技術人員相對較少，使果園技術管理缺乏有生力量。所僱傭的一般工人往往存在責任心不強、技術容易走樣，導致果品產量和好果率大幅降低，影響果園效益。
發達國家從事矮砧密植已有半個多世紀的歷史，在此過程中逐漸克服了很多問題和挑戰，形成了比較完備的種植和管理體系。我國從事矮砧密植栽培歷時很短，出現以上問題在所難免，這也是在發展過程中必須要補的必修課。這裡提出這些問題，旨在提醒果農和企業儘早注意克服，爭取少走彎路。
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