隨著科技的進步,理論計算已經成為科研中越來越重要的一環。可是計算學習門檻比較高,沒有人帶入門,在遍地是坑的計算領域很難前進。為了解決大家學習理論計算困難的問題,讓大家不出門就能得到高質量教學和答疑服務。庚子計算推出系列理論計算課程第一彈:
第五屆「固體與表面」理論計算初級班(線上班)
量子化學計算入門
MD模擬:LAMMPS軟件在金屬材料中的應用
MD模擬:GROMACS 基礎與自由能計算
鈣鈦礦材料電子結構、光學性質、力學性質計算以及常見雷區分析
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高性能計算平臺配置指南
歡迎更多理論計算工作者聯繫我們一起,以直播的形式把您的知識分享給大家,即傳播了知識,又收穫豐厚報酬。
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課程簡要介紹
MD模擬:GROMACS 基礎與自由能計算專題課程
主講人:裴老師 (天津大學,精通GROMACS、 Gaussian、 Multiwfn、 VMD/Mercury、 packmol/MS等計算程序。)
直播時間:2020 年3月7日、9號 19:30(一共 2 次課,每次 2 - 3h)
費用:199元
內容介紹:
一、主要方法概述,Gromacs簡介,分子動力學模擬原理簡介,力場文件生成,輸入文件詳解,計算結果分析。
二、自由能微擾FEP方法,實例:水中甲烷溶解自由能的計算
三、熱力學積分TI方法,實例:蛋白配體複合物的結合自由能
四、傘狀採樣US方法,實例:單個多肽從原絲纖維生長端的分離
五、MMPBSA方法,實例:蛋白配體複合物的結合自由能分解
課後答疑
各種方法講解的思路如下:
基本原理思想
GROMACS中的計算流程
相關文件及命令解釋
教程運行演示
示例結果說明
鈣鈦礦材料電子結構、光學性質、力學性質計算以及常見雷區分析
主講人:唐老師(比利時列日大學博士後。目前是多個理論計算平臺(學術之友微信公眾號、DFT 計算之家 QQ 群等)的運營者,關注粉絲量超過萬人。主要從事偏固體物理方向的理論計算。其中第一作者論文發表在 J. Phys. Chem. Lett.,J. Mater. Chem. C 等國際期刊上,具有多次線下軟件安裝和計算培訓的經驗,培訓學員超過 300 人。)
費用:99元
課程時間:2020年03月14日19:30 (時長 2 - 3h )
內容介紹:
以鈣鈦礦材料為例,結合典型文獻,著重剖析這些計算常見雷區,講解:
電子結構
光學性質
力學性質計算
量子化學計算入門
主講人:倪老師 (美國阿肯色大學、南京大學博士,八年量子化學計算研究經驗,長期從事量子化學後HF方法的理論發展和程序開發與應用,在JCTC,JCC等頂尖理論計算專業期刊發表多篇論文)
課程時間:2020年3月4號,6號,8號 19:30(3次課,每次2-3h)
費用:299元
內容介紹:
一、緒論
二、常見量子化學方法簡介與常見計算類型實例講解
Hartree-Fock方法
半經驗方法
微擾方法
耦合簇方法
密度泛函理論、色散校正
基組中的常見概念及基組文件介紹
常見類型的基組
量子化學計算中方法、基組的選擇
建模軟件與可視化程序介紹
勢能面的概念及勢能面掃描
能量極小點優化
過渡態優化
IRC分析
頻率計算、振動分析、熱力學量計算
MD模擬: LAMMPS軟件在金屬材料中的應用
主講人:魏老師(武漢大學博士,在核材料頂級期刊 journal of nuclear material 以及nuclear fusion上發文,並與實驗合作在acta material上發文。同時運營“Lammps愛好者”公眾號,原創30多篇lammps學習教程,有非常豐富的lammps使用教學經驗,擔當lammps線下講師。)
課程時間:2020年3月2號 19:30 開講(時長約 2 - 3h)
費用:99 元
內容介紹:
LAMMPS軟件簡介(瞭解)
LAMMPS軟件使用框架(學習)
LAMMPS經典實例介紹(實踐)
LAMMPS軟件在聚變材料界的應用(應用)
高性能計算平臺配置指南
主講人:王老師 (吉林大學,十年理論計算化學研究經驗和服務器運維經歷,自己搭建和幫助課題組企業搭建高性能計算服務器,精通高性價比服務器和集群配置方案,多次線上授課經驗。)
課程時間:2020年3月1日晚19:30(時長:2 - 3h)
費用:99元
內容介紹:
• 相關概念介紹
• 機器配置推薦
• 系統部署建議
• 軟件部署建議
特別說明 本課程假設用戶會一點點linux指令行使用,如有演示操作,將會在Ubuntu18.04 桌面版進行。本課程不涉及Linux操作相關部分的教學。
• CPU密集型計算
• 讀寫密集型計算
• 並行計算與效率,附帶GPU的並行計算
• 多線程共享內存並行
• 多節點分佈式並行計算 • 存儲
• 讀寫緩存
• 塔式、機架式, 雙路、四路服務器
• 計算服務器配置原則與通用配置建議(結合預算考慮)
• 硬盤與分區考慮
• Linux系統安裝設定
• 系統初始化設定 系統組件安裝
• 示例Gaussian16安裝
服務器+計算教學服務
想做計算,但是沒有機器/不會裝軟件/不會用軟件/不會提交任務/不會後處理分析。怎麼辦?
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