很多抗生素可有效殺滅“壞”的腸道細菌。可在一些關鍵時期，如更換飼料後或球蟲病高發的危險時期，使用抗生素預防疾病。有時候人們會使用抗生素來彌補飼料質量不好、飼養環境差、飼養管理水平低所造成的不利影響。
如果管理水平和飼料質量都非常好，其實是不用使用抗生素的。由於人藥上耐藥性的問題，用於治療腸道疾病的抗生素有大環內酯類（泰樂菌素，泰萬菌素）、林可酰胺類（林可黴素）、最常用的耐酸青黴素類（苯氧基青黴素）及羥氨苄青黴素。這些抗生素起效迅速，用藥後三到四天便可觀察到飼料採食量和糞便的變化。
當雞群發生臨床和亞臨床性球蟲感染時，很多時候是被當成細菌性腸炎進行治療的。而治療一旦停止，細菌性腸炎就會復發。這種情況下，您應該在治療細菌性腸炎的同時進行抗球蟲治療。
還應考慮在隨後的生產週期中改變我們的抗球蟲策略。關注通風，提供額外的墊料能防止細菌性腸炎的傳播。有時外部信號能產生假象，最好能解剖幾隻剛死的雞直接觀察評估其腸道的健康狀況。
必須重視原料的管理。由一種飼料更換成另一種飼料後的前幾天容易發生腸道問題。腸道菌群必須進行調整以適應新飼料組分。
我們還會經常觀察到肉雞的選擇性採食行為，尤其是換飼料的過程中。肉雞更喜歡飼料中大顆粒成分。先採食的雞將飼料中的大顆粒吃掉，把飼料中較細的部分留給後採食的雞。
而飼料中顆粒細的部分包含更多的添加劑、維生素、微量元素，這必然導致雞群採食不均衡。這會引起問題，特別是抗球蟲藥物的安全裕量較低時。我們可以使用顆粒料避免這種情況的發生。
雞的羽毛也可反應出腸道的健康狀況。我們一進入雞舍便能看見雞的羽毛是亮白還是骯髒，這直接受墊料質量的影響。定期額外鋪撒墊料、加強通風可使墊料在短期內保持較好的狀況。
如果是腸道疾病引起墊料質量變差，我們必須先找到並解決根本原因(飼料質量和球蟲病)。否則我們的任何糾正措施都會是滄海一粟。
吸收不良綜合徵( MAS )引起羽毛異常的另一個原因是吸收不良綜合徵。這種綜合徵的典型症狀是雞個頭非常小，發育不良。翅膀上出現很多彎曲的、突出的羽毛(直升機翅)。
飼料中的大顆粒成分會被肉雞先吃掉，留下一些細粉狀的成分，應每天清空料盤。如果雞羽毛健康，生長良好，沒有腸道疾病，幾周後您就可以看到一層新長出來的光滑的羽毛。如果羽毛過於密集，雞的體重一般會很輕，這時常是由腸道不健康引起的。
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